Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

Выявление почвенных ассоциативных бактерий рода Azospirillum in Situ с помощью иммуноферментного анализа

Диссертация: Выявление почвенных ассоциативных бактерий рода Azospirillum in Situ с помощью иммуноферментного анализа
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Апробация работы. Основные положения диссертации были представлены в виде устных и стендовых сообщений на 2-й и 4-й Региональных конференциях молодых ученых «Стратегия взаимодействия микроорганизмов и растений с окружающей средой» (Саратов, 2004; 2008) — 2-м и 3-м Агробиотехнологических Симпозиумах стран Балтии (Гамбург, Германия, 2006; Санкт-Петербург, Россия, 2007) — Международной научной… Читать ещё >

Выявление почвенных ассоциативных бактерий рода Azospirillum in Situ с помощью иммуноферментного анализа (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • Список сокращений
  • Глава 1. Обзор литературы
    • 1. 1. Общая характеристика подходов, обеспечивающих специфическое выявление бактерий в природной среде
      • 1. 1. 1. Молекулярно-генетические подходы к выявлению бактерий
      • 1. 1. 2. Современные методы иммунохимического выявления и анализа бактериальных антигенов
    • 1. 2. Антитела как основной инструмент иммуноанализа
      • 1. 2. 1. Способы получения антител
    • 1. 3. Бактериальные антигены, используемые в качестве определяемых объектов в иммуноанализе
    • 1. 4. Иммуноферментный анализ
    • 1. 5. Сложности выявления микроорганизмов в почве
    • 1. 6. Характеристика объекта исследования — почвенных ассоциативных бактерий рода Azospirillum
  • Глава 2. Материалы и методы исследования
    • 2. 1. Бактериальные штаммы и условия выращивания бактерий
    • 2. 2. Иммунизация животных и получение антител
    • 2. 3. Образцы почв, использованных для иммуноанализа
    • 2. 4. Инокуляция почвы бактериями A. brasilense Sp
    • 2. 5. Инокуляция растений бактериями
    • 2. 6. Иммуноферментный анализ (вариант ELISA)
    • 2. 7. Иммунолюминесцентная и лазерная конфокальная микроскопия почвенных суспензий
    • 2. 8. Получение препаратов наружных мембран
    • 2. 9. Двойная иммунодиффузия
    • 2. 10. Конъюгирование пероксидазы хрена с кроличьими антителами
    • 2. 11. Иммунодот-анализ бактериальных суспензий
  • Глава 3. Полученные результаты и обсуждение
    • 3. 1. Оптимизация условий проведения твердофазного ИФА с использованием Ат на ЛПС для выявления бактерий рода Azospirillum
    • 3. 2. Скрининг методом ИФА коллекционных штаммов Azospirillum, выделенных из почв Саратовской области
    • 3. 3. Иммуноферментный анализ почвенных суспензий
      • 3. 3. 1. Выявление специфического антигена интродуцированных в почву бактерий
    • A. brasilense Sp
      • 3. 3. 2. Выявление антигена бактерий А. brasilense Sp245, интродуцированных в почву с растениями
      • 3. 4. Иммунофлуоресцентная микроскопия образцов почв, инокулированных A. brasilense Sp245, и иммунодиффузионный анализ бактериальных колоний
      • 3. 5. Исследование распространенности представителей серологических групп азоспирилл в различных типах почв Саратовской области
      • 3. 6. Прямой ИФА с использованием родоспецифичных антител на бактерии рода Azospirillum

Ассоциативные микроорганизмы рода Azospirillum занимают особое положение в ряду почвенных азотфиксаторов. Впервые эти бактерии были выделены в Нидерландах более 80-ти лет назад (Beijerinck, 1925), однако в сферу интенсивного изучения попали после опубликования работы «Ассоциативный симбиоз у тропических трав.» (Dobereiner and Day, 1976), став одним из наиболее интенсивно исследуемых ассоциативных партнеров растений (Steenhoudt and Vanderleyden, 2000; Bashan et al., 2004).

Прогресс в исследовании азоспирилл в качестве экологически безопасных стимуляторов роста растений в значительной степени зависит от развития быстрых и надежных способов определения данных микроорганизмов в почве. Кроме того, значительный интерес при исследовании собственно феномена ассоциативности представляют качественный и количественный состав ассоциативной микрофлоры, их сезонные колебания, а также изменения, вызванные антропогенным воздействием. В целом, развитие подходов, позволяющих осуществлять мониторинг состава и численности ризосферных бактерий, представляется одной из актуальных задач современной экологической микробиологии.

Выявляющие системы на основе специфичных антител (Ат) являются весьма удобным средством мониторинга разнообразных микроорганизмов. В настоящее время методы иммуноанализа находят весьма широкое применение в микробиологии, в первую очередь, при работе с патогенными бактериями. Эти методы занимают третье место по частоте и интенсивности использования, уступая «золотому» стандарту — методам, основанным на культивировании, и «серебряному» стандарту — молекулярно-генетическим приемам на основе полимеразной цепной реакции (Gracias, McKillip, 2004; Bhunia, 2006), при этом иммуноанализ является, безусловно, самым быстрым по исполнению в сравнении с двумя другими методами.

Кроме того, приходится учитывать, что для анализа представителей почвенной микрофлоры основанные на культивировании методы пригодны весьма ограниченно, поскольку всего небольшая доля от общей популяции бактерий в почве (оцененной микроскопическими методами) поддается культивированию (Skinner et al, 1952; Louw and Webley, 1959; Rovira et al, 1974; Faegri et al, 1977; Lund and Goksoyr, 1980; Olsen and Bakken, 1987; Ogan, 1991; Pedersen and Jacobsen, 1993), а молекулярно-генетические подходы приобретают актуальность в том случае, когда для каждого объекта имеются наборы праймеров на соответствующие генетические локусы, обеспечивающие с высокой разрешающей силой дифференциацию штаммов или групп штаммов.

