При дефиците иных источников, например при длительном голодании, осуществляется синтез глюкозы из аминокислот, при этом мышечная масса уменьшается.
Атомы углерода различных аминокислот в конечном счете могут давать или ацетил-КоА, или промежуточные продукты цикла трикарбоновых кислот. Аминокислоты, которые могут служить предшественниками фосфоенолпирувата и, следовательно, глюкозы, называются гликогенными аминокислотами. Примером служат глутаминовая и аспарагиновая кислоты, которые непосредственно превращаются в а-кетоглутарат и в оксалоацетат соответственно.
Лейцин и другие аминокислоты, образующие при катаболизме ацетил-КоА, могут давать начало ацетоацетату, особенно у голодающих животных. Поэтому их называют автогенными аминокислотами.
Фенилаланин и тирозин служат примером аминокислот, являющихся и гликогенными, и кетогенными одновременно, поскольку при деградации они расщепляются с образованием гликогенной фумаровой кислоты и кетогенного ацетил-КоА.
Таким образом, имеется три группы из 20 аминокислот млекопитающих.
Гликогенные: аланин, аргинин, аспарагиновая кислота, аспарагин, цистеин, глутаминовая кислота, глутамин, глицин, гистидин, метионин, пролин, серин, треонин, триптофан, валин.
Кетогенные: лейцин.
Гликогенные и кетогенные: изолейцин, лизин, фенилаланин, тирозин.
У растений и многих микроорганизмов нет различия между гликогенными и кетогенными аминокислотами, поскольку в конечном счете все аминокислоты могут вносить вклад в образование глюкозы посредством реакций цикла трикарбоновых кислот и глиоксилатного цикла.