26 ноября 1561 года германский император Фердинанд I запретил снабжение русских через порт Нарвы. Эрик XIV, король шведский, блокировал нарвский порт и послал шведских каперов на перехват торговых судов, плывущих в Нарву.
В 1562 году произошёл набег литовских отрядов на Смоленщину и Велиж. Летом того же года обострилась ситуация на южных границах Московского государства, что передвинуло сроки русского наступления в Ливонии на осень.
Путь на литовскую столицу Вильну был закрыт Полоцком. В январе 1563 года на взятие этой пограничной крепости из Великих Лук выступила русская рать, включавшая «почти все вооруженные силы страны». В начале февраля русское войско приступило к осаде Полоцка, и 15 февраля город сдался.
Милосердие к побеждённым было типичным для армии Грозного: когда в 1563 г. был отбит у поляков Полоцк, Иван отпустил с миром гарнизон, одарив каждого поляка собольей шубой, а городу сохранив судопроизводство по местным законам.
Тем не менее, по отношению к евреям Иван Грозный был жесток. Как сообщает Псковская летопись, при взятии Полоцка Иван Грозный приказал всем евреям креститься на месте, а тех, кто отказался (300 человек), велел утопить в Двине. У Карамзина упоминается, что после захвата Полоцка Иоанн велел «крестить всех Жидов, а непослушных топить в Двине».
После захвата Полоцка в успехах России в Ливонской войне наметился спад. Уже в 1564 русские потерпели ряд поражений (Битва при Чашниках). На сторону Литвы перешёл боярин и крупный военачальник, фактически командовавший русскими войсками на Западе, князь А. М. Курбский, он выдал королю царских агентов в Прибалтике и участвовал в литовском набеге на Великие Луки.
На военные неудачи и нежелание именитых бояр вести борьбу против Литвы царь Иван Грозный ответил репрессиями против боярства. В 1565 была введена опричнина. В 1566 в Москву прибыло литовское посольство, предложившее произвести раздел Ливонии на основании существовавшего на тот момент положения. Созванный в это время Земский собор поддержал намерение правительства Ивана Грозного вести борьбу в Прибалтике вплоть до захвата Риги.
