Первые мыши подключались к компьютерам x86 через последовательный коммуникационный интерфейс RS-232 (последовательные мыши) с разъёмом DB25 °F и, позднее, DB9 °F, и с помощью своего адаптера (шинные мыши англ. bus mouse). В 1990;х годах большинство выпускавшихся мышей имели последовательное подключение.
В компьютере PS/2 фирма IBM предусмотрела для мыши специальный порт с разъемом mini-DIN, точно таким же, как и для клавиатуры. Позднее разъёмы клавиатуры и мыши типа PS/2 были включены в современный стандарт материнских плат x86 — ATX. Такие мыши лидировали в продаже в период 2001—2007 гг. и используются до сих пор, постепенно уступая свои позиции интерфейсу USB.
Ещё одним интерфейсом, через который можно подключить мышь, является универсальный беспроводной радио-интерфейс Bluetooth; он поддерживается на многих платформах.
Основная часть современных мышей имеет интерфейс USB, иногда — с адаптером для PS/2.У разъёма PS/2 имеется один существенный минус: если в процессе работы компьютера вы нечаянно дёрните за провод и он вылетит из своего гнезда или нарушится контакт с гнездом, мышь, естественно, работать перестанет, но чтобы заставить мышь вновь функционировать, вам придется не только вставить шнур обратно в гнездо, но и перезагрузить компьютер. Фирма Apple для своих компьютеров в настоящее время поставляет мыши только с интерфейсом Bluetooth, хотя возможно использование и мышей USB.
Последовательная мышь питается от провода DTR («готовность компьютера») разъёма RS-232 и имеет преимущество в виде возможности передавать отсчеты в компьютер с более высокой частотой — частота опроса USB мыши ограничена частотой фреймов шины USB, что для низкоскоростных устройств равна 1 КГц.
