В 1871 году Д. К. Шехтель по протекции Т. Е. Жегина уехала в Москву, где устроилась экономкой в дом П. И. Третьякова, с которым Жегин поддерживал не только деловые, но и тесные дружеские отношения. Дочь Третьякова, В. П. Зилоти, вспоминала о Т. Е. Жегине:
Не помню за всё своё детство, чтобы мой отец так тепло и нежно относился к кому-нибудь из своих друзей
Семья Жегиных, у которых к этому времени уже находились на попечении дети Алоиза Осиповича, а также жила вдова Франца Осиповича, взяла на себя заботу о воспитании детей Осипа Осиповича. Франц Альберт рос с момента отъезда матери вместе с дочерьми Т. Е. Жегина, приходившимися ему двоюродными племянницами. Одна из дочерей, Наталья, много позднее стала женой архитектора.
Осенью 1871 года Франц Альберт Шехтель сдал вступительный экзамен и был зачислен во второй класс Саратовской мужской гимназии — единственного в городе учебного заведения, дававшего среднее образование и право без экзаменов поступить в Казанский университет. Плату за обучение Франца и его сестёр, вероятно, внёс Т. Е. Жегин. Учился юный Шехтель довольно посредственно, имея приличные баллы лишь по чистописанию, рисованию и черчению. Эти предметы преподавал в гимназии А. С. Годин, у которого несколькими годами ранее учился «технике рисования с натуры» сын командующего Саратовским губернским батальоном Миша Врубель. За недостаточные знания по арифметике и латинскому языку Шехтель был оставлен на второй год. Следующий учебный год стал для Шехтеля более успешным: он получил «отлично» по священной истории, «хорошо» по русскому языку, «удовлетворительно» по остальным предметам и был переведён в третий гимназический класс.
26 августа 1873 года Франц Шехтель стал одним из 43 «казённокоштных» воспитанников Приготовительного училища местной Тираспольской римско-католической епархиальной семинарии. Семинария была открыта в Саратове в 1856 году для подготовки детей колонистов в священнослужители новой тираспольской католической епархии. Воспитанники училища жили в стенах семинарии постоянно. В конце 1873 года скончался попечитель Шехтеля Т. Е. Жегин, однако Франц Альберт продолжал обучение вплоть до 20 июля 1875 года, получив Свидетельство об окончании полного курса подготовительного училища.