Термодинамика растворов полиэлектролитов в гауссовом эквивалентном представлении в рамках мезоскопических моделей.
Водный раствор хондроитинсульфата
Диссертация
Личный вклад автора. Рассчитаны функции парного распределения, давление, внутренняя энергия, фактор сжимаемости для моделей с потенциалами Гаусса и Морзе в рамках теории самосогласованного поля, основанной на методе гауссова эквивалентного представления. Проведено компьютерное исследование методом молекулярной динамики системы частиц с потенциалом Морзе. Разработана мезоскопическая модель… Читать ещё >
Список литературы
- Seymour R. В., Carraher С. Е. Giant molecules. Essential materials for everyday living and problem solving. New Jersey: John Wiley & Sons, Inc. -2003.-483 p.
- Sperling L. H. Introduction to physical polymer science. New Jersey: John Wiley & Sons, Inc. 2006. — 845 p.
- Тагер А. А. Физико-химия полимеров. M.: Научный мир. 2007. — 576 с.
- Лифиащ И. М., Гросберг А. Ю., Хохлов А. Р. Объемные взаимодействия в статистической физике полимерной макромолекулы // Усп. Физ. Наук. 1979. — Т. 127. — С. 353−389.
- Hiemenz Р. С. Polymer chemistry. The basic concepts. New York: Marcel Dekker, Inc. 1984. — 736 p.
- Bower D. I. An Introduction to polymer physics. New York: Cambridge University Press. 2002. — 465 p.
- Бартенев Г. M., Френкель С. Я. Физика полимеров. JL: Химия. 1990. -429 с.
- Teraoka I. Polymer Solutions. An Introduction to physical properties. New York: John Wiley & Sons, Inc. 2002. — 332 p.
- Цветков В. Н., Эскин В. Е., Френкель С. Я. Структура макромолекул в растворах. М.: Наука. 1964. — 720 с.
- Schurr M. J., Fujimoto B. S. Extensions of counterion condensation theory. 2. Cell model and osmotic pressure of DNA // J. Phys. Chem. B. 2003. -V. 107.-P. 4451 -4458.
- Golestanian R. Dynamics of counterion condensation // Europhys. Lett. -2000. V. 52. — № 1. — P. 47−53.
- Zotti G., Zecchin S., Berlin A., Schiavon G., Giro G. Multiple adsorption of polythiophene layers on ITO/Glass electrodes and their optical, electrochemical, and conductive properties // Chem. Mater. 2001. — V. 13. -P. 43−52.
- Riegler H., Essler F. Polyelectrolytes. 2. Intrinsic or extrinsic charge compensation? Quantitative charge analysis of PAH/PSS multilayers // Langmuir. 2002. — V. 18. — P. 6694 — 6698.
- Kim В., Park H., Sigmund W. M. Electrostatic interactions between shortened multiwall carbon nanotubes and polyelectrolytes // Langmuir. -2003. V. 19. — P. 2525 — 2527.
- Рабек Я. Экспериментальные методы в химии полимеров. М.: Мир. -1983.-874 с.2 В.Каргин В. А., Слонимский Г. А. Краткие очерки по физико-химии полимеров. Изд-во МГУ. 1960. — 268 с.
- Sawyer L. С., Grubb D. Т. Polymer microscopy. Springer Verlag. 2005. -540 р.
- Bunn С. W. Chemical crystallography. Oxford: Clarendon Press. 1961. -509 p.
- Bower D. I., Maddams W. F. The Vibrational spectroscopy of polymers. Cambridge University Press. 1992. — 344 p.
- Флори П. Статистическая механика цепных молекул. М.: Мир. 1971. -432 с.
- Sl.Flory P. J. The configuration of real polymer chains // J. Chem. Phys. -1949.-V. 17.-P. 303 -310.
- Дой M., Эдварде С. Динамическая теория полимеров. М.: Мир. 1998. -440 с. 33.0dijk Т. Theory of lyotropic polymer liquid crystals // Macromol. 1986. -V. 19. -№ 9. — P. 2319−2329.
