Природные заказники — территории, имеющие особое значение для сохранения или восстановления природных комплексов и поддержания экологического баланса. Заказники могут быть как федерального, так и регионального значения.
Заказник Фролихинский
Заказник Фролихинский создавался с целью сохранения численности диких животных и поддержания условий для их воспроизводства.
В заказник включена часть побережья Байкала от мыса Немнянка на севере до реки Ширильды на юге (около 45 км береговой линии).
Заказник Кабанский
Природный заказник Кабанский находится на восточном берегу Байкала в дельте реки Селенги. Цель создания — охрана водоплавающих птиц и мест их обитания. Заказник имеет федеральный статус и с 1985 года является филиалом Байкальского заповедника. Как часть дельты Селенги территория заказника подпадает под действие Рамсарской конвенции о сохранении водно-болотных угодий.
Восточная граница заказника проходит от острова Кондаковский (протока Лобановская), по протокам Северная, Колпинка, Колпиная до впадения в озеро Байкал. Южная граница — от реки Селенга по протоке Среднее Устье до слияния ее с протокой Промой. Западная граница — по протоке Среднее Устье до впадения ее в озеро Байкал. Северная граница — по акватории озера Байкал (по Карге). На протоках, окаймляющих заказник, граница проходит по внешним берегам проток, обращенным к сопредельной с заказником территории.
Заказник Прибайкальский
Цель создания заказника Прибайкальский — сохранение и восстановление численности диких животных.
Заказник Степнодворецкий
Заказник создан с целью сохранения и воспроизводства сибирской косули и других животных.
Заказник Верхнеангарский
Цель создания орнитологического регионального заказника Верхнеангарский — охрана водоплавающих птиц и среды их обитания.
Заказник Энхэлукский.
Заказник создан с целью сохранения, воспроизводства и восстановления ценных в хозяйственном, научном и культурном отношении диких животных и птиц.
