Обзор литературы. 
Полиморфизм промоторной области гена APT(однонуклеотидный полиморфизм Fas-670A/G)

Однонуклеотидные полиморфизмы (SNPs)

Однонуклеотидные полиморфизмы (SNPs — single nucleotide polimorphisms) — геномные позиции, в которых есть две отчетливые нуклеотидные аллели, причем каждая проявляется в значительной части человеческой популяции (La Framboise, 2009). SNPs являются частным случаем ONP.

ONP — вариабельные позиции в последовательности геномной ДНК, для которых частота встречаемости в популяции наименее распространенного варианта превышает 1%. В кодирующих регионах генома они встречается реже, чем в некодирующих. На тысячу оснований приходится одна вариабельная позиция (Ребриков и др., 2009).

SNPs являются однонуклеотидными заменами одного основания на другое. Каждая позиция SNP в геноме может иметь четыре варианта: один для каждого нуклеотида — A, C, G и T. (рис.1) Однако не все однонуклеотидные изменения являются SNPs. Классифицированные как SNP, два или более варианта последовательности должны быть представлены (наблюдаемы) менее чем у 1% и? двидуумов от всего насе? ения.

В геноме человека обнаружено около 10 миллионов однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs) (Kruglyak, Nickerson, 2001). Было показано, что SNPs встречаются через каждые 100−300 оснований. Во всем человеческом геноме содержится приблизительно от 10 до 30 миллионов потенциальных SNPs. Более чем 4 миллиона SNPs было опубликовано в разных банках данных. Многие из этих SNPs выполняют неизвестные функции (Perkin, 2005).

Изучение SNP ведется во многих организмах. Среди важнейших агрокультур генетическая модификация кукурузы, пшеницы, соевых, риса может увеличить высокий урожай при меньшем количестве удобрений, инсектицидов, гербицидов. Среди микроорганизмов и вирусов SNPs известны по причине их влияния на лекарственную устойчивость (Perkin, 2005).

Есть 2 типа замен нуклеотидных оснований, дающих SNPs:

Транзиция — случается между пуриновыми основаниями (A, G) или между пиримидиновыми основаниями (C, T). Этот тип замены составляет две трети всех SNPs. A (пурин) T (пиримидин) >G (пурин) C (пиримидин).

Трансверсия — случается между пуриновым и пиримидиновым основанием. A (пурин) T (пиримидин) > C (пиримидин) G (пурин).

SNP в кодирующей последовательности могут иметь 2 различных действия на образуемый белок:

Синонимичное — изменение не позволяет аминокислоте присоединиться к белку ею продуцируемому. Его также называют безмолвная мутация.

Несинонимичное — изменение дает модификацию закодированной аминокислоты. Незначительная мутация изменяет белок при изменении кодона. Бессмысленная мутация имеет результатом недостающий терминальный кодон. SNPs могут также случаться в регуляторной области генов. Эти SNPs способны изменять количество или хронометрировать продукцию белка (Kaleigh, 2002).

Наличие SNPs может определять предрасположенность к определенным заболеваниям, чувствительность к медикаментам и патогенам (Urquhart, 2011).

SNPs связаны с аутоиммунными заболеваниями, такими как диабет 1 типа, множественный склероз, ревматоидный артрит и системная красная волчанка и опухолевых — рак кишечника, легких, поджелудочной железы, различными видами карцином, лейкемией. (Hampe et al., 1999; Nagata, 1999).

Большую актуальность приобретают исследования по влиянию SNPs на экспрессию проапоптотических белков. Известно, что при развитии опухолевых процессов изменяются механизмы самоуничтожения клеток таким образом, что злокачественно трансформированные клетки экранируют цитотоксическое действие иммунной системы организма и приобретают конкурентные преимущества в росте. Механизмы ухода опухолевых клеток из-под иммунного надзора во многом касаются регуляции экспрессии проапоптотических белков, в частности мембранного рецептора смерти Fas (CD95). Изменения экспрессии Fas и/или FasL часто выявлются при опухолевых заболеваниях человека.