Фенотипическое обнаружение микроорганизмов

При чашечном посеве природных образцов можно достичь двух результатов: получить отдельные колонии чистых культур микроорганизмов (клонов одной клетки) и начать фенотипическое определение различных организмов (описание колоний). В некоторых случаях клетки из отдельно взятой колонии могут быть введены в пластинки для анализа (API-тест, Biolog), по результатам которого возможно определение микроорганизма до рода. Современные методы позволяют амплифицировать участок ДНК из клеток одной колонии с применением пары универсальных праймеров и определить последовательность вариабельного участка генома, кодирующего ген 16S рРНК. Этого бывает достаточно, чтобы, сравнивая с известными последовательностями из геномного банка, идентифицировать микроорганизм до рода или даже вида.

Выделение и идентификация членов микробного сообщества с использованием метода прямого рассева на чашки эффективны при высокой концентрации клеток того или иного члена сообщества. Если же относительное количество клеток искомого вида невелико, они могут «потеряться» при таком методе обработки пробы, и в этом случае метод прямого рассева на чашки с разведениями пробы непригоден для анализа.

Поскольку разные члены идентифицируемого микробного сообщества могут иметь различные требования к компонентам среды (состав и содержание солей, органического субстрата), а также к физическим условиям выращивания (температура, влажность, содержание кислорода и т. д.), для более полного выявления членов сообщества применяют параллельные посевы на среды различного состава (например, для выявления копиотрофов и олиготрофов, органотрофов и литотрофов, азотфиксаторов и т. д.). Существуют приемы добавления в среды специфических ингибиторов для подавления развития той или иной группы микроорганизмов (например, для подавления развития эукариот на чашке с прокариотами применяют актидион).