- Boehm R. E., Martire D. E., Madhusudana N. V. A statistical thermodynamic theory of thermotropic linear main-chain polymeric liquid crystals // Macromol. 1986. — V. 19. — № 9. — P. 2329 — 2341.
- Doi M. Introduction to polymer physics. Oxford: Clarendon Press. 1996. -120 p.
- Flory P. J. Principles of polymer chemistry. New-York: Cornell University Press. 1953.-280 p.
- Huggins M.L. The viscosity of dilute solutions of long-chain molecules. IV. Dependence on concentration // J. Am. Chem. Soc. 1942. — V. 64. — P. 2716−2718.
- Rice S., Nagasawa M. Polyalectrolyte solutions. New York: Academic Press.-1977.-578 p.
- Manning G. S. Limiting laws and counterion condensation in poly electrolyte solutions I. Colligative properties // J. Chem. Phys. 1969. — V. 51. — P. 924 -933.
- Anderson C., Record M. Polyelectrolyte Theores and their applications to DNA// Ann. Rev. Chem. 1982. — V. 33. — P. 191 — 222.
- Satoh M., Komiyama J., Iijima T. Counterion condensation in polyelectrolyte solution: a theoretical prediction of the dependences on the ionic strength and the degree of polymerization // Macromol. 1985. — V. 18. -P. 1195- 1200.
- Manning G. S. Linear analysis of the polarization of macroions // J. Chem. Phys. 1989. — V. 90. — P. 5704 — 5710.
- Skerjanc J., Regent A., Bozovic K. L. Heats of mixing of polyelectrolytes and simple electrolyte solutions // J. Phys. Chem. 1980. — V. 84. — P. 2584 -2587.
- Kakehashi R., Maeda H. Donnan equilibria of simple electrolytes in polyelectrolytesolutions I I J. Chem. Soc. Faraday Trans. 1996. — V. 92. -P. 3117−3121.
- Al.Nagaya J., Minakata A., Tanioka A. Conductance and counterion activity of ionene solutions // Langmuir. 1999. -V. 15. P. 4129−4134.
- Wandrey C. Concentration regimes in polyelectrolyte solutions // Langmuir. 1999. — V. 15. — P. 4069 — 4075.
- Ciszkowska M., Osteryoung J. G. Counterion diffusion reveals coil-to-helix transition in polyelectrolytes // J. Am. Chem. Soc. 1999. — V. 121. — P. 1617−1618.
- Ray J., Manning G. S. Theory of delocalized ionic binding to polynucleotides: structural and excluded-volume effects // Biopolymers. -1992,-V. 32.-P. 541 -549.1. Ol
- Mattai J., Kwak J. C. T. Binding of La ions by dextran sulfate polyanions in aqueous solutions containing excess sodium chloride I I J. Phys. Chem. -1984. V. 88. — P. 2625 — 2629.
- Granot J., Kearns D. R. Interactions of DNA with divalent metal ions. III. Extent of metal binding: experiment and theory // Biopolymers. 1982. — V. 21.-P. 219−232.lA" «f*
- Rivas B. L., Moreno-Villoslada I. Binding of Cd and Na ions by poly (sodium 4-styrenesulfonate) analyzed by ultrafiltration and its relation with the counterion condensation theory // J. Phys. Chem. B. 1998. — V. 102.-P. 6994−6999.
- Flock S., Labarbe R., Houssier C. Dielectric constant and ionic strength effects on DNA precipitation // Biophys. J. 1996. — V. 70. — P. 1456 -1465.
- Zi A. Z., Marx K. A. The iso-competition point for counterion competition binding to DNA: calculated multivalent versus monovalent cation binding equivalence // Biophys. J. 1999. — V. 77. — P. 114 — 122.
- Friedman R. A. G., Shahin M. A., Zuckerbraun S. Polyelectrolyte effects on 9-aminoacridine- DNA binding // J. Biomol. Struct. Dynam. 1991. — V. 8. -P. 977−988.
