Алгоритмы и программные системы для анализа регуляторных последовательностей ДНК
Диссертация
Несмотря на разнообразие подходов, проблема построения точных алгоритмов распознавания ССТФ в настоящее время не может считаться окончательно решенной. Причина этого состоит в большом разнообразии контекстных, физико-химических и конформационных особенностей ССТФмеханизмов ДНК-белковых взаимодействий между ССТФ и транскрипционными факторамиспецифичности контекста, окружающего ССТФ, степени… Читать ещё >
Список литературы
- Kitano Н. Systems biology: a brief overview. //Science., 2002 Mar 1 — 295(5560) — P. 16 624. Review.
- Thornton JM. From genome to function. // Science. 2001 Jun 15 — 292(5524) -P.2095−7. Review.
- Radtke F, Clevers H. Self-renewal and cancer of the gut: two sides of a coin. // Science. -2005 Maf 25 307(5717) — P. 1904−9.
- Dembitsky VM, Gloriozova ТА, Poroikov VV. Novel antitumor agents: marine sponge alkaloids, their synthetic analogs and derivatives. // Mini Rev Med Chem., 2005 Mar — 5(3) -P.319−36.
- Davidson EH, Erwin DH. Gene regulatory networks and the evolution of animal body plans. // Science., 2006 Feb 10−311(5762)-P.796−800.
- Igarashi P. Following the expression of a kidney-specific gene from early development to adulthood. // Nephron Exp Nephrol., 2003 — 94(1) — P. 1−6. Review.
- Seroude L. Differential gene expression and aging. // ScientificWorldJournal., 2002 Mar 9 -2:-P.618−31. Review.
- Novick RP. Autoinduction and signal transduction in the regulation of staphylococcal virulence. // Mol Microbiol., 2003 Jun- - 48(6) — P.1429−49. Review.
- Schneider Т., Stephens R. Sequence logos: a new way to display consensus sequences. // Nucleic Acids Res., 1990, — V. 18, — P.6097−6100.
- Ponomarenko M.P., Ponomarenko J.V., Frolov A.S., Podkolodnaya O.A., Vorobiev D.G., Kolchanov N.A., Overton C. // Bioinformatics, 1999, — V.15, — P.631−643
- Ponomarenko J., Ponomarenko M.P., Frolov A.S., Vorobiev D.G., Overton C., Kolchanov N.A. // Bioinformatics, 1999, — V.15., — P.654−668.
- Schneider Т., Stormo G.D., Gold L. Information content of binding sites on nucleotide sequences. //J.Mol.Biol., — 1986,-V.l88. -P.415−431.
- Рарр P., Chattoraj D. Information analysis of sequences that bind the replication initiator RepA. // J Molec. Biol., 1993, — V.233., — P.219−230.
- Horton P., Kanehisa M. An assessment of neural network and statistical approaches for prediction of E. coli promoter sites. //Nucleic Acids Res., 1992, — V.20., — P.4331−4338.
- Sewell R., Durbin R. Method for calculation of probability of matching a bounded regular expression in a random data string. // J. Comput. Biol., 1995, — V.2, — P.25−31.
- Кондрахин Ю. В. Компьютерный анализ и распознавание транскрипционных регуляторных районов генов эукариот. Новосибирск 1996. Кандидатская диссертация.
- Лидовский В. В. Теория Информации М.: Наука 2004.
- Lio P. Wavelets in bioinformatics and computational biology: state of art and perspectives. // Bioinformatics. 2003 Jan- - 19(1) — P.2−9. Review.
- Vlahovicek K, Munteanu MG, Pongor S. Sequence-dependent modelling of local DNA bending phenomena: curvature prediction and vibrational analysis. // Genetica. 1999 — 106(1−2)-P.63−73. Review.
- Preparata FP, Oliver JS. DNA sequencing by hybridization using semi-degenerate bases. // J Comput Biol. 2004 — 11(4) -P.753−65.
- Construction of predictive promoter models on the example of antibacterial response of human epithelial cells. // Theor Biol Med Model. 2005 Jan 12 — 2(1) — P.2.
- Pastinen T, Hudson TJ. Cis-acting regulatory variation in the human genome. // Science. 2004 Oct 22 306(5696) — P.647−50. Review.
- Mannervik M, Nibu Y, Zhang H, Levine M. Transcriptional coregulators in development. // Science., 1999 Apr 23 — 284(5414) — P.606−9. Review.
- Варакин JI.E. Системы связи с шумоподобными сигналами. М., «Радио и связь» 1985
- Ратнер В.А. Математическая популяционная генетика. Новосибирск: Наука, 1976. -128 с.
