Образование анаэробной зоны в водоемах зависит от различных причин и тесно связано с составом и количеством растворенных солей. Как правило, анаэробные условия существуют и в гиполимнионе (монимолимнионе) меромиктических озер, где из-за повышенного солевого состава вода нс участвует в весенней и осенней циркуляции. При наличии в воде сульфатов анаэробиоз поддерживается за счет образования сероводорода в процессе их редукции. Кроме факультативно анаэробных бактерий, встречающихся в анаэробной зоне озер, здесь могут находиться также специфические группы облигатно-анаэробных микроорганизмов: метаногенных, сульфатредуцирующих, бродильных микроорганизмов. Если свет проникает до верхней границы сероводородной зоны, то возникают экологические ниши, наиболее благоприятные для развития отдельных видов фототрофных бактерий.
Интенсивность анаэробных процессов в водной массе на порядок ниже по сравнению с иловыми отложениями. В круговороте веществ в водоеме активно участвуют лишь те органические и минеральные вещества, которые находятся в самых поверхностных слоях донных отложений. Иловые отложения олиготрофных озер характеризуются малым содержанием органических веществ и высоким окислительно-восстановительным потенциалом. В некоторых озерах здесь могут преобладать бактерии, окисляющие закисные соединения железа и марганца, поступающие из микроаэрофильной зоны. Пониженный окислительно-востановительный потенциал в нижних микрозонах благоприятен для организмов, восстанавливающих захороненные окисные соединения железа и марганца. В димиктических мезотрофных и евтрофных озерах иловые отложения характеризуются большим количеством органического вещества и сезонной изменчивостью окислительно-восстановительных условий в поверхностном слое. Формирование и характер экологических ниш в этих водоемах зависит от окислительно-восстановительного потенциала и степени проникновения света до поверхности ила. Терминальным процессом в цепи анаэробного разложения органического вещества в пресных озерах является метаногенез, а в морях, океанах и осадках засоленных водоемов, содержащих сульфаты, — сульфатредукция.
Деятельность микробных сообществ во всех отмеченных экологических зонах водоемов взаимосвязана потоками вещества и энергии и оказывает решающее влияние на существование в экосистеме более высокоорганизованных по сравнению с микроорганизмами форм жизни.
