Проектирование информационных управляющих систем выполняется в несколько этапов, среди которых специалист по транспорту играет определяющую роль в концепции построения, технико-экономическом обосновании и подготовке технического задания для разработки автоматизированной системы управления транспортными организациями или транспортными процессами. Необходимо точно описать связи между структурой информационной управляющей системы и производственными процессами АТО, подходы к совершенствованию системы управления, основные принципы разработки информационной системы управления, процессы ее жизненного цикла. Учесть требования стандартов к разработке, испытаниям и эксплуатации АСУ.
С учетом полнофункционального решения задачи информационного обеспечения перевозочной работы АТО в состав ее системы управления должны входить система оперативного планирования перевозок с возможностью интеграции с ГИС, система оперативного управления перевозками, интегрированная с космическими системами позиционирования, система учета и анализа результатов выполнения перевозок. В системе управления должны быть учтены требования стандартов к автоматизированным системам управления технологическими системами на автомобильном транспорте. При построении автоматизированных систем управления в логистических системах большие перспективы имеет объектно-ориентированный подход к построению информационных систем в логистике, виртуальное партнерство в логистических системах на основе электронного бизнеса.
Интеллектуальные транспортные системы могут выполнять роль интеграционной платформы использования последних достижений информационных технологий и средств связи в информационных системах на транспорте, что позволяет кардинально повысить эффективность и качество функционирования транспортной системы.