Общая гладь поверхностных вод составляет 32,9 тыс. га. Основные реки области Клязьма и Ока. По территории области протекают сотни больших и малых рек, общей протяжённостью более 8,6 тыс. км (их количество вместе с ручьями доходит до 560). Клязьма впадает в Оку на юго-восточной окраине по границе с Нижегородской областью. Крупнейшие притоки Клязьмы: Шерна (с притоком Молокча), Киржач (с притоками Большой и Малый Киржач), Пекша, Колокша, Нерль, Судогда, Уводь, Лух, Суворощь, притоки Оки: Гусь, Унжа и Ушна, близ Александрова берёт начало приток Волги река Дубна. Река Ока в пределах области судоходна на всем протяжении (157 км). Реки области имеют равнинный характер течения, широкие долины и извилистые русла. Водный режим рек характеризуется высоким весенним половодьем, низкой летне-осенней меженью с отдельными паводками в период сильных дождей, устойчивой зимней меженью.
Насчитывается около 300 озёр общей площадью в пять тысяч гектар. Большинство из них мелкие, бессточные, многие зарастают торфяным слоем. Происхождение озёр различно. Многочисленные озёра-старицы разбросаны по долинам рек. Самые крупные из них — Урвановское (длиной 12 км) и Виша (длиной около 10 км). В Мещёрской низменности и на северо-западе области встречаются озёра древних аллювиальных долин: Исихры, Святое и др. Озёра карстового происхождения, расположенные в низовьях Клязьмы и в центре округа Вязники (северо-восток области), имеют сильно минерализованную воду и связаны с собой подземными водотоками. Наиболее крупное и глубокое из них — озеро Кщара. В округе Александров и Юрьев-Польском районе встречаются озёра ледникового происхождения небольших размеров. Основные массивы болот региона (общая их площадь составляет 37,4 тыс. га) встречаются в Мещёрской и Балахнинской (северо-восток области) низменностях.