- Jayaram J., McConnell K. J. H., Dixit S. В., Beveridge D. L. Free energy analysis of protein-DNA binding: the EcoRI endonuclease-DNA complex // J. Comput. Phys. 1999. — V. 151. — P. 333 — 357.
- Manning G. S., Ebralidse К. K., Mirzabekov A. D., Rich A. An estimate of the extent of folding of nucleosomal DNA by laterally asymmetric neutralization of phosphate groups // J. Biomol. Struc. Dynam. 1989. — V. 6.-P. 877−889.
- Williams L. D., Maher L. J. Electrostatic mechanisms of DNA deformation // Ann. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2000. — V. 29. — P. 497 — 521.
- Benegas J. C., Pantano S., Vetere A., Paoletti S. Polyelectrolytic aspects of the thermodynamics of conformational transitions: к carrageenan in formamide // Biopolymers. 1999. — V. 49. — P. 127 — 130.
- Manning G. S. Counterion condensation theory constructed from different models // Physica A. 1996. — V. 231. — P. 236 — 253.
- Young M. A., Jayaram В., Beveridge D. L. Intrusion of counterions into the spine of hydration in the minor groove of B-DNA: fractional occupancy of electronegative pockets // J. Am. Chem. Soc. 1997. — V. 119. — P. 59 — 69.
- Essafi W., Lafuma F., Williams С. E. Structural evidence of charge renormalization in semidilute solutions of highly charged poly electrolytes // Eur. Phys. J. B. 1999. — V. 9. — P. 261 — 266.
- Ray J., Manning G. S. Counterion and coion distribution functions in the counterion condensation theory of poly electrolytes // Macromol. 1999. -V. 32.-P. 4588−4595.
- Березов Т. Т., Коровкин Б. Ф. Биологическая химия. М.: Медицина. -1998.-704 с.
- A.Davidson Е. A., Meyer К. Chondroitin, a new mucopolysaccharide I I J. Biol. Chem. 1954. -V. 211. — № 2. — P. 605 — 611.
- Comper W. D. Physicochemical aspects of cartilage extracellular matrix. In Cartilage: Molecular Aspects. B. Hall and S. Newman, editors. Boston: CRC Press. 1991.-P. 59−96.
- Bayliss M. T., Osborne D., Woodhouse S., Davidson C. Sulfation of chondroitin sulfate in human articular cartilage—the effect of age, topographical position, and zone of cartilage on tissue composition // J. Biol. Chem. 1999.-V. 274.-P. 15 892−15 900.
- Ng L., Grodzinsky A. J., Patwari P. J., Plaas S. A., Ortiz C. Individual cartilage aggrecan macromolecules and their constituent glycosaminoglycans visualized via atomic force microscopy // J. Struct. Biol. 2003. — V. 143. — P. 242 — 257.
- Lewis S., Crossman M., Flannelly J., Belcher C., Doherty M., Bayliss M. T., Mason R. M. Chondroitin sulphation patterns in synovial fluid in osteoarthritis subsets // Ann. Rheum. Dis. 1999. — V. 58. — P. 441 — 445.
- Chahine N. O., Chen F. H., Hung C. T., Ateshian G. A. Direct measurement of osmotic pressure of glycosaminoglycan solutions bymembrane osmometry at room temperature // Biophys. J. 2005. — V. 89. — P. 1543 -1550.
- Bathe M., Rutledge G. C., Grodzinsky A. J., Tidor B. Osmotic pressure of aqueous chondroitin sulfate solution: a molecular modeling investigation // Biophys. J. 2005. — V. 89. — P. 2357 — 2371.
- Ehrlich S., Wolff N., Schneiderman R., Maroudas A., Parker K.H., Winlove C.P. The osmotic pressure of chondroitin sulphate solutions: experimental measurement and theoretical analysis // Biorheology. 1998. — V. 35. — P. 383 — 397.