Одним из наиболее эффективных серологических подходов является иммуноферментный анализ (ИФА) — метод выявления антигенов (или антител), основанный на определении комплекса антиген-антитело за счет введения в один из компонентов реакции ферментативной метки. В настоящее время ничтожно мало количество работ, посвященных иммуноферментному in situ выявлению микробных объектов в почве, которая представляет собой чрезвычайно сложную среду для анализа благодаря присутствию в ней большого числа органических соединений, затрудняющих, или в некоторых случаях делающих невозможной интерпретацию результатов. Вместе с тем, использование данного подхода весьма перспективно для вырабатывания экологически приемлемых агробактериальных технологий.

Целью настоящей работы являлось развитие метода иммуноферментного анализа для in situ выявления ассоциативных бактерий рода Azospirillum в почве.

Для достижения поставленной цели в работе были сформулированы следующие задачи:

1. Оптимизировать условия твердофазного иммуноферментного анализа целых клеток бактерий рода Azospirillum с использованием антител на липополисахарид (ЛПС).

2. Провести идентификацию бактерий A. brasilense в инокулированной почве.

3. Оценить динамику выявления in situ соматического антигена интродуцированных в почву бактерий A. brasilense Sp245.

4. Провести скрининг коллекционных штаммов Azospirillum, выделенных из почв Саратовской области, методом ИФА с использованием антител на ЛПС модельных штаммов.

5. Оценить распространенность азоспирилл в различных типах почв Саратовской области.

Научная новизна работы.

В работе впервые предложен вариант твердофазного иммуноферментного анализа микроосадков почвенных суспензий с использованием антител на ЛПС азоспирилл, позволяющий проводить выявление соматического бактериального антигена в почве. Впервые на основе оптимизированного варианта ИФА изучена динамика выявления in situ соматического антигена интродуцированных в почву ассоциативных бактерий A. brasilense, а также выявлен значительный вклад азоспирилл серотипа Sp245, в сравнении с таковыми, представляющими серотип Sp7, в микробоценоз почв Саратовской области.

Практическая значимость работы.

Разработан способ количественного иммуноферментного анализа бактериальных липополисахаридных антигенов в почве (заявка на патент РФ № 2009 120 888 от 1.06.2009 г.), который может быть использован для оценки эффективности применения бактериальных удобрений и мониторинга почвенных микробоценозов.

Основные положения, выносимые на защиту:

Оптимизированный способ твердофазного иммуноферментного анализа микроосадка почвенных суспензий с использованием антител на соматический антиген азоспирилл позволяет оценивать динамику развития бактериальных популяций.

Максимальное количество специфического антигена A. brasilense Sp245 в образцах инокулированной этим штаммом почвы без растений и в прикорневой зоне инокулированной пшеницы Triticum aestivum cv. Саратовская 29 выявляется на 7-е и 14-е сутки, соответственно.

Для аборигенной микрофлоры почв Саратовской области характерно преобладание антигенов азоспирилл, относящихся к серотипу Sp245- чернозем южный отличается также более заметным присутствием антигенов азоспирилл серотипа Sp7.

Апробация работы. Основные положения диссертации были представлены в виде устных и стендовых сообщений на 2-й и 4-й Региональных конференциях молодых ученых «Стратегия взаимодействия микроорганизмов и растений с окружающей средой» (Саратов, 2004; 2008) — 2-м и 3-м Агробиотехнологических Симпозиумах стран Балтии (Гамбург, Германия, 2006; Санкт-Петербург, Россия, 2007) — Международной научной конференции молодых ученых «Микробные биотехнологии» (Одесса, Украина, 2006) — Международной конференции «Проблемы биодеструкции техногенных загрязнителей окружающей среды» (Саратов, 2005) — Международной конференции «Ризосфера — 2» (Монпелье, Франция, 2007), Международной научно-практической конференции «Вавиловские чтения — 2008» (Саратов, 2008), а также на отчетной научной конференции ИБФРМ РАН (Саратов, 2009).

Работа выполнена в лаборатории иммунохимии ИБФРМ РАН в соответствии с плановыми темами НИР «Разработка эффективных тест-систем к антигенным структурам клеток микроорганизмов и растений» гос. регистрации 1 890 017 743, научный руководитель зав. лаб. д.х.н., профессор Щеголев С.Ю.) и «Комплексный иммунохимический анализ антигенных структур, определяющих ассоциативные взаимодействия микроорганизмов с растениями» (№ гос. регистрации 1 200 606 177, научный руководитель зав. лаб. д.х.н., профессор Щеголев С.Ю.), а также в соответствии с планом НИР по проекту «Выяснение молекулярно-генетических механизмов взаимодействий микроорганизмов с растениями как основы для развития эффективных современных генно-инженерных, экологических, аграрных и иных биотехнологий» в рамках государственного контракта с Роснаукой № 02.445.11.7130 (ФЦНТП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники» на 2002;2006 годы") (руководитель научной школы д.б.н., профессор Игнатов В.В.). Работа поддержана грантами Президента РФ №№ НШ-1529.2003.4 и НШ-6177.2006.4 на поддержку молодых российских ученых и ведущих научных школ.

выводы.

1. Впервые на основе оптимизированного варианта твердофазного иммуноферментного анализа с использованием антител на липополисахариды азоспирилл, полученных иммунизацией животных обработанными глутаровым альдегидом бактериальными клетками, изучена динамика выявления in situ соматического антигена интродуцированных в почву ассоциативных бактерий A. brasilense Sp245 и распространенность представителей серологических групп азоспирилл в различных типах почв Саратовской области.

2. Оптимизированы условия проведения иммуноферментного анализа целых интактных клеток и микроосадков почвенных суспензий с использованием антител на ЛПС бактерий рода Azospirillum.

3. Установлено, что максимальное количество специфического антигена в образцах инокулированной почвы, по сравнению с контролем, выявляется на седьмые сутки эксперимента, в то время как в прикорневой зоне пшеницы Triticum aestivum cv. Саратовская 29 максимальное количество специфического антигена выявляется на 14-е сутки.