- John A. Berger, Sanjit К. Mitra, and Jaakko Astola. Power spectrum analysis for DNA sequences // Proceedings of the International Symposium on Signal Processing and its Applications (ISSPA 2003), Paris, FRANCE 2003 July 1−4, — pp. 29−32.
- Кимура. Молекулярная эволюция: теория нейтральности. М.: Мир, 1985 — 400 с.
- В.Н. Малоземов, С. М. Машарский, К. Ю. Цветков. Сигнал Фрэнка и его обобщения. // Spb. Math. Society Preprint 2000 — 12
- Яглом А. Яглом И. Вероятность и информация — М.: Наука, 1973.31. van Lint, J. Н. An Introduction to Coding Theory, 2nd ed. // New York: Springer-Verlag, -1992.
- Heumann, S. «Golay Codes."http://www.mdstud.Chalmers.se/~md7sharo/coding/main/node34.html
- Alberts В., Bray D., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., and Walter P., // Essential Cell Biology. New York: Garland Publishing, 1998.
- Todd C. Mowry, Angela K. Demke and Orran Krieger. Automatic Compiler-Inserted I/O Prefetching for Out-of-Core Applications. // Proc. OSDI '96
- Kel AE, Gossling E, Reuter I, Cheremushkin E, Kel-Margoulis OV, Wingender E. MATCH: A tool for searching transcription factor binding sites in DNA sequences. // Nucleic Acids Res. -2003 Jul 1−31(13)-P.3576−9.
- Freeh K, Werner T (1996) Specific modelling of regulatory units in DNA sequences. // Pacific Symposium on Biocomputing 1997 — 151−162 — World Scientific Publishing Co. Pte. Ltd, Singapore
- Workman CT, Stormo GD. ANN-Spec: a method for discovering transcription factor binding sites with improved specificity. // Рас Symp Biocomput. 2000 — 467−78.
- Cheremushkin ES, Kel AE. Whole Genome Human/Mouse Phylogenetic Footprinting of Potential Transcription Regulatory Signals. // Pacific Symposium on Biocomputing 2003 — 8 -P.291−302.
- Stormo, G.D. DNA binding sites: representation and discovery // Bioinformatics 2000- 16 -16−23
- Down ТА, Hubbard TJ. Computational detection and location of transcription start sites in mammalian genomic DNA. // Genome Res. 2002 Mar- 12 — 3 — P.458−61.
- Lawrence, C.E., Altschul, S.F., Bogouski, M.S., Liu, J.S., Neuwald, A.F., and Wooten, J.C. Detecting Subtle Sequence Signals: A Gibbs Sampling Strategy for Multiple Alignment. // Science 262 — P.208−214.
- Chen, Q.K., Hertz, G.Z., Stormo, G.D. MATRIX SEARCH 1.0: a computer program that scans DNA sequences for transcriptional elements using a database of weight matrices // Comput. Appl. Biosci., 1995 — 11 — P.563−566
- Quandt, K., Freeh, K., Karas, H., Wingender, E., Werner, T. Matlnd and Matlnspector: new fast and versatile tools for detection of consensus matches in nucleotide sequence data // Nucleic Acids Res., 1995−23,-P.4878−4884
- A. Elofsson. A study on sequence alignment quality // Proteins: structure, function and genetics, 2002, — v. 46, — p. 330−339.
- K. Chao. Calign: aligning sequences with restricted affine gap penalties // Bioinformatics, -1999,-v. 15(4), -p.298−304.
- M. Vingron, M. Waterman. Statistical significance of local alignments with gaps. // Proc Natl Acad Sci U S A. 1994 May 24 — 91(11) — P.4625−8.
- Evans RM. The steroid and thyroid hormone receptor superfamily. // Science. 1988 May 13 — 240(4854) — P.889−95. Review.
- Claverie JM. Fewer genes, more noncoding RNA. // Science. 2005 Sep 2 -309(5740) -P. 1529−30.
- Irizarry RA, Hobbs B, Collin F, Beazer-Barclay YD, Antonellis KJ, Scherf U, Speed TP. Exploration, normalization, and summaries of high density oligonucleotide array probe level data. // Biostatistics. 2003 Apr- 4(2) — P.249−64. PMID: 12 925 520
- Li C, Wong WH. Model-based analysis of oligonucleotide arrays: expression index computation and outlier detection. // Proc Natl Acad Sci USA.- 2001 Jan 2 98(1) — P.31−6. PMID: 1 113 451 252. www.bioconductor.org
- Guhathakurta, D., Stormo, G.D. Identifying target sites for cooperatively binding factors. // Bioinformatics. 2001 — Vol. 7 — P.608−21
- Kanji G. K. 100 Statistical Tests. London, Sage, -1999.