- S4.Narmoneva D. A., Wang J. Y., Setton L. A. A noncontacting method for material property determination for articular cartilage from osmotic loading // Biophys. J. 2001. — V. 81. — P. 3066 — 3076
- Bathe M. et al. A coarse-grained molecular model for glycosaminoglycans: application to chondroitin, chondroitin sulfate, and hyaluronic acid // Bophys. J. 2005. — V. 88. — P. 3870 — 3887.
- Basalo I. E., Chahine N. O., Kaplun M., Chen F. H., Hung C. T., Ateshian G. A. Chondroitin sulfate reduces the friction coefficient of articular cartilage // J. Biomechanics. 2007. — V. 40. — P. 1847 — 1854.
- Farshid Guilak F., Erickson G. R., Ting-Beall H. P. The effects of osmotic stress on the viscoelastic and physical properties of articular chondrocytes // Biophys. J. 2002. — V. 82. — P. 720 — 727.
- Jin M., Grodzinsky A. J. Effect of electrostatic interactions between glycosaminoglycans on the shear stiffness of cartilage: a molecular model and experiments // Macromol. 2001. — V. 34. — P. 8330 — 8339.
- S9.Lafleur M., M. Pigeon M., Caille J.-P., Pezolet M. Raman Spectrum of Interstitial Water in Biological Systems // J. Phys. Chem. 1989. — V. 93. -P. 1522 — 1526.
- Kaufmann J., Muhle К., Hofmann H. J., Arnold К. Molecular dynamics of a tetrasaccharide subunit of chondroitin 4-sulfate in water // Carbohydrate Research. 1999.-V. 318.-№ 1−4.-P. 1 -9.
- Cael J. J., Winter W. T., Arnott S. Calcium chondroitin 4-sulfate: molecular conformation and organization of polysaccharide chains in a proteoglycan // J. Mol. Biol. 1978. — V. 125. — P. 21 — 42.
- Sheehan J. К., Atkins E. D. T. X-ray fiber diffraction study of conformational changes in hyaluronate induced in the presence of sodium, potassium and calcium cations // Int. J. Biol. Macromol. 1983. — V. 5. — P. 215−221.
- Winter W. Т., Arnott S. Hyaluronic acid: role of divalent cations in conformation and packing // J. Mol. Biol. 1977. — V. 117. — P. 761 — 784.
- Rodriguez-Carvajal M. A., Imberty A., Perez S. Conformational behavior of chondroitin and chondroitin sulfate in relation to their physical properties as inferred by molecular modeling // Biopolymers. 2003. — V. 69. — P. 15 -28.
- Fredrickson G. Н. The equilibrium theory of inhomogenous polymers. Oxford: Clarendon Press. 2005. — 437 p.
- Fredrickson G. H., Ganessan V., Drolet F. Field-teoretic computer simulation methods for polymer and complex fluids // Macromol. 2002. -V. 35.-P. 16−39.
- Sidu S., Fredrickson G. H. Parallel algorithm for numerical selfconsistent field theory simulations of block copolymer structure // Polymer. 2003. — V. 44. — P. 5859 — 5866.
- Биндер К. Методы Монте-Карло в статистической физике. М.: Мир. 1982. -400 с.
- Chuev G. N., Fedorov M. V. Wavelet treatment of structure and thermodynamics of simple liquids // J. Chem. Phys. 2004. — V. 120. — P. 1191 — 1196.
- Baeurle S., Chariot M., Nogovitsin E. Grand canonical investigations of prototipical polyelectrolyte models beyond the mean field level of approximation//Phys. Rev. E. 2007. — V. 75. — P. 11 804−1 — 11 804−11.
- Baeurle S., Efimov G., Nogovitsin E. Calculating field theories beyond the mean-field level // Europhys. Lett. 2006. — V. 75. — P. 378 — 384.
- Baeurle S. Crand canonical auxiliary field Monte Carlo: a new technique for simulating open systems at high density // Comp. Phys. Commun. 2004. — V. 157. — P. 201 — 206.
- Baeurle S. Method of Gaussian Equivalent Representation: a new technique for reducing the sign problem of functional integral methods // Phys. Rev. Lett. 2002. — V. 89. — P. 80 602−1 — 80 602−4.