4. Серологический анализ методом ИФА 20-ти коллекционных штаммов азоспирилл, выделенных из почв Саратовской области, позволил отнести местные штаммы SR15, SR75 и SR55, SR14 к серологическим типам Sp245 и Sp7, соответственно.

5. Оценка распространенности азоспирилл в различных почвах впервые выявила значительный вклад серотипа Sp245 в сравнении с серотипом Sp7 среди азоспирилл, представленных в микробоценозе почв Саратовской области.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

.

В настоящей работе иммуноферментный анализ почвенных суспензий с использованием поликлональных антител на липополисахариды был впервые применен для in situ выявления соматического антигена интродуцированных в почву бактерий A. brasilense Sp245 в модельных экспериментах, а также для оценки распространенности представителей серологических групп азоспирилл в различных типах почв Саратовской области.

Первым этапом реализации цели настоящей работы явилась оптимизация условий иммуноферментного анализа целых клеток бактерий рода Azospirillum. Разработанный к настоящему моменту протокол ИФА для выявления азоспирилл в микробных суспензиях имеет предел достоверного количественного выявления 106 кл/мл. Подобная чувствительность является весьма удовлетворительным результатом для иммуноферментного теста с использованием поликлональных антител и колориметрического детектирования (Schloter etal., 1992; Schloter etal., 1995). При этом меньшее на порядок количество клеток в суспензии также позволяет осуществлять положительную идентификацию бактерий определенного серологического типа методом ИФА, а не на основе культурально-физиологических или молекулярно-генетических характеристик азоспирилл. Кроме того, созданы предпосылки увеличения чувствительности системы за счет замены процедуры простой адсорбции антигенов процедурой иммуносорбции, которая заключается в использовании «антител захвата» для сенсибилизации лунок планшетов (используемых в качестве твердой фазы), и использования конъюгированных с ферментом родоспецифичных антител на поверхностные белковые антигены азоспирилл.

С помощью оптимизированного метода ИФА целых клеток азоспирилл проведен скрининг 20-ти коллекционных штаммов Azospirillum, выделенных из почв Саратовской области, с использованием антител на ЛПС штаммов.

Sp7 и Sp245 (относящихся к различным серологическим группам согласно специфичности их О-антигена). Одинаковое количество штаммов, отнесенное к каждой из серорупп, позволило сделать адекватные выводы относительно вклада азоспирилл, относящихся к двум подробно описанным к настоящему времени серологическим группам, в формирование микрофлоры почв Саратовской области.

Для выявления бактериальных липополисахаридных антигенов непосредственно в почвенных суспензиях (минуя стадии высева бактерий на питательную среду или предобогащения бактериями исследуемых образцов почвы на соответствующих средах перед детектированием) предложен подход, включающий приготовление почвенной суспензии с последующей сорбцией бактериальных клеток и ЛПС в составе микроосадка из полученной суспензиипроведение иммуноферментного анализа сформированного микроосадка с антителами на ЛПС с измерением оптической плотности продуктов иммуноферментной реакциисравнение измеренных значений оптической плотности с контрольными значениями (при этом о наличии бактериальных липополисахаридных антигенов судят по выраженной в процентах разнице значений оптической плотности продуктов ИФА опытных и контрольных образцов почвы).

Иммуноферментный анализ почвенных суспензий с использованием антител на ЛПС был применен для in situ выявления соматического антигена интродуцированных в почву бактерий A. brasilense Sp245 в модельных экспериментах. Установлено, что максимальное количество специфического антигена в образцах инокулированной почвы, по сравнению с контролем, выявляется на седьмые сутки эксперимента, в то время как в прикорневой зоне пшеницы Triticum aestivum cv. Саратовская 29 максимальное количество специфического антигена выявляется на 14-е сутки. Полученные результаты однозначно характеризовали A. brasilense Sp245 как бактерии, развитие которых в почве тесным образом связано с растениями, а также дали основания полагать, что существует некий «лимит» бактериальной массы, поддерживаемой в определенный момент в прикорневой зоне растения.

На основании полученных данных сформулировано предположение о том, что наиболее эффективным приемом обеспечения сельскохозяйственных растений максимальным количеством связанного микроорганизмами атмосферного азота, бактериальных гормонов и прочих необходимых соединений может быть не инокуляция в почву экзогенных или эндогенных бактерий, а разработанные способы управления поведением и стимулирования развития аборигенной почвенной микрофлоры.

Полученные в работе результаты свидетельствуют об эффективности твердофазного иммуноферментного анализа с использованием антител на ЛПС в качестве зонда, для специфического выявления почвенных азотфиксирующих бактерий рода Azospirillum — как в составе бактериальных суспензий, так и в почвенных образцах. Хорошая чувствительность в данном случае сочетается с быстротой анализа, возможностью одновременного тестирования большого количества образцов и отсутствием необходимости предварительных операций по очистке и концентрированию аналита.

Мы полагаем, что настоящий подход может быть использован как для контроля поведения интродуцированных в почву бактерий и оценки эффективности применения бактериальных удобрений и биокомплексов, так и для исследования воздействия различных факторов на почвенный микробиоценоз. К настоящему моменту метод также успешно использован для детектирования и количественной оценки численности штамма-деструктора нефтяных углеводородов Dietzia maris АМЗ, интродуцируемого в загрязненную почву с целью ее ремедиации.

В заключение автор выражает глубокую признательность за сотрудничество и помощь в работе Марине Константиновне Соколовой, Олегу Игоревичу Соколову, Андрею Вячеславовичу Шелудько, Александру Александровичу Широкову, Геннадию Леонидовичу Бурыгину, Екатерине Владимировне Плешаковой, Николаю Юрьевичу Селиванову, Юлии Анатольевне Филипьечевой, Ирине Анатольевне Поповой и Анне Николаевне Сухининой.

