Геологическое строение и тектоника Крымского полуострова определили своеобразие его гидрогеологических особенностей по гидрогеологическому районированию Крыма водосборный бассейн реки располагается в Южной горноскладчатой области.
Основания Крымских гор сложены глинистыми водоупорными, практически безводными породами таврической серии и средней юры [22].
Поэтому здесь подземные воды приурочены только к верхнему ярусу пород — к верхнеюрским закарстованным известнякам и песчано-глинистыми отложениями, местами в отдельных депрессиях к породам мелового возраста и к четвертичным образованиям.
Из всех водоносных горизонтов наиболее богатым водой является аллювиальный водоносный горизонт в галечниковых отложениях первой и второй террасы р. Салгир. Он имеет гидравлическую связь с рекой, одного порядка с ней уровни и только местами весьма пологую кривую депрессии в сторону дренирования трещинных вод из выветрелой части коренных пород водоразделов.
Основным источником данного водоносного горизонта являются воды р. Салгир, в меньшей степени трещинные воды из выветрелой части коренных пород водоразделов, дренируемой долиной и атмосферные осадки.
Источником питания трещинных вод в выветрелой части коренных пород на водоразделах являются атмосферные осадки, которые выпадают здесь чаще в виде ливней. Питание аллювиальных вод водоразделов непостоянно и ограниченно, а то интенсивно, а то и вовсе отсутствует.
Питание аллювия непосредственно атмосферными осадками ещё более ограниченно, ввиду наличия сверху аллювиальных и делювиальных суглинков, имеющих здесь довольно большое площадное распространение. Фильтрационные свойства галечников весьма высоки, что говорит о слабой защищённости водоносного горизонта от загрязнений.
Таким образом, наибольшую опасность, с точки зрения загрязнения, представляют грунтовые воды (на первом водоупоре) на участках речных долин и балок с круглогодичном развитием грунтовых вод в пойменном террасовом аллювии и в балочных образованиях.
Более глубокие водоносные горизонты представлены в бассейне в тех районах, где они вскрываются и дренируются эрозионными системами или получают питание за счёт протекания в этих системах поверхностных водотоков.
К числу таких водоносных горизонтов на разных участках бассейна относятся горизонты, приуроченные ко всем развитым здесь стратиграфическим толщам за исключением палеозойских отложений.
Воды юрских отложений являются основными и почти единственными водоносными горизонтами практического значения (не учитывая вод в четвертичных отложениях) в пределах горной части бассейна.
Так карстовые воды в известняках верхней Юры на яйлинских массивах и их склонов с глубиной залегания от 0 до нескольких сотен метров служат устойчивым источником питания рек Кизил-Коба, Аян и др.