- Goldberg, David E, Genetic Algorithms in Search, Optimization and Machine Learning, Kluwer Academic Publishers, Boston, MA., 1989
- Mamoru Kato, Naoya Hata, Nilanjana Baneijee, Bruce Futcher and Michael Q Zhang. Identifying combinatorial regulation of transcription factors and binding motifs. // Genome Biology-2004−5-R56
- Stajich JE, et.al. The Bioperl Toolkit: Perl modules for the life sciences. // Genome Research. 2002 Oct — 12(10) — P. 1611−8.
- T. Hubbard, et.al. Ensembl 2005 // Nucleic Acids Res. 2005 Jan 1 — 33 Database issue -D447-D453.59. http://www.camda.duke.edu/camda06/datasets/
- Berwaerts et. all., Role of hepatic arterial embolisation in the treatment for metastatic insulinoma. Report of two cases and review of the literature. // Acta Clin Belg. 1997 -52(5) -263−74. Review.
- Adams et.all., The natural history of nonalcoholic fatty liver disease: a population-based cohort study. // Gastroenterology. 2005 Jul — 129(1) — P. l 13−21.
- ПУБЛИКАЦИИ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ
- Cheremushkin Е., Konovalova Т., Valeev Т., Kel А.
- Methods for search of gene regulatory elements binding sites. // Analytical Tools for DNA: Genes and Genomes: Nuts & Bolts. DNA Press, October 2005- Chapter 9, — P. 185−214
- Kel A., Konovalova Т., Valeev Т., Cheremushkin E., Kel-Margoulis O., Wingender E.
- Composite Module Analyst: A Fitness-Based Tool for Prediction of Transcription Regulation. // Proceedings of the German Conference on Bioinformatics (GCB'05), Hamburg, Germany, -Oct 5−7, 2005- 8 pp
- Тараскина А. С., Коновалова Т. Г., Валеев Т. Ф., Штокало Д. Н., Черемушкин Е.
- С. Графическое представление результатов анализа в пакете программ по поиску регуляторных фрагментов в ДНК // Тезисы конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск 23−25 февраля, 2006- - стр. 142−143
- Черемушкин Е.С. Исследование последовательностей ДНК с помощью некоторых совершенных кодов // Тезисы конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск 23−25 февраля, 2006 — С. 145−146
- Черемушкин Е.С. Обобщенные сигналы Фрэнка в применении к анализу последовательностей ДНК// Тезисы конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск 23−25 февраля, 2006- - С.147−148
- Konovalova Т., Valeev Т., Cheremushkin Е., Kel A. Composite Module Analyst: Tool for Prediction of DNA Transcription Regulation. Testing on Simulated Data // Lect. Notes Comput. Sci. N 3611 — P.1202−1205,
- Черемушкин Е.С. Анализ различных участков ДНК с помощью автокорреляционной функции // Методы и инструменты конструирования и оптимизации программ, -Новосибирск 2005 — С.247−253
- Штокало Д.Н., Черемушкин Е. С. Построение программного комплекса «Regulatory Sequences Analyser» для распознавания цис-элементов в последовательностях ДНК // Методы и инструменты конструирования и оптимизации программ, Новосибирск, -2005 — С.253−263
- Черемушкин Е.С. Исследование ДНК с применением теории шумоподобных сигналов // Тезисы конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск Февраль 22−24, 2005- - С.140−142
- Черемушкин Е.С., Коновалова Т. Г., Валеев Т. Ф. Разработка пакета программ по анализу регуляторных областей ДНК // Тезисы конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск Февраль 22−24, 2005- -С. 142−143
- Коновалова Т., Валеев Т, Черёмушкин Е. Поиск композиционных промоторных модулей, регулирующих экспрессию генов эукариот // Тезисы конференции-конкурса «Технологии Микрософт в информатике и программировании», Новосибирск 22−24 февраля 2005- - с. 121 -122
- Черёмушкин Е., Коновалова Т., Валеев Т. Разработка пакета программ по анализу регуляторных областей ДНК // Тезисы конференции-конкурса «Технологии Микрософт в информатике и программировании», Новосибирск 22−24 февраля 2005- - с. 142−143
- Коновалова Т., Валеев Т, Черёмушкин Е. Весовые матрицы и поиск композиционных промоторных модулей, регулирующих экспрессию генов эукариот. // Тезисы XLIII Международной Научной Студенческой Конференции, Новосибирск, 1114 апреля 2005- - с. 123−124
- Черёмушкин Е., Коновалова Т., Валеев Т. Программный комплекс для анализа регуляторных областей. // Тезисы XLIII Международной Научной Студенческой Конференции, Новосибирск, 11−14 апреля 2005- - с. 142−143
- Черемушкин Е.С. Шумоподобные сигналы и исследование ДНК // Тезисы XLIII Международной Научной Студенческой Конференции, Новосибирск, 11−14 апреля 2005-
- Cheremushkin Е., Dunaev A., Murzin F. System of statistical comparison of methods of search of cis-elements. // Proc. of Samsung Young Scientist Day, Novosibirsk, 2004
- Черемушкин E. С., Коновалова T, Г., Мурзин Ф. А., Кель А. Э. Система распознавания цис-элементов на последовательностях ДНК // Программные средства и математические основы информатики. Новосибирск, 2004. — С. 255−269.
