Растения являются источниками питания для микроорганизмов, в первую очередь для гетеротрофных организмов, как аэробных, так и анаэробных. В некоторых случаях в переувлажненных почвах корневые выделения растений служат непосредственными источниками углерода и энергии не только для «первичных», но и для «вторичных» анаэробных прокариот — некоторых метаногенов.
Микроорганизмы используют растения в качестве источника питания как пассивно, так и активно, паразитируя на них и часто приводя к гибели, т. е. растения также частично являются средой обитания для микроорганизмов. Растения, несомненно, оказывают какое-то селектирующее влияние на окружающее его и находящееся на нем микробное сообщество. Так, например, С4-растения, к которым, в частности, принадлежат злаковые, с большей эффективностью колонизируются такими азотфиксирующими бактериями, yak Azospirillum sp. и Enterobactersp.
Растения осуществляют физическую защиту микроорганизмов, а также участвуют в их распространении. Во время роста растений имеет место физический перенос микроорганизмов как в глубь почвы, так и на поверхность, в надпочвенное пространство, и, следовательно, наряду с животными растения служат переносчиками, или, как их еще называют, векторами, для микроорганизмов. При поедании растений животными разного уровня организации микроорганизмы попадают в желудочно-кишечный тракт этих животных. При этом часть микроорганизмов погибает, подвергаясь физико-химическим и биологическим (ферментативным) воздействиям. Другая часть (иногда даже в более высокой концентрации за счет размножения в пищеварительном тракте) с экскрементами опять попадает на поверхность растений и в почву. Таким образом, можно говорить о цикле микроорганизмов, где растения исполняют роль и переносчиков, и субстратов одновременно. Данный цикл микроорганизмов появился, по-видимому, с момента возникновения голозойного питания и хищничества. Он отмечен как на поверхности почвы, так и в почве, где происходит поедание корней растений животными и возвращение части микроорганизмов с экскрементами в почву. Значимость и глобальность этого цикла пока еще до конца не оценена.