- Soler J. M., Artacho E., Gale J. D., Garcia A., Junquera J., Ordejon P., Sanchez-Portal D. The SIESTA method for ab initio order-N materials simulation // J. Phys.: Condens. Matter. 2002. — V. 14. — P. 2745 — 2779.
- Ordejon P., Sanchez-Portal D., Garcia A., Artacho E., Junquera J., Soler J. M. Large scale DFT calculations with SIESTA // RIKEN Review. -2000. № 29. — P.42 — 44.
- Marx D., Hutter J. Ab initio molecular dynamics: Theory and Implementation. John von Neumann Institute for Computing Julich. NIC Series. -2000, — 149 p.
- Allen M. P., Tildesley D. J. Computer simulation of liquids. Oxford: Clarendon Press. 1987. — 244 p.
- Hansen J. P., McDonald I. R. Theory of simple liquids. New York: Academic. 1986.-431 p.
- Балеску P. Равновесная и неравновесная статистическая механика. М.: Мир. 1978. — Том 1. — 405 с.
- Мартынов Г. А. Проблема фазовых переходов в статистической механике//Усп. Физ. Наук. 1999. — Т. 169. — С. 595 — 624.
- Baeurle S. A., Nogovitsin Е. A. Challenging scaling laws of flexible polyelectrolyte solutions with effective renormalization concept // Polymer.- 2007. V. 48. — P. 4883 — 4899.
- Хохлов A. P., Дормидонтова E. E. Самоорганизация в ионсодержащих полимерных системах // Усп. Физ. Наук. 1997. — Т. 167.-С. 113- 128.
- Reddy A. The behavior of fluids near solutes: A density functional theory and computer simulation study // J. Chem. Phys. 2004. — V. 121. — P. 4203 — 4209.
- Федоров M. В. Развитие теории сольватации на основе мультимасштабных методов. Дисс. докт. хим. наук. Иваново. — 2007.- 277 с.
- Parr R. G., Yang W. Density-functional theory of atoms and molecules. New York: Oxford University Press. 1989. — 333 p.
- Dreizler R., Gross E. density-functional theory: an approach to the quantum many-body problem. Berlin: Springer. 1990. — 377 p.
- VandeVondele J., Sprik M. A molecular dynamics study of the hydroxyl radical in solution applying self-interaction-corrected density functional methods // Phys. Chem. 2005. — V. 7. — P. 1363 — 1367.
- Grossman J. C., Schwegler E., Draeger E. W., Gygi F., Galli G. Towards an assessment of the accuracy of density functional theory for first principles simulations of water // J. Chem. Phys. 2004. — V. 120. — № 1. — P. 300−311.
- VandeVondele J. et al Quickstep: Fast and accurate density functional calculations using a mixed gaussian and plane waves approach // Сотр. Phys. Comm. 2005. — V. 167. — P. 103 — 128.
- Dineykhan M., Efimov G., Gandbold G., Nedelko S. Oscillator representation in quantum physics. Berlin: Springer-Verlag. Heidelbrg. -1995.-279 p.
- Bratko D., Vlachy V. Distribution of counterions in the double layer around a cylindrical polyion // Chem. Phys. Lett. 1982. — V. 90. — P. 434 -438.
- Le Bret M., Zimm B. Monte Carlo determination of the distribution of ions about a cylindrical polyelectrolyte // Biopolymers. 1984. — V. 23. — P. 271 -285.
- Murthy C. S., Bacquet R. J., Rossky P. J. Ionic distributions near poly electrolytes: a comparison of theoretical approaches // J. Phys. Chem. -1985.-V. 89.-P. 701−710.
- Fixman M. J. The Poisson-Boltzmann equation and its application to polyelectrolytes // Chem. Phys. 1979. — V. 70. — P. 4995 — 5005.
- Ramanatham G., Woodbury C. Statistical mechanics of electrolytes and polyelectrolytes. II. Counterion condensation on a line charge // J. Chem. Phys. 1982. — V. 77. — № 8. — P. 4133 — 4140.
