Программа Modeller для моделирования макромолекул

Modeller — компьютерная программа, которая моделирует трехмерные структуры белков и строит их со всеми необходимыми пространственными ограничениями. Modeller является наиболее часто используемой программой для гомологического или сравнительного моделирования структуры белков: пользователь предоставляет выровненную последовательность, на основе которой программой будет смоделирована молекула с известными родственными структурами. В процессе работы Modeller автоматически вычислит модель со всеми неводородными атомами.

В более широком смысле, использование программы Modeller ограничено пространственной структурой аминокислотной и лигандной последовательностью, которые будут смоделированы. Результат вычислений — трехмерная структура, которая соответствует этим ограничениям настолько, насколько это возможно [11].

Трехмерная модель, полученная в программе Modeller при оптимизации функции вероятности молекулярной плотности имеет формат (pdf). Молекулярная pdf для сравнительного моделирования оптимизирована с переменно-целевой процедурной функцией в пространстве декартовых координат, которое использует методы сопряженных градиентов и динамику молекул с модельной «закалкой». Программа Modeller может также выполнять множественное сравнение последовательностей белка и/или структур, объединенных в кластеры белков, и поиска последовательности из баз данных. Программа использует язык скриптов (сценариев) и не имеет графического интерфейса. Программа Modeller распространяется бесплатно. Скачать ее можно с официального сайта Modeller [12].