Микроорганизмы, как редуценты, используют в качестве источника питания отмершую органику, которую составляют организмы животных и растений. Бактерии, участвующие в минерализации органических веществ могут быть как аэробами, так и анаэробами.
Нередко микроорганизмы, изначально паразитируя на растениях, приводят их к гибели, после чего уже в пассивной форме используют их как источник питания. В целом растение можно расценивать как среду обитания для бактерий, микромицетов и макромицетов. В то же время растения способны организовать в своем окружении определенные условия, благоприятно сказывающихся на рост и развитие микроорганизмов. Экспериментально доказано, что нарушение этого равновесия связано с недостаточным синтезом растениями аминокислот (BrianR.W.): цистеина, пролина, а также факторов роста — биотина и тиамина (WestP.M.).
Корневые выделения могут составлять около 20% от общего количества продуктов фотосинтеза растений. В их составе: пептиды, аминокислоты, алколоиды, гликозиды, витамины, органические кислоты, такие как, яблочная, лимонная, фумаровая, янтарная, винная, щавелевая и др.
Корневые выделения — благоприятный пищевой субстрат для активного роста в зоне корня представителей микрофлоры. При этом наличие тех или иных веществ в составе корневых выделений определяют рост в зоне корня представителей микрофлоры разных таксонов и их активность как антагонистов в отношении микобиоты.
Растения обеспечивают и защиту микроорганизмов, и их распространение в почве, что проявляется в физическом переносе микрофлоры как вглубь, так и на поверхность почвы.
При поедании растений животными разного уровня организации микроорганизмы попадают в желудочно-кишечный тракт этих животных. Часть микроорганизмов погибает, а часть с экскрементами опять попадает на поверхность растений и почву. Поэтому можно говорить о цикле микроорганизмов, где растения исполняют роль и переносчиков, и субстратов одновременно.