Показать весь текст

Список литературы

  1. Н.В., Луцюк Н. Б., Палий Г. К., Смирнова О. В. Биохимия и иммунохимия микробных полисахаридов. — Томск: Изд-во Томского ун-та, 1984.-303 с.
  2. Л.А., Богатырев В. А., Щеголев С. Ю., Хлебцов Н. Г. Золотые наночастицы: Синтез, свойства, биомедицинское применение. М.: Наука, 2008.-319 с.
  3. В.В. Биологическая фиксация азота и азотфиксаторы // Соросовский образовательный журнал. 1998. — № 9. — С. 28−33.
  4. Иммуноферментный анализ / Под ред. Т. Нго и Г. Ленхоффа — М.: Мир, 1988.-446 с.
  5. Каталог коллекции микроорганизмов ИБФРМ РАН: Электронный документ. (http://www.ibppm.saratov.ru/PDF/collect.pdf). Проверено 18.10.2009.
  6. Е.И. Молекулярно-генетические процессы, влияющие на ассо-циативное взаимодействие почвенных бактерий с растениями / Под ред. Игнатова В. В. Саратов: Изд-во Сарат. Ун-та, 2003. — С. 12−15.
  7. М.А., Помазков Ю. И. Вирусы, вироиды и микоплазмы растений: К 34 / Учебное пособие. М.: Изд-во РУДН, 2003. — С. 157.
  8. Е., Мейер М. Экспериментальная иммунохимия. М.: Медицина, 1968. — 684 с.
  9. Л.Ю., Шварцбурд Б. И., Щеголев С. Ю. Иммунохимический анализ О-специфических полисахаридов почвенных азотфиксирующих бактерий Azospirillum brasilense II Микробиология. — 1998. -Т. 67.-С. 815−820.
  10. А.Л., Сузина Н. Е., Погорелова А. Ю., Антонюк Л. П., Дуда В. И., Эль-Регистан Г.И. Разнообразие морфотипов покоящихся клеток и условий их образования у Azospirillum brasilense II Микробиология. — 2009. -Т. 78. № 1.-С. 42−51.
  11. А.В., Ботвинко И. В., Цавкелова Е. А. Колониальная организация и межклеточная коммуникация у микроорганизмов // Микробиология. 2000. — Т. 69, № 3. — С. 309−327.
  12. Л.И., Каневская С. В., Леванова Г. Ф., Барышева Н. Н., Пилипенко Т. Ю., Богатырев В. А., Федорова Л. С. Таксономическое изучение азоспирилл, выделенных из злаков Саратовской области // Микробиология. — 1988. Т. 57, № 2. — С. 275−278.
  13. Д.К. Иммуноферментный анализ гаптенов и антигенов с разделением компонентов (гетерогенный анализ) // Иммуноферментный анализ / Ред. Нго Т. Т., Ленхофф Г. М.: Мир, 1988. — С. 172−192.
  14. И.А., Метлицкая А.З. QUORUM SENSING регуляция экспрессии генов — перспективная мишень для создания лекарств против патогенности бактерий // Молекулярная биология. 2006. — Т. 40. № 2. — С.195.210.
  15. А. А. Иммунохимическая идентификация поверхностных структур Azospirillum brasilense, участвующих в реализации социального поведения бактерий: // Автореф. дис.. канд. биол. наук. — Саратов: ИБФРМ РАН, 2008. 23 с.
  16. Armstrong J.L., Shigeno D.S., Calomiris J.J., Seidler RJ. Antibiotic-resistant bacteria in drinking water // Appl. Environ. Microbiol. 1981. — Vol. 42. -P. 277−283.
  17. Bagger Y.Z. Monoclonal antibodies against Yersinia enterocolitica common antigen produced by immunization with immunoprecipitates // APMIS -1991. Vol. 99. — P. 972−976.
  18. Bakken L. R. Separation and purification of bacteria from soil // Appl. Environ. Microbiol. 1985. — Vol. 49. — P. 1482−1487.
  19. Baldani J.I., Caruso L., Baldani V.L.D. et al. Recent advances in BNF with non-legume plants // Soil Biol. Biochem. 1997. — Vol. 29. — P. 911−922.
  20. Baldani V.L.D., Baldani J.I., Dobereiner J. Effects of Azospirillum inoculation on root infection and nitrogen incorporation in wheat // Can. J. Microbiol. 1983. — Vol. 29. — P. 924−929.
  21. Banada P.P., Bhunia A.K. Antibodies and Immunoassays for Detection of Bacterial Pathogens // Int. J. Food Microbiol. 2008. — Vol. 21. — P. 567−590.
  22. Bashan Y., Holguin G. Azospirillum-iplant relationships: environmental and physiological advances (1990−1996) // Can. J. Microbiol. -1997.-Vol. 43.-P. 103−121.
  23. Bashan Y., Holguin G., de-Bashan L.E. Azospirillum-iplant relationships: physiological, molecular, agricultural, and environmental advances (1997−2003) // Can. J. Microbiol. 2004. — Vol. 50. — P. 521−577.
  24. Bashan Y., Levanony H., Whitmoyer R.E. Root surface colonization of non-cereal crop plants by pleomorphic Azospirillum brasilense Cd // J. Gen. Microbiol.-1991.-Vol. 137.-P. 187−196.
  25. Bashan Y., Puente M.E., Rodriguez-Mendoza M.N., Toledo G., Holguin G., Ferrera-Cerrato R., Pedrin S. Survival of Azospirillum brasilense in the bulk soil and rhizosphere of 23 soil types // Appl. Environ. Microbiol. 1995. -Vol. 61.-P. 1938−1945.
  26. Becker S., Boger P., Oehlmann R., Ernst A. PCR bias in ecological analysis: case study for quantitative Taq nuclease assay in analysis of microbial communities // Appl. Environ. Microbiol. 2000. — Vol. 66. — P. 4945−4953.
  27. Beijerinck M.W. Uber ein Spirillum, welches freien Stickstoff binden kann? // Zentralbl. Bakteriol. Parasitenkun. Infektionskr. Hyg. 1925. — B. 63. — S. 353−359.
  28. Bhunia A.K. Antibodies to Listeria monocytogenes // Crit. Rev. Microbiol. 1997. — Vol. 23. — P. 77−107.
  29. Bohaychuk V.M., Gensler G.E., King R.K. etal. Evaluation of detection methods for screening meat and poultry products for the presence of foodborne pathogens // J. Food Prot. 2005. — Vol. 68. — P. 2637−2647.
