Млекопитающие. 
Физико-географические особенности Катунского заповедника

Класс млекопитающих на территории заповедника представлен 59 видами из 6 отрядов и 17 семейств, в том числе 12 видов хищных; в этот же список входят и виды, обитание которых в заповеднике, возможно, нуждается в подтверждении.

Очень редко в Катунский заповедник заходят снежные барсы (ирбисы). Ирбис тесно связан с альпийским и субальпийскими поясами гор, отдает предпочтение сильно расчленённым скалистым ландшафтам с травяной или кустарниковой растительностью. В 1996 году в окрестностях Аккемского озера сотрудниками заповедника были обнаружены следы барса. Хотя озеро находится не на территории заповедника, но есть сведения о том, что ирбис изредка заходит в заповедную зону. По-видимому, это связано с миграцией сибирских горных козлов и кабарги — основной кормовой базы снежного барса. Снежный барс занесен в международную и российскую Красные книги как вид, находящийся под угрозой исчезновения, однако он все еще добывается браконьерами. Горные копытные, которыми питается барс, на данный момент тоже стали редкими, так что этот исключительно красивый зверь в нашей стране может исчезнуть.

Выдра речная — тоже исключительно редкий вид. Обитает по берегам рек Озерной (правый приток Катуни) и Тихой (левый приток Катуни), на прилегающей к заповеднику с запада территории. Неоднократно выдра наблюдалась и на берегах Катуни ниже устья р. Зайчихи. Как правило, отмечаются лишь единичные случаи встреч этого животного. В марте 2006 года, утром, во время проведения зимнего учёта, были зафиксированы свежие следы выдры на устье р. Зайчихи. Это пока единственное место в заповеднике, где встречается этот хищник. Следы вели к полынье реки, в таких отдушинах реки выдра зимой добывает себе рыбу. Самого животного увидеть не удалось. Популяции речной выдры постоянно испытывали существенный пресс из-за чрезмерной добычи, вызванной повышенным спросом на мех животного. Ее мех является обязательным элементом при пошиве алтайских национальных головных уборов. Поэтому непрерывные преследования, которым она подвергалась и подвергается, сделали ее из некогда многочисленного вида очень редким зверьком. В настоящее время в Республике Алтай их осталось не более 200 (Красная книга, 1996). В 1995 году выдра внесена в республиканскую Красную книгу.

Из дополнительного списка Красной книги Республики Алтай обитает кабарга. В заповеднике животное наблюдали в основном в долине р. Кураган. С каждым годом всё реже и реже отмечаются случаи встреч кабарги. В 2005 году был зафиксирован лишь 1 случай. Это объясняется тем, что животные постоянно мигрируют, а за пределами заповедника на них ведётся охота, так как данный вид является охотничье-промысловым. Поэтому кабарга в Центральном Алтае находится под угрозой исчезновения.

По данным госинспекторов и научных сотрудников, в заповеднике обитает около 10 семей лосей. Места обитания этих животных распространены почти по всей территории заповедника.

Единично в заповеднике встречается рысь. Пока отмечались только следы, визуально животное никто из сотрудников заповедника ещё не наблюдал.

Типичны для заповедника такие хищники, как волк, росомаха, лисица. Довольно часто по склонам гор встречается медведь, который обитает по всей территории заповедника. Изредка встречаются следы кабана и барсука. Очень редко, возможно из-за труднодоступности для наблюдений его мест обитаний, встречается в высокогорьях сибирский горный козел — основная кормовая база снежного барса.

На территории заповедника зарегистрировано 20 видов охотничье-промысловых млекопитающих. Основные виды этой группы, постоянно присутствующие и не являющиеся редкими: заяц-беляк, белка, цокор, сурок, соболь, косуля, марал. Гораздо реже отмечаются горностай, ласка, солонгои, хорь степной. По руслам и побережьям рек встречаются водяная хутора, узкочерепная и водяная полевки, американская норка. Все они редки или крайне редки.

В смешанных лесах доминируют красная полевка, обычный бурундук, красносерая полевка, обыкновенная, тундряная, плоскочерепная и средняя бурозубки, восточноазиатская и лесная мыши, экономка, темная полевка, встречаются цокор и алтайская рыжая мышовка, отмечены сибирский крот, двуцветный кожан, заяц-беляк, белка, бурундук, лисица, медведь, ласка, горностай, рысь, кабарга, лось. В лиственничных лесах многочисленны красная полевка и цокор, обычны экономка, восточно-азиатская мышь, красно-серая, темная и обыкновенная полевки, обыкновенная, тундряная, плоскочерепная и средняя бурозубки, бурундук. По каменистым россыпям среди лиственичных лесов встречается алтайская пищуха, по речкам, пересекающим эти леса, водяная полевка и кутора. Регистрировались сибирский крот, двуцветный кожан, заяц-беляк, белка, бурундук, алтайская рыжая мышовка, лесная мышь, красно-серая и обыкновенная полевки, волк, лисица, медведь, росомаха, ласка, горностай, солонгои, рысь, марал. В лиственнично-темнохвойных и темнохвойно-лиственничных лесах доминируют красная полевка, лесная мышовка, многочислен цокор, отмечены сибирский крот, обыкновенная, тундряная и плоскочерепная бурозубки, двуцветный кожан, заяц-беляк, медведь, соболь, горностай, солонгои, росомаха, рысь, марал.

В кедрово-лиственничных редколесьях многочисленны красная полевка, цокор, обычны полевка-экономка, тундряная, равнозубая, малая и плоскочерепная бурозубки, восточноазитская мышь, красно-серая и темная полевки. Отмечены сибирский крот, заяц-беляк, альпийская пищуха, белка, бурундук, обыкновенная полевка, лисица, медведь, соболь, росомаха, горностай, солонгои, марал. В ерниковых тундрах доминирует красная и красно-серая полевки, отмечались сибирский крот, тундряная и плоскочерепная бурозубки, заяц-беляк, лесная и восточноазиатская мыши, цокор, заходит волк, лисица, росомаха, рысь. В каменистой тундре обитают альпийская пищуха, большеухая полевка, сурок, заходит соболь, росомаха, горностай, солонгои, возможно, снежный барс и сибирский горный козел.

заповедник природный условие резерват.