Анализ отдельных генов 16S рРНК

На завершающем этапе исследования достигается конечная цель анализа генов 16S рРНК из микробного сообщества — получение информации о филогенетическом разнообразии (филотипах) членов сообщества, как культивируемых, так и не культивируемых.

Когда анализируется значительный массив клонов, может быть применен их предварительный скрининг с использованием рестрикционного анализа ПЦР-амплификатов. Разрешающая способностьанализа, т. е. его способность точно группировать идентичные клоны и отличать их от других групп идентичных клонов, зависит от набора применяемых рестриктаз. В этом случае для следующей стадии анализа используют от одного до нескольких клонов, представляющих каждую группу.

Заключительная, обязательная стадия исследования — определение последовательностей (сиквенс) отдельных генов 16S рРНК и сравнение их с аналогичными последовательностями, представленными в банках данных, а затем построение филогенетических деревьев. В результате удается определить филогенетическое положение всех изучаемых членов сообщества, как культивируемых, так и не культивируемых, в том числе и ранее не известных микробиологам, их родственные взаимоотношения друг с другом, а также с известными видами микроорганизмов.