Важное значение в нефтеобразовании играют также эндогенные процессы, к которым относятся различные перемещения участков земной коры (горизонтальные и вертикальные тектонические движения), землетрясения, извержения вулканов и излияния магмы (жидкой огненной лавы) на поверхность Земли, на дно морей и океанов, а также глубинные разломы земной коры, тектонические нарушения, складкообразование и др. Т. е. к эндогенным процессам относятся процессы, происходящие внутри Земли.
Земная кора в течение геологической истории подвергалась как вертикальным колебательным движениям, так и горизонтальным перемещениям литосферных плит. Указанные глобальные изменения каменной оболочки Земли несомненно влияли на процессы образования местоскоплений нефти и газа.
За счёт вертикальных движений формировались крупные впадины и прогибы, где накапливались мощные толщи осадков.
Последние, в свою очередь, могли продуцировать углеводороды (нефть и газ). В других участках, наоборот, возникали крупные поднятия, которые также представляют интерес в нефтегазоносном отношении, так как они могли аккумулировать углеводороды.
При горизонтальных перемещениях литосферных плит происходило слияние одних континентов и раскол других, что также отражалось на процессах образования и накопления нефти и газа. При этом в отдельных участках земной коры возникали благоприятные условия для накопления значительных концентраций углеводородов.
К эндогенным процессам относится также метаморфизм, т. е. перекристаллизация горных пород под влиянием высоких температур и давлений. Метаморфизм подразделяют на три вида.
Региональный метаморфизм — это изменение состава горных пород, которые погружаются на большую глубину и подвергаются воздействию высокой температуры и давления.
Другой вид — динамометаморфизм возникает при воздействии тектонического бокового давления на горные породы, которые подвергаются дроблению, раскалыванию на плитки и приобретают сланцеватый облик.
В процессе внедрения магмы в горные породы происходит также контактный метаморфизм, в результате чего вблизи зоны контакта магматических расплавов с вмещающими породами происходит частичное переплавление и перекристаллизация последних.