После того как ГуставАдольф разгромил войска императора и католической лиги, Чехия подверглась вторжению и грабежу войск саксонского курфюрста; особенно потерпели при этом католики. Чешские протестанты попытались воспользоваться этим моментом для того, чтобы восстановить свои права. Они устроили съезд трех сословий, избрали из своей среды директоров, которые созвали евангелических священников, избрали консисторию и администратора и завладели университетом. Но дела скоро приняли другой оборот: назначенный главнокомандующим имперских войск Альбрехт Вальдштейн вытеснил саксонцев из Чехии и по приказу из Вены расправился с протестантами. Учрежденная им комиссия, так называемая Фридландская, приговорила до 360 лиц всех сословий к конфискации имущества, в общем на сумму до 3 млн гульденов. По смерти Вальдштейна Чехия снова подверглась опустошению от саксонских и шведских войск, пока Фердинанд II не купил у курфюрста Саксонского Иоганна-Георга мир уступкою ему Лужиц в 1635 г. на ленном праве до прекращения его рода. Когда на престол чешский вступил сын Фердинанда II Фердинанд III (1637—1657), Чехия вновь испытала все ужасы войны. Шведские войска наводнили всю Восточную Чехию, сожгли и разграбили до 6000 селений. Вытесненные отсюда имперскими войсками, шведы перешли сначала в Баварию, а отсюда в Западную Чехию и повторяли свои нашествия несколько раз. 15 июля 1648 г. шведы овладели Градчанами и Малою стороною Праги и в течение трех дней грабили город. Огромные богатства — возы и суда, нагруженные золотом, серебром и художественными сокровищами Рудольфа, — высланы были из Чехии в Швецию. Ограбление и разорение страны продолжалось до тех пор, пока Вестфальский мир 1648 г. не прекратил военных действий. Последствия войны были ужасны. Население от неприятельского меча, голода и мора уменьшилось до 800 тыс. человек; из 151 тыс. сельских усадеб уцелело едва 50 тыс. Много чешских дворян вынуждено было покинуть свои дома и усадьбы, в которых засели пришлые немцы, испанцы и итальянцы. Эти новые владельцы, презиравшие язык и обычаи страны, начали притеснять сельский люд, облагать его новыми податями и барщиною. Промышленность, ремесла и торговля Чехии были почти что уничтожены; сокровища страны, накопленный веками народный капитал, были разнесены и рассеяны по всей Европе. Чешские места обнищали и должны были позаложить свои общественные имущества и доходы, чтобы как-нибудь выйти из финансовых затруднений.