Приведенные выше природные процессы приводят к локальным периодическим изменениям состава и свойств приземного воздушного бассейна. Такие изменения, отрицательно влияющие на биоценоз, определяют как природные загрязняющие атмосферу факторы. Они могут быть вещественными или аномально-геофизическими.
Антропогенное загрязнения атмосферы, начинаясь с локальных очагов загрязнения воздуха, может стать глобальным и необратимым. Техногенные выбросы в атмосферу насчитывают десятки тысяч веществ. Более 90% их массы приходится на углекислый газ (С02), остальные загрязнители — твердые пылевые частицы, диоксид серы (S02), оксиды азота (NO и N02), сероводород, аммиак, хлор, оксид углерода (СО) и др. Особую опасность представляют С02, S02 и высотоксичные NO и N02. Оксиды азота разрушают озоновый слой (экран).
Кроме физико-химического загрязнения атмосферы, негативно воздействует на геоэкологию избирательное извлечение и использование составляющих ее газов. По данным Н. Г. Комаровой (2010), ежегодная антропогенная убыль кислорода в приземном воздухе оценивается в 10—30 млрд т, а содержание кислорода в воздухе крупных промышленных центров снижается до 19%. Расход кислорода на 15—20% больше, чем его выделяют растения планеты. Обозначившийся тренд уменьшения содержания кислорода в атмосфере через сотни лет может понизиться до уровня, опасного для жизни человека. Альтернатива этому — использование возобновляющихся источников энергии, не требующих сжигания кислорода.