Как многие другие науки, анатомия имеет две стороны: практическую и теоретическую. Первая излагает правила исследования подлежащего материала, способы, приемы и технические средства, при помощи которых приобретаются сведения о строении живых существ; вторая занимается не самым исследованием, а его результатами, то есть описывает эти результаты, объясняет их, приводит в систему и делает им сравнительную оценку. Другими словами, первая есть искусство, вторая — наука анатомии.
В прежнее время анатомические исследования имели своим предметом почти исключительно человека, и только в случае крайности, когда нельзя было располагать человеческими трупами, прибегали к рассечению млекопитающих. Поэтому под собственно анатомией понимали преимущественно анатомию человека (Антропотомия). Позднее наука стала заниматься также строением животных. Таким образом возникла животная анатомия, или зоотомия. Затем начались исследования внутреннего строения растений, что составило новую отрасль науки, растительную анатомию, или фитотомию.
Так как между человеком и позвоночными, а также между всеми животными вообще существует много общего со стороны их анатомического строения, то наука неизбежно должна была прийти к изучению сходств и различий этого строения, и таким образом появилась сравнительная анатомия, которая изучает основные этапы эволюции организма человека и животных. Она связана с палеонтологией и генетикой, составляя важную опору учению о происхождении видов.
Изобретение увеличительных линз позволило увидеть, то, что кажется однородным невооруженному глазу, вследствие этого от анатомии отделилась особая наука под названием микроскопическая анатомия, или гистология, изучающая организмы на тканевом уровне. Изменения строения органических существ, связанные с постепенным развитием их из простого зародыша в зрелую особь, составляют предметэмбриологии. Последняя вместе с гистологией носит название общей анатомии, и в противоположность этому систематической анатомии дается название частной, или описательной анатомии.