  30. Bohlool В., Schmidt E. The immunofluorecence approach in microbial ecology // Advances in Microbial Ecology / Ed. M. Alexander. — London: Academic press, 1980. P. 203−207.
  31. Bone T.L., Balkwill D.L. Improved flotation technique for microscopy of in situ soil and sediment microorganisms // Appl. Environ. Microbiol. 1986. — Vol. 51. — P. 462−468.
  32. Bottomley P.J., Maggard S.P. Determination of viability withinserotypes of a soil population of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii // Appl Environ Microbiol. 1990. — Vol. 56. — P. 533−540.
  33. Cadieux В., Blanchfield В., Smith J.P., Austin J.W. A rapid chemiluminescent slot blot immunoassay for the detection and quantification of Clostridium botulinum neurotoxin type E, in cultures // Int. J Food Microbiol. — 2005.-Vol. 101.-P. 9−16.
  34. Carlson R.W., Kalembasa S., Turowski D., Pachori P. Characterization of the lypopolysaccharide from a mutant of Rhizobium phaseoli which is defective in infection thread development // J. Bacterid. 1987. — Vol. 169.-P. 4923−4928.
  35. Chapman P.A., Ashton R. An evaluation of rapid methods for detecting Escherichia coli 0157 on beef carcasses // Int. J. Food Microbiol. — 2003. Vol. 87. — P. 279−285.
  36. Choma A. Lipopolysaccharides from Mesorhizobium huakuii and Mesorhizobium cicereti: chemical and immunological comparative data // Acta Biochim. Polonica. 2002. — Vol. 49. — P. 1043−1052.
  37. Chotte J.-L., Schwartzmann A., Bally R., Monrozier L.J. Changes in bacterial communities and Azospirillum diversity in soil fractions of a tropical soil under 3 or 19 years of natural fallow // Soil Biol, and Biochem. 2002. — Vol. 34. -P. 1083−1092.
  38. De Coninck K., Horemans J.S., Randombage S., Vlassak K. Occurrence and survival of Azospiriilum spp. in temperate regions // Plant and Soil. 1988.-Vol. 110.-P. 213−218.
  39. De Coninck, K., S. Horemans, S. Randombage, K. Vlassak. Occurrence and survival of Azospirillum spp. in temperate regions // Plant Soil. -1988.-Vol. 110.-P. 213−218.
  40. Demezas D.H., Bottomley P.J. Autecology in rhizospheres and nodulating behavior of indigenous Rhizobium trifolii // Appl. Environ. Microbiol. -1986.-Vol. 52.-P. 1014−1019.
  41. Dobereiner J., Baldani V.L., Reis V.M. Endophytic occurrence of diazotrophic bacteria in non-leguminous crops // NATO ASI Series G: Ecological Sciences / Germany: Springer verlag, 1995. Vol. 37. — P. 3.
  42. Dobereiner J., Day J.M. Associative symbiosis in tropical grasses: characterization of microorganisms and dinitrogen-fixing sites // Proc. Intern. Symp. on N2-Fixation. Washington. — 1976. — P. 518−537.
  43. Donnelly C.W. Detection and isolation of Listeria monocytogenes from food samples: Implications of sub lethal injury // J. AOAC Int. 2002. — Vol. 85.-P. 495−500.
  44. Eckert В., Weber O.B., Kirchhof G., Halbritter A., Stoffels M., Hartman A. Azospirillum doebereinerae sp. nov. a diazotrofic bacterium associated with Mis-canthus sinesis 'giganteus'// Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001. — Vol. 51.-P. 17−26.
  45. Emanuel P.A., Dang J., Gebhardt J.S. et al. Recombinant antibodies: A new reagent for biological agent detection // Biosens. Bioelectron. 2000.1. Vol. 14.-P. 751−759.
  46. Engvall E, Perlmann P. Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Quantitative assay of immunoglobulin G. Immunochemistry // Med Biol. -1971.-Vol. 8.-P. 871−874.
  47. Faegri A., Torsvik V.L., Goksoyr J. Bacterial and fungal activities in soil: separation of bacteria and fungi by a rapid fractionated centrifugation technique // Soil Biol. Biochem. 1977. — Vol. 9. — P. 105−112.
  48. Falk E.C., Dobereiner J., Johnson J.L., Krieg N.R. Deoxyribonucleic acid homology of Azospirillum amazonense Magalhaes et al. 1984 and emendation of the description of the genus Azospirillum II Inter. J. Syst. Bacteriol. — 1985. — Vol. 35.-P. 117−118.
  49. Feng P. Rapid methods for detecting foodborne pathogens // Bacteriological Analytical Manual, Ed. 8 (revised: Jan 25, 2001). 2001.
  50. Filiatrault M.J., Wagner V.E., Bushnell D., Haidaris C.G., Iglewski B.H., Passador L. Effect of anaerobiosis and nitrate on gene expression in Pseudomonas aeruginosa // Infect. Immun. 2005. — Vol. 73. — P. 3764−3772.
  51. Fillhart R.C., Bachand G.D., Castello J.D. Detection of infectious tobamoviruses in forest soils // Appl. Environ. Microbiol. 1998. — Vol. 64. — P. 1430−1435.
  52. Gasanov U., Hughes D., Hansbro P.M. Methods for the isolation and identification of Listeria spp. and Listeria monocytogenes: A review // FEMS Microbiol. 2005. — Vol. 29. — P. 851−875.
  53. Geng Т., Bhunia A.K. Biosensors in foodborne pathogen detection. In: Smart Biosensor Technology / Eds. Knopf G.K., Bassi A.S. Taylor and Francis, Boca Raton, Florida, 2007. P. 503−519.
  54. Geng Т., Kim K.P., Gomez R., Sherman D.M., Bashir R., Ladisch
  55. M.R., Bhunia A.K. Expression of cellular antigens of Listeria monocytogenes that react with monoclonal antibodies C11E9 and EM-7G1 under acid-, saltor temperature-induced stress environments // J. Appl. Microbiol. 2003. — Vol. 95. — P. 762−772.