- Черемушкин Е.С., Кель А. Е., Лобив И. В., Мурзин Ф. А., Половинке О.Н.
- Визуализация последовательностей днк посредством трансформаций цветового куба // Тезисы конференции ИВТН 2004 — с. 28
- Лобанова М.В., Коновалова Т. Г., Черемушкин Е. С. Интернет-инструмент для анализа snp в некодирующей ДНК // Тезисы конференции ИВТН 2004 — с. ЗЗ
- Бесчастнов Е., Лобанова М., Коновалова Т., Черемушкин Е. Программная система поиска ЦИС-элементов // Тезисы конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск Февраль 21−23, 2004- - с. 90−91
- Черемушкин Е. С. Филогенетический футпринт Новый метод для выравнивания промоторов // Тезисы конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск Февраль 21−23,2004- - с. 133−134
- Черемушкин Е. С. Система статистического сравнения методов поиска ЦИС-элементов // Тезисы конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании», Новосибирск Февраль 21−23,2004- - с. 134−135
- Черемушкина Е. Н., Черемушкин Е. С., Чекменев Д., Кель О. Метод идентификации сайтов ядерных рецепторов // Тезисы конференции-конкурса «Технологии Microsoft в информатике и программировании» Февраль 21−23,2004- - с. 137−139
- Черемушкин Е.С., Половинке О. Н., Лобив И. В., Дунаев А. А. Визуализация и идентификация подцепочек в регуляторных последовательностях ДНК // Межвузовская научно-практическая студенческая конф. МНСК, Новосибирск 18−25 апреля, 2004 г. — с. 197−199
- Черемушкин Е.С. Статистическое сравнение методов поиска цие-элементов // Межвузовская научно-практическая студенческая конф. МНСК, Новосибирск, 18−25 апреля, 2004 г., — с. 199−201
- Черемушкин Е. С. Филогенетический футпринт и выравнивание промоторов // Межвузовская научно-практическая студенческая конф. МНСК, Новосибирск, 18−25 апреля, 2004 г., — с.201−202
- Черемушкина Е.Н., Черемушкин Е. С., Чекменев Д. К ель О. Алгоритмы идентификации сайтов ядерных рецепторов // Межвузовская научно-практическая студенческая конф. МНСК, Новосибирск, 18−25 апреля, 2004 г., — с. 202−204
- Дунаев А. А., Кель А. Э., Лобив И. В., Мурзин Ф. А., Половинке О. Н., Черемушкин Е. С. Визуализация генетической информации // Новые информационные технологии в науке и образовании. Новосибирск, 2003. — С. 147−156.
- Cheremushkin, Е. and Kel, A. Whole genome human/mouse phylogenetic footprinting of potential transcription regulatory signals. // Рас. Symp. Biocomput., 2003- - p.291−302. PMID: 12 603 036
- Kel, A.E., Goessling, E., Reuter, I., Cheremushkin, E., Kel-Margoulis, O.V., Wingender, E. MATCH™: a tool for searching transcription factor binding sites in DNA sequences // Nucleic Acids Res. V.31, — p.3576−3579. PMID: 12 824 369
- Konovalova (Ivanova), Т., Cheremushkin, E., Beschastnov, E., and Kel, A. Applicating of the metropolis algorithm to reveal composite modules in promoters of eukaryotic genes // ECCB'2003, Paris, France, Sept. 27−30,2003, — 447−448.