Натурфилософия развивалась и менялась — от выявления первоначал мира к осмыслению природы в целом, решающая стратегия — организмическая стратегия — сохранялась на протяжении веков .
Основными причинами «гибели» натурфилософии были:
- а) формирование естественных наук, которые уже во времена Геккеля достигли определенной степени зрелости;
- б) критика со стороны крупных естествоиспытателей. Так, Гаусс писал: «Почитайте Шеллинга и Геккеля и их сообщников И у Вас волосы встанут дыбом», а Гельмгольц считал, что «гегелевская натурфилософия является бессмыслицей» ;
- в) критика со стороны возникшего в 30-х гг. XIX в. позитивизма (О. Конт, Дж. G. Милль, Г. Спенсер и др.), который провозгласил решительный разрыв с философской («метафизической») традицией, считая, что наука не нуждается ни в какой-либо стоящей над ней философией.
Отдельные общие умозрительные (и в этом смысле натурфилософские) представления о природе формулируются и в наше время, когда недостаточно или вовсе нет фактов, подтверждающих их. Такие представления высказываются в рамках онтологии (философского учения о бытии как таковом), философии естествознания (или философских вопросов естествознании), теоретического естествознания, или внутри самих естественных наук. Причем представления возникают, как правило, не из анализа природы самой по себе, а из освоения концептуального аппарата естественных наук, их фундаментальных понятий, принципов и законов.
Понимание натурфилософии изменялось в истории человеческой мысли и обусловлено тем, как трактовалась природа (то ли как совокупность всего изменчивого и становящегося, то ли как нечто, противоположное душе, истории, культуре, свободе, то ли как внутренний принцип вещей).