Верхояно-Индигирская складчатая система представляет широкий S-образно изогнутый пояс складчатых сооружений и небольших срединных массивов, лежащий между Предверхоянским прогибом и обширным Колымо-Омолонским массивом. Ее главными элементами являются Верхоянский мегантиклинорий и Яно-Индигирский мегасинклинорий.
Верхоянский мегантиклинорий Выражен в рельефе одноименным хребтом сложен мощными карбонатными и терригенными отложениями карбона и перми, которые накапливались вдоль окраины Сибирского континента, и в их составе различаются осадки шельфа, континентального склона и подножия.
В Сетта-Дабанском антиклинории вскрыты наиболее древние комплексы.
Структура надвинута на Сибирскую платформу (Нельканская зона) отложения: рифея — среднего палеозоя — мощные терригенные отложения; палеозой смят в линейные складки, осложненные взбросами и надвигами.
Это юрские отложения Иньяли-Дебинской зоны (6 км) и позднеюрские граниты. Есть офиолиты, что указывает на возможное присутствие океанической коры. Турбидитовый террейн. Его продолжение на С — хребет Полоусный. В центре — Алазейское поднятие — С-J1 вулканогенно-осадочная толща с покровами лав базальтов, андезитов, риолитов, туфов. Выше мелководные J2−3 — островная дуга.
Омолонский массив. Докембрийский фундамент Омолонского массива (AR1) c массивами PR1 гранитоидов. Почти повсеместно перекрыт полого залегающим чехлом из терригенно-карбонатных отложений рифея, ордовика, наземных вулканитов девона, карбонатных отложений нижнего карбона и терригенных — перми и мезозоя. Отложения чехла относительно маломощные и PZ выступает на поверхность.
