Япония расположена в Восточной Азии на островах Тихого океана, общая площадь которых составляет 372 тыс. кв. км. В состав Японии входят 4 крупных острова — Хонсю, Хоккайдо, Кюсю, Сикоку и 6,8 тыс. малых островов. Более 70% территории Японии занимают горы. Горы Японии, отличающиеся разнообразием рельефных форм, в известной степени осложняют сельскохозяйственное освоение островов и затрудняют сообщение между отдельными районами. Равнины, на которых проживает основная часть населения страны и размещены практически все хозяйственные объекты, занимают около 20% площадей страны и расположены преимущественно на Тихоокеанском побережье. Леса занимают 70% территории страны. Для расширения жизненного пространства используются искусственные насыпные острова и полуострова.
Климат Японии в целом благоприятный с высокой влажностью и большими зональными различиями. Остров Хоккайдо и север острова Хонсю лежат в зоне умеренного морского климата; остальная часть острова Хонсю, острова Сикоку и Кюсю — во влажном субтропическом, а острова Рюкю — в тропическом климате. Наиболее ярко выраженными временами года Японии являются лето и зима, переходные периоды между которыми — весна и осень — резко не выделяются.
Важнейшим фактором, формирующим климат, являются муссоны, летом сопровождающиеся тайфунами и ливнями, а зимой — снегопадами. Смягчающее влияние на климат оказывает теплое океаническое течение Куросио.
Основные растительные зоны Японии — тропическая (о. Рюкю), субтропическая, зона широколиственных листопадных лесов (склоны гор о. Сикоку, Кюсю) и зона хвойных лесов (преимущественно о. Хоккайдо).В условиях окружения водами морей и океана, основным средством связи Японии с другими регионами мира служит водный транспорт. Моря, омывающие Японию, кроме Охотского, не замерзают и доступны для навигации в течение всего года.
Реки Японии для судоходства непригодны, большинство из них — это бурные горные потоки. Они являются источниками гидроэнергии и воды для орошении. Крупнейшими реками являются Синано, Тонэ, Китаками и Исикари.