  56. Gracias K.S., McKillip J.L. A review of conventional detection and enumeration methods for pathogenic bacteria in food // Can. J. Microbiol. — 2004. -Vol. 50.-P. 883−890.
  57. Guliy O.I., Matora L.Yu., Burygin G.L. et al. Electrophysical characteristics of Azospirillum brasilense Sp245 during interaction with antibodies to various cell-surface epitopes // Analytical Biochemistry. — 2007. — Vol. 370. — P. 201−205.
  58. Hahm B.K., Bhunia A.K. Effect of environmental stresses on antibody-based detection of Escherichia coli 0157: H7, Salmonella enterica serotype Enteritidis and Listeria monocytogenes II J. Appl. Microbiol. — 2006. — Vol. 100.-P. 1017−1027.
  59. Hearty S., Leonard P., Quinn J. et al. Characterisation and potential application of a novel monoclonal antibody for rapid identification of virulent Listeria monocytogenes II J. Microbiol. Methods. 2006. — Vol. 66. — P. 294−312.
  60. Hermansson, A., Lindgren P.-E. Quantification of ammoniaoxidizing bacteria in arable soil by real-time PCR // Appl. Environ. Microbiol. 2001. — Vol. 67.-P. 972−976.
  61. Hitchins A.D. Chapter 10, Listeria monocytogenes // FDA Bacteriological Analytical Manual. Maryland: AO AC Int., 1998.
  62. Holben, W.E., Jansson J.K., Chelm B.K., Tiedje J.M. DNA probe method for the detection of specific microorganisms in the soil bacterial community // Appl. Environ. Microbiol. 1988. — Vol. 54. — P. 703−711.
  63. Jakeman S., Lee H., Trevors J. Survival, detection and containment of bacteria II Microbial. Releases. 1993. — Vol. 2. — P. 237−252.
  64. Jaradat Z.W., Bhunia A.K. Glucose and nutrient concentrations affect the expression of a 104-kilodalton listeria adhesion protein in Listeriamonocytogenes II Appl. Environ. Microbiol. 2002. — Vol. 68. — P. 4876−4883.
  65. Kabat E.A. Basic principles of antigen-antibody reaction // Meth. Enzymol. Immunochemical Techniques. — New York: Academic Press. — 1980. — Vol. 70.-P. 3−49.
  66. Kabir M.M., Faure D., Haurat J., Normand P., Jacoud C., Wadoux P., Bally R. Oligonucleotide probes based on 16S rRNA sequences for the identification of four Azospirillum species // Canad. Journal of Microbial. 1995. — Vol. 41.-P. 1081−1087.
  67. Katzy E.I., Matora L.Yu., Serebrennikova O.B., Scheludko A.V. Involvement of a 120-MDa plasmid of Azospirllum brasiense Sp245 in production of lipopolysaccharides // Plasmid. 1998. — V.40. — P. 73−83.
  68. Kennedy A.C., Wollum A.G. Enumeration of Bradyrhizobium japonicum in soil subjected to high temperature: comparison of plate count, most probable number and fluorescent antibody techniques // Soil Biol. Biochem. -1988.-Vol. 20.-P. 933−937.
  69. Khammas K.M., Ageron E., Grimont P.A.D., Keiser P. Azospirillum irakense sp. nov., a nitrogen-fixing bacterium associated with rice roots and rhizosphere soil // Res. Microbiol. 1989. — Vol. 140. — P. 679−693.
  70. Kim S.-H., Park M.-K., Kim J.-Y. et al. Development of a sandwich ELISA for the detection of Listeria spp. using specific flagella antibodies // J. Vet. Sci. -2005. Vol. 6. — P. 41−46.
  71. Kingsley M.T., Bohlool B.B. Release of Rhizobium spp. from tropical soils and recovery for immunofluorescence enumeration // Appl. Environ. Microbiol.- 1981.-Vol. 42.-P. 241−248.
  72. Kirchhof G., Schloter M., Assmus В., Hartmann A. Molecular microbial ecology approaches applied to diazotrophs associated with non-legumes // Soil Boil. Biochem. 1997. — Vol. 29. — P. 853−862.
  73. Kohler G, Milstein C. Continuous cultures of fused cells secreting antibody of predefined specificity // Nature. 1975. — Vol. 256. — P. 5−7.
  74. Kolb, S., Knief, C., Stubner, S., Conrad, R. Quantitative Detection of
  75. Methanotrophs in Soil by Novel pmoA-Targeted Real-Time PCR Assays // Applied and Environmental Microbiology. 2003. — Vol. 69. — P. 2423−2429.
  76. Lamm, R.B., NeyrA C.A. Characterization and cyst production of azospirilla isolated from selected grasses growing in New Jersey and New York // Can. J. Microbiol. 1981. — Vol. 27. — P. 1320−1325.
  77. Lemes-Marques E.G., Yano T. Influence of environmental conditions on the expression of virulence factors by Listeria monocytogenes and their use in species identification // FEMS Microbiol. Lett. 2004. — Vol. 239. — P. 63−70.
  78. Lequin R. Enzyme immunoassay (EIA)/enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) // Clin. Chem. 2005. — Vol. 51. — P. 2415−2418.
  79. Levanony H., Bashan Y., Kahana Z.E. Enzyme-linked immunosorbent assay for specific identification and enumeration of Azospirillum brasilense Cd in cereal roots // Appl. Environ. Microbiol. 1987. — Vol. 53. — P. 358−364.
  80. Liddell E. Antibodies // The Immunoassay Handbook, 3rd / Ed. D. Wild New York: Elsevier Ltd., 2005. — 930 p.
  81. Louw H.A., Webley D.M. The bacteriology of the root region of the oat plant grown under controlled pot culture conditions // J. Appl. Bacteriol. -1959.-Vol. 2.-P. 216−226.
  82. Lund, V., Goksoyr J. The effects of water fluctuations on microbial mass and activity in soil // Microb. Ecol. 1980. — Vol. 6. — P. 115−123.