- Bacquet R., Rossky P. Corrections to the HNC equation for associating electrolytes // J. Chem. Phys. 1983. — V. 79. — № 3. — P. 1419 -1426.
- Anshelevich V. V., Lukashin A. V., Frank-Kamenetskii M. D. Towards an exact theory of polyelectrolytes // Chem. Phys. 1984. — V. 91. — № 2. — P. 225 — 236.
- Wang Q, Taniguchi T., Fredrickson G. Self-consistent field theory of polyelectrolyte sistems // J. Chem. Phys. B. 2004. — V. 108. — P. 6733 -6744.
- Baeurle S., Efimov G., Nogovitsin E. On a new self-consistent field theory for canonical ensemble //J. Chem. Phys. 2006. — V. 124. — P. 224 110−1 -224 110−8.t
- Nogovitsin E. A., Eflmov G. V. The grand partition function of classical systems in the Gaussian Equivalent Representation // Communocation of the JINR. Dubna. 1995. — El 7−95−217. -18 c.
- Eflmov G., Nogovitsin E. The partition function of classical systems in the Gaussian Equivalent Representation // Physica A. 1996. — V. 234. — P. 506 — 522.
- Ефимов Г. В., Ноговицын E.A. Влияние вида потенциала взаимодействия на поведение парных функций распределения // Журн. Физ. Химии. 2002. — Т. 76. — № 11. — С. 2062 — 2065.
- Edwards S. F. The statistical thermodynamics of a gas with long and short-range forces // Phil.Mag. 1959. — V. 4. — № 46. — P. 1171 — 1182.
- Edwards S. F. Statistical mechanics of polymers with excluded volume // Proc. Phys. Soc. London. 1965. — V. 85. — P. 613 — 624.
- Storer R. G. Statistical mechanics of simple fluids using functional integration//Aust. J. Phys. 1969. — V. 22. — P. 747 — 745.
- Louis A., Bolhuis P., Hansen J. Mean-field fluid behaviour of the Gaussian core model // Phys. Rev. E. 2000. — V. 62. — P. 7961 — 7972.
- Ноговицын E. А., Горчакова E. С., Пронъкин A. M. Вычисления парных функций распределения и термодинамических характеристик для системы частиц с потенциалом Гаусса // Матем. и ее приложения.2005.-№ 1.-С. 45 50.
- Ноговицын Е. А., Горчакова Е. С., Ивлев Д. В. Новый метод самосогласованного поля в теории жидкости // Вест. Иван. Гос. Ун-та.2006. №. 3. — С. 64 — 72.
- Ноговицын Е. А., Горчакова Е. С., Киселев М. Г. Метод гауссова эквивалентного представления в термодинамической теории самосогласованного поля // Журн. физ. химии. 2007. — Т. 81. -№ 11.-С. 1 -5.
- Elgsaeter A., Khudsen К. D., Mikkelsen A. Polymer Physics. Univ. Trondheim. 1973. — 232 p.
- Маррел Дж., Кеттл С., Теддер Дж. Теория валентности. М.: Мир. 1968. — 520 с.
- Косевич А. М. Основы механики кристаллической решетки. М.: Наука. 1972. — 280 с.
- Мелъкер А. И., Воробьева Т. В. Самоорганизация и образование геликоидальных структур полимеров // Физ. Тверд. Тела. 1997. — Т. 39.-№ 10.-С.1883- 1888.
- Гросберг А. Ю., Хохлов А. Р. Физика в мире полимеров. М.: Наука. 1989. — 206 с.
- Китайгородский А. И. Молекулярные кристаллы. М.: Наука. -1971.-424 с.
- Вайсман И. И., Киселев М. Г., Пуховский Ю. П., Кесслер Ю. М. «MODYS» пакет программ для молекулярно-динамического моделирования. Иваново: Институт Химии Неводных Растворов АН СССР. — 1985.
- Chu P., Marinsky J. The osmotic properties of polystyrenesulfonates. I. The osmotic coefficients // J. Phys. Chem. 1967. — V. 71. — P. 4352 -4359.