Итак, самостоятельное по чину автокефальному доставление митр. Феодосия было весьма важным событием в истории русской церкви. С этого момента уже в собственном смысле начинается фактическая автокефалия русской митрополии; русские митрополиты начинают титуловаться «московскими и всея Руси», отмечая тем самым настоящее начало нового, московского периода русской митрополии. Вместе с тем, с этого же самого момента начинается и новый период отношений русских митрополитов к своим государям. Митрополит Феодосий в качестве первого, в полном смысле московского митрополита, был ео ipso и первым русским митрополитом, которого великий князь Московский утвердил в сане (инвестировал) непосредственно и единолично, как заменивший в этой роли вселенских христианских государей-императоров греческих.
Таким образом, «в одно и то же время русская церковь заявила свои права на независимость от КПля патриарха, и русский царь заменил по отношению к ней место византийского императора, сделавшись ее представителем и главою». Понятно поэтому, что «нравственная и духовная эмансипация русской церкви от Византии была совершена при прямом содействии государственной власти, в прямых интересах князя московского. Национальное возвеличение русской церкви было делом столько же духовным, сколько и политическим; может быть, даже более политическим, чем духовным. Этим путем московский государь получал религиозное освящение, явившееся весьма кстати для его только что усилившейся власти». Русская церковь, препоручаемая исключительному попечению своего природного государя, становилась учреждением национальным; «а, делаясь национальной, русская церковь в то же время становилась и государственной; она признавала над собой верховенство государственной власти и входила в рамки московских правительственных учреждений» (Милюков «Очерки Русской Культуры», т. II, с. 23—25). В таком направлении и стала развиваться со всей определенностью дальнейшая история ее отношений к государству.
Глава русской церкви, мит. всея России утратил свой сверхнациональный церковный характер, при котором он был до конца независимым от Московского великого князя, опираясь на происхождение его власти от КПльского патриарха. Став всецело зависимым от царя Московского, он потерял возможность управлять церковью за Московскими пределами, в чужих государствах: литовском и польском. Зависимость митрополита от государственной власти возросла настолько, что он стал ставиться на митрополичий трон и изгоняться с него по одной воле светской власти. Приобретение в конце XVI в. русской церковью патриаршего титула ровно ничего не изменило в этом отношении в ее жизни внутренней. Титул ни капли не прибавил власти главе русской церкви и ни капли не ослабил ее полной зависимости от государства. В патриаршем титуле и в горьких подписях под ним восточных патриархов, русская церковь только с запозданием получила официальную печать той автокефалии в канонической форме, которой она фактически жила уже с половины XV в.