  83. Magalhaes F.M., Baldani J.I., Souto S.M. etal. New acid-tolerant Azospirillum species // An. Acad. Bras. Scienc. 1983. — Vol. 55. — P. 417−430.
  84. Martin N.J., MacDonald R.M. Separation of non-filamentous microorganisms from soil by density gradient centrifugation in percoll // J. Appl. Bacteriol. 1981. — Vol. 51. — P. 243−251.
  85. McCafferty J., Griffiths A.D., Winter G., Chiswell D.J. Phage antibodies: Filamentous phage displaying antibody variable domains // Nature. — 1990. Vol. 348. — P. 552−554.
  86. Mehnaz S., Weselowski В., Lazarovits G. Azospirillum canadense sp. nov., a nitrogen-fixing bacterium isolated from corn rhizosphere // Int. J. Syst.
  87. Evol. Microbiol. 2007. — Vol. 57. — P. 620−624.
  88. Mehnaz S., Weselowski В., Lazarovits G. Azospirillum zeae sp. nov., a diazotrophic bacterium isolated from rhizosphere soil of Zea mays // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007a. — Vol. 57. — P. 2805−2809.
  89. Milenbachs A.A., Brown D.P., Moors M., Youngman P. Carbon-source regulation of virulence gene expression in Listeria monocytogenes II Molecular Microbiology. 1997. — Vol. 23. — P. 1075−1085.
  90. Morgan J.A.W., Winstanley C., Pickup R., Saunders J. Rapid immunocapture of Pseudomonas putida cells from lake water by using bacterial flagella // Appl. Environ. Microbiol. 1991. — Vol. 57. — P. 503−509.
  91. Mygind Т., Birkelund S., Falk E., Christiansen G. Evaluation of realtime quantitative PCR for identification and quantification of Chlamydia pneumoniae by comparison with immunohistochemistry // J. Microbiol. Methods. -2001. Vol. 46.-P. 241.
  92. Nanduri V., Bhunia A.K., Tu S.-I., Paoli G.C., Brewster J.D. SPR biosensor for the detection of L. monocytogenes using phage-displayed antibody // Biosens. Bioelectron. 2007. — Vol. 23. — P. 248−252.
  93. Nannipieri P., Ciardi C., Badalucco L. A method to determine soil DNA and RNA // Soil Biol. Biochem. 1986. — Vol. 18. — P. 275−281.
  94. O’Sullivan M.J., Marks V. Methods for the preparation of enzyme-antibody conjugates for use in enzyme immunoassay // Methods Enzymol. — 1981. -P. 147−166.
  95. Obst U., Huebner I., Wecker M., Bitter-Suermann D. Immunological method using monoclonal antibodies to detect Enterobacteriaceae in drinking water // Aqua. 1989. — Vol. 38. — P. 136−142.
  96. Ogan M. Studies on the ecology of aquatic bacteria of the lower Niger delta: populations of viable cells and physiological groups // Arch. Hydrobiol. — 1991.-Vol. 124.-P. 235−252.
  97. Olive D.M., P.Bean. Principles and application of me-thods for DNA-based typing of microbial organisms // J Clin Microbiol. 1999. — Vol. 37. P. 1661−1669.
  98. Olsen, R.A., Bakken L.R. Viability of soil bacteria: optimization of plate-counting technique and comparison between total counts and plate counts within different size groups // Microb. Ecol. 1987. — Vol. 13. — P. 59−74.
  99. On S.L.W. Identification methods for Campylobacters, helicobacters, and related organisms // Clin. Microbiol. 1996. — Vol. 9. — P. 405.
  100. Orlandi R., Gussow D.H., Jones P.T., Winter G. Cloning immunoglobulin variable domains for expression by the polymerase chain-reaction //Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1989. — Vol. 86. — P. 3833−3837.
  101. Ouchterlony O., Nilsson L.-A. Immunodiffusion and immunoelectrophoresis // Handbook of Experimental Immunology. Vol. 1. Immunochemistry / Ed. D.M. Weiz. Oxford: Alden Press, 1979. — P. 19−33.
  102. Paoli G.C., Chen C.Y., Brewster J.D. Single-chain Fv antibody withspecificity for Listeria monocytogenes // J. Immunol. Methods. 2004. — Vol. 289. -P. 147−155.
  103. Paul A., Clark F.E. Soil microbiology and biochemistry. — San Diego: Academic Press, 1988. 329 p.
  104. Pedersen J.C., Jacobsen C.S. Fate of Enterobacter cloacae JP120 and Alcaligenes eutrophus AEOl 106 in soil during water stress: effects of culturability and viability // Appl. Environ. Microbiol. 1993. — Vol. 59. — P. 1560−1564.
  105. Peng G., Wang H., Zhang G., Hou W., Liu Y., Wang E.T., Tan Z. Azospirillum melinis sp. nov., a group of diazotrophs isolated from tropical molasses grass // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006. — Vol. 56. — P. 1263−1271.
  106. Ray В., Bhunia A.K. Fundamental Food Microbiology // CRC Press, Boca Raton, Florida, 2008. Vol. 41. — 567 p.
  107. Rodriguez Caceres E.A. Improved medium for isolation of Azospirillum spp // Applied and Environmental microbiology. 1982. — Vol. 44. -P. 990−991.
  108. Rothballer M., Eckert В., Schmid M., Fekete A., Schloter M., Lehner A., Pollmann S., Hartmann A. Endophytic root colonization of gramineous plants by Herbaspirillum frisingense И FEMS Microbiol Ecol. 2008. — Vol. 66. — P. 85
  109. Rovira A.D., Newman E.I., Bowen H.J., Campbell R. Quantitative assessment of the rhizosphere microflora by direct microscopy // Soil Biol. Biochem. 1974. — Vol. 6. — P. 211−216.
