Выбор метода защиты определяется свойствами самого продукта, поражающих его микроорганизмов и стоимости процедуры.
Из воды, вин, пива, соков, напитков и других жидкостей микроорганизмы могут быть удалены фильтрацией, не изменяющей физические и вкусовые качества продукта. Задержка микробного роста может быть осуществлена снижением температуры или замораживанием. Правда, при этом преимущества в росте могут получить психрофильные микроорганизмы, которые также способны портить продукты. Еще Л. Пастер предложил использовать повышение температуры как фактор, предупреждающий развитие микроорганизмов в продукте. Этот способ (пастеризация), заключающийся в нагревании продукта до температуры 100 °C (стерилизация), убивающее все формы живых организмов, также широко используется для предупреждения микробной порчи. Высушивание продуктов из замороженного состояния (лиофилизация) позволяет существенно увеличить сроки их хранения. Химические консерванты, предотвращающие порчу продуктов, включают простые органические кислоты, сульфит, оксид этилена, нитрит, бензоат и этилформиат. Эффективность этих веществ часто зависит от pH продукта. Например, лактат и пропионат действуют лучше при пониженном pH, когда они находятся преимущественно в недиссоциированной форме. В настоящее время большой популярностью стал пользоваться антибиотик низин, образуемый лактококками. Это полипептидный нетоксичный антибиотик, не используемый в медицинских целях и влияющий, в основном, на проницаемость ЦПМ грамположительных бактерий. Для контроля популяции микроорганизмов в продуктах питания могут применяться электромагнитные излучения: ультрафиолет, убивающий микроорганизмы на поверхности, и у-излучение, проникающее внутрь продукта.
