Эта система имеет четыре звена: Федеральная таможенная служба России, региональные таможенные управления, таможни и таможенные посты. Четырехзвенная структура системы таможенных органов имеет законодательное закрепление и отражена в ТК РФ.
Взаимоотношения в системе таможенных органов основываются на принципе сочетания централизации и децентрализации. Централизация выражается в строгой иерархической подчиненности и подконтрольности нижестоящих органов системы таможенных органов вышестоящим. Децентрализация проявляется в наличии у каждого таможенного органа строго определенной компетенции по осуществлению таможенного дела на подведомственной ему территории и сочетании единого централизованного руководства с инициативой и ответственностью нижестоящих таможенных органов за выполнение возложенных на них функций.
Таможенные органы выполняют возложенные на них функции на единой правовой основе. Единство системы таможенных органов подчеркнуто также наличием у них единой государственной символики: все таможенные органы и находящиеся в их распоряжении морские и речные суда имеют свой флаг, а автотранспортные средства и воздушные суда — опознавательный знак (эмблему таможенных органов).
Становление единой системы таможенных органов России было сопряжено с конкретными политическими, экономическими и социальными переменами, произошедшими в нашей стране в начале 90-х гг. XX в. Эти перемены были обусловлены распадом СССР на ряд независимых государств, становлением новой российской государственности, переходом экономики страны на условия рыночных отношений и связанной с этим либерализацией внешнеэкономической деятельности. Все эти факторы в совокупности привели к выделению таможенных органов в самостоятельную государственную структуру с приданием им мощных рычагов правотворчества, правоприменения и правоохраны.
Деятельность системы таможенных органов должна осуществляться в строгом соответствии с Конституцией РФ, российскими законами и международными договорами Российской Федерации по вопросам таможенного дела. За неправомерные решения, действия или бездействие своих должностных лиц при исполнении ими служебных обязанностей таможенные органы несут ответственность как юридические лица в соответствии с положениями гражданского законодательства (ст. 1068 ГК РФ), если иное прямо не предусмотрено международным договором, нормы которого били нарушены. При этом непосредственно виновные в этом должностные лица таможенных органов несут дисциплинарную, административную, уголовную или иную ответственность в соответствии с законодательством Российской Федерации.