  110. Sadasivan L., Neyra C.A. Cyst production and brown pigment formation in aging cultures of Azospirillum brasilense ATCC 29 145 // J. Bacteriol. -1987.-Vol. 169. — P.1670−1677.
  111. Sadasivan L., Neyra C.A. Flocculation in Azospirillum brasilense and Azospirillum lipoferum: exopolysaccharides and cyst formation // J. Bacteriol. — 1985.-Vol. 163.-P. 716−723.
  112. Schloter M., Asmus В., Hartmann A. The use of immunological methods to detect and identify bacteria in the environment // Biotechnol. Advances. 1995. — Vol. 13. — P. 75−85.
  113. Schloter M., Hartmann A. Production and characterization of strain specific monoclonal antibodies against outer membrane components of Azospirillum brasilense Sp245 // Hybridoma. 1996. — Vol. 15. — P. 225−232.
  114. Schmidt, E.L. Quantitative autecological study of microorganisms in soil by immunofluorescence // Soil Sci. 1974. — Vol. 118. — P. 141−149.
  115. Sensitive chemoluminescencebased immunological quantification of bacteria in soil extracts with monoclonal antibodies / M. Schloter, W. Bode, A. Hartman and F. Beese II Soil Biol, Biochem. 1992. — Vol. 24. — P. 399−403.
  116. Skerman V.B.D., McGowan V., Sneath P.H.A. Approved lists of bacterial names // Int. J. Syst. Bacteriol. 1980. — Vol. 30. — P. 225−420.
  117. Skinner F.A., Jones P.C.T., Mollison J.E. A comparison of a direct -and a plate-counting technique for the quantitative estimation of soil microorganisms // J. Gen. Microbiol. 1952. — Vol. 6. P. 261−271.
  118. Sly L.I., Stackebrandt E. Description of Skermanella parooensis gen. nov. to accommodate Conglomeromonas largomobilis subsp. Largomobilis to the genus Azospirillum II Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. — Vol. 49. — P. 541−544.
  119. Steenhoudt O., Vanderleyden J. Azospirillum, a free-living nitrogen-fixing bacterium closely associated with grasses: genetic, biochemical and ecological aspects // FEMS Microbiol. 2000. — Vol. 24. — P. 487−506.
  120. Stubner, S. Enumeration of 16S rDNA of Desultomaculum lineage 1 in rice field soil by real-time PCR with SybrGreenTM detection // J. Microbiol. Methods. -2002. Vol. 50. — P. 155−164.
  121. Sue D., Fink D., Wiedmann M., Boor K.J. SigmaB-dependent gene induction and expression in Listeria monocytogenes during osmotic and acid stress conditions simulating the intestinal environment // Microbiology-UK. 2004. -Vol. 150.-P. 3843−3855.
  122. Suzuki M.T., Taylor L.T., DeLong E.F. Quantitative analysis of small-subunit rRNA genes in mixed microbial populations via 5"-nuclease assays // Appl. Environ. Microbiol. 2000. — Vol. 66. — P. 4605−4614.
  123. Thirumalapura N.R., Morton R.J., Ramachandran A., Malayer J.R. Lipo-polysaccharide microarrays for the detection of antibodies // J. Immunol. Methods. 2005. — Vol. 298. — P. 73−81.
  124. Torsvik V.L., J. Goksoyr. Determination of bacterial DNA in soil // Soil Biol. Biochem. 1978. — Vol. 10. — P. 7−12.
  125. Van Weemen B.K., Schuurs A.H.W.M. Immunoassay using antigenenzyme conjugates // FEBS Letts. 1971. — Vol. 15. — P. 232−236.
  126. Vandenhove H., Merckx R., van Steenbergen M., Vlassak K. Microcalorimetric characterization, physiological stages and survival ability of Azospirillum brasilense I I Soil Biol. Biochem. 1993. — Vol. 25. — P. 513−519.
  127. Vernozy-Rozand C., Mazuy-Cruchaudet C., Bavai C., Richard Y. Comparison of three immunological methods for detecting staphylococcal enterotoxins from food // Lett. Appl. Microbiol. 2004. — Vol. 39. — P. 490−494.
  128. Warschkau H., Kiderlen A.F. A monoclonal antibody directed against the murine macrophage surface molecule F4/80 modulates natural immune response to Listeria monocytogenes // J. Immunol. 1999. — Vol. 163. — P. 34 093 416.
  129. Williams D.D., Benedek O., Turnbough Jr. C.L. Species-specific peptide ligands for the detection of Bacillus anthracis spores // Appl. Environ. Microbiol. 2003. — Vol. 69. — P. 6288−6293.
  130. Wu M.H., Guina Т., Brittnacher M., Nguyen H., Eng J., Miller S.I. The Pseudomonas aeruginosa proteome during anaerobic growth // J. Bacteriol. — 2005.-Vol. 187.-P. 8185−8190.
  131. Xie C.H., Yokota A. Azospirillum oryzae sp. nov., a nitrogen-fixing bacterium isolated from the roots of the rice plant Oryza sativa // Int. J. Syst. Evol. Microbiol.-2005.-Vol. 55.-P. 1435−1438.
  132. Yahalom E., Okon Y., Dovrat A. Azospirillum effects on susceptibilityto Rhizobium nodulation and on nitrogen Fixation of several forage legumes // Can. J. Microbiol. 1987. — Vol. 33. — P. 510−514.
  133. Yalow R.S., Berson S.A. Immunoassay of endogenous plasma insulin in man // Clin Invest. 1960. — Vol. 39. — P. 1157−1175.
  134. Zamora B.M., Hartung M. Chemiluminescent immunoassay as a microtiter system for the detection of Salmonella antibodies in the meat juice of slaughter pigs // J. Vet. Med. 2002. — Vol. 49. — P. 338−345.
  135. Zhao Z.J., Liu X.M. Preparation of monoclonal antibody and development of enzyme-linked immunosorbent assay specific for Escherichia coli 0157 in foods // Biomed. Environ. Sci. 2005. — Vol. 18. — P. 254−259.
Заполнить форму текущей работой

Сессия? Спокойно!