С началом освоения нефтяных и газовых местрождений этой территории Тобольск оказался одним из промежуточных транспортных центров на связывающих Тюмень и города Приобья железнодорожной и автодорожной магистралях. Так же в районе Тобольска по направлению к Европейской России проходит ряд магистральных нефтеи газопроводов.
Предприятиями города за 2013 г. перевезено 2 млн тонн грузов и 23,3 млн. пассажиров.
Через город проходит федеральная автомобильная трасса Р404 «Тюмень — Ханты-Мансийск».
Автовокзал горда Тобольска осущесвляет регулярные автобусными рейсы в Тюмень, Курган, Челябинск, Ханты-Мансийск, Петропавловск (Казахстан) и прочими городами.
Городской транспорт представлен автобусами (15 маршрутов), и маршрутными такси. Протяжённость маршрутной сети города составляет 215,5 км.
В черте города имеются две железнодорожные станции Тобольск и Денисовка (промышленная), расположенные на дистанции пути Свердловской железной дороги (РЖД). В сутки через вокзал «Тобольск (станция)» проходят порядка 20−30 пассажирских поездов. В 2014 г. начнется капитальный ремонт здания железнодорожного вокзала.
Речной порт — порт является крупным перевалочным пунктом Сибири по северным грузам, которые сначала доставляются по железной дороге в Тобольск, а затем перевозятся выше водным путём. За навигацию предприятием в среднем перевозится 2,8 млн. тонн грузов, выгружается более 36 тысяч вагонов.
В настоящее время ближайший пассажирский аэропорт «Рощино» находится в 270 км от Тобольска в г. Тюмень. В том числе, по инициативе президента РФ В. В. Путина в городе планируется строительство собственного аэропорта, как неотъемлемой части стратегии развития Тобольского промышленного узла.
Плотность дорог рассчитывается исходя из отношения общей протяженности дорог к общей площади территории и умножается на 1000. Общая протяженность дорог в городе — 14 200 кв. км. А общая площадь территории — 101,6 тыс./га.
Таким образом, плотность дорог в городе Тобольск составляет — 139 км на 1000 кв. км.
