Флотилия Магеллана состояла из следующих кораблей: «Тринидад» водоизмещением 110 т под командованием адмирала Магеллана; «Сан-Антонио», 120 т — капитаном был инспектор флота Хуан де Картахена; «Консепсьон», 90 т — капитан Гаспар де Кассада; «Виктория», 85 т — капитан, казначей флота Луис де Мендоса и «Сантьяго», 75 т — капитан Жуан Серрано.
Начало экспедиции. Атлантический океан. Бразилия
20 сентября 1519 года флотилия из пяти судов с командой в 265 человек во главе с Магелланом вышла из порта Санлукар-де-Баррамеда (устье реки Гвадалквивир) на поиски юго-западного пролива из Атлантического океана в открытое в 1513 году конкистадором Васко Нуньес де Бальбоа «Южное море».
Через два месяца корабли достигли берегов Бразилии и направились на юг вдоль Американского материка. В марте 1520 года они остановились на зимовку в бухте Сан-Хулиан. Здесь Магеллану с большим трудом удалось подавить мятеж части членов экспедиции, настаивавших на возвращении в Испанию.
Открытие Магелланова пролива
В сентябре 1520 года экспедиция на четырёх кораблях («Сантьяго» погиб в разведке 22 мая) вышла в океан и взяла курс на юг. В конце октября 1520 года достигли пролива, которому впоследствии было присвоено имя его первооткрывателя — Магелланов пролив. Переход по проливу с незнакомым фарватером был очень тяжёлым; кроме того, «Сан-Антонио», шедший передовым, выйдя из пролива, повернул на юг и, обогнув южную оконечность Америки, самовольно вернулся в Испанию.