В Южном федеральном округе значительное негативное воздействие на окружающую среду оказывают выбросы вредных веществ с территории Волгоградской (27,6%), Ростовской (16,2%), Астраханской областей (15,1%), Краснодарского края (14,7%). Основными источниками загрязнения являются предприятия различных отраслей промышленности — трубопроводного транспорта, энергетики, газовой, нефтедобывающей промышленности.
Пять городов — Волгоград, Волжский, Новороссийск, Новочеркасск и Ростов-на-Дону.
Более половины суммарного по округу объема сброса загрязненных сточных вод приходится на Краснодарский край (51,3%). В первую очередь это связано с деятельностью многочисленных сельскохозяйственных предприятий, расположенных на территории края. Также можно выделить достаточно ощутимый вклад по этому показателю таких субъектов федерации, как Ростовская область, Ставропольский край и Волгоградская область (суммарно — 31,4%), где основными источниками загрязнения водных объектов являются предприятия жилищно-коммунального хозяйства.
В 2004 г. на территории ЮФО более 40% объема отходов производства и потребления образовывалось в Краснодарском крае (в первую очередь, на многочисленных сахарных заводах), еще более трети — на угольных и энергетических объектах Ростовской области, на химических и металлургических предприятиях Волгоградской области.
Самыми сильными загрязнителями атмосферы в ЮФО являются предприятия нефтегазового комплекса: «Кубаньгазпром», «Севосетиннефтегазпром», «Астраханьгазпром», «Черномортранснефть», «Грознефтегаз», а также предприятия по добыче и переработке нефти и газа в Ингушетии и Калмыкии. Эти данные учитывают выбросы от так называемых стационарных источников, однако во всех 13 субъектах ЮФО они составляют меньшую часть от общего объема загрязнения атмосферы. Наибольшая часть выбросов приходится на автотранспорт.
С водой ситуация хуже: сброс загрязненных сточных вод в ЮФО составил 2,439 млрд кубометров, то есть вырос почти на 8%. Наибольший «вклад» внесли Краснодарский край, где сосредоточено 80% от общих эксплуатационных ресурсов пресных вод Северо-Кавказского региона, Ингушетия и Калмыкия.
Остается нерешенной проблема хранения и утилизации пришедших в негодность и запрещенных к применению пестицидов и минеральных удобрений. По данным инвентаризации объектов захоронения и хранения отходов, на территории Астраханской области выявлено более 440 свалок отходов, из которых около 300 несанкционированные, в том числе 91 — в Астрахани.
