Самой крупной рекой Томской области является р. Обь. На территории Томской области она протекает своим средним течением, разделяя область на две части — западную и восточную. При общей длине реки Оби 3076 км — 1030 км приходится на Томскую область. На всем своем течении она образует большое количество проток. Дно реки сложено песчаными, песчано-илистыми отложениями.
Областной центр, г. Томск, располагается на берегу правого притока реки Оби — р. Томи. Река Томь имеет общую длину 839 км — из них около 120 км приходятся на Томскую область. Исток реки расположен в Красноярском крае, на западном склоне Абаканского хребта. В пределах Томской области расположено лишь нижнее течение, где река имеет типичный равнинный характер, образует большое количество изгибов, островов, перекатов. Русло реки сложено галькой и гравием (главное сырье для строительства дорог). Река используется для судоходства и сплава леса. Для более полного использования в перевозках массовых грузов необходимо проводить дноуглубительные работы. [5].
Междуречье дренируется притоками рек Обь и Томь. Среднегодовой расход воды р. Обь до впадения в нее р. Томь оставляет 1800 м3/с. Средний годовой расход воды у Томи — 1100 м3/с. Междуречье характеризуется значительной сетью малых рекПорос, Большая и Малая Черная, Ум, Кисловка, Кирева, которые частично дренируют террасы рек Томь и Обь. Густота речной сети колеблется от 0,2 до 0,3 км/км .
Питание реки получают от весеннего таяния снега, обильных летних осадков и грунтовых вод. Такой характер питания рек создает условия для длительного половодья, но больших разливов эти реки не имеют, и вода выходит из берегов лишь в отдельные годы.
Всё это показывает, что гидрографическая сеть существенно влияет на почвообразование и, прежде всего, на водный режим почв и грунтов. [6].
Томская область богата подземными водами, имеющими большое и разнообразное народнохозяйственное значение. По составу воды различные: до глубины 500 м они гидрокарбонатно-кальциевые, а глубже гидрокарбонатно-натриевые.
Издавна местным населением используются неглубокие грунтовые воды («верховодка»), которые добываются в шахтных колодцах. Глубина колодцев от 2−3 до 10−12 м.
Водоносные пески и галечники, лежащие на глубине 30−40 м (иногда до 100 м), дают хорошую воду. Вода с этих горизонтов добывается посредством буровых скважин, иногда самоизливающихся.
Некоторые подземные источники обладают целебными свойствами и могут быть использованы для лечебных целей. Основным лечебным фактором является растворённый в воде газ радон и некоторые другие элементы. Лечение даёт положительный результат при ревматизме и гипертонии. [1,2].