Громадное большинство пресмыкающихся населяет экваториальные страны, что в значительной степени определяется климатическими условиями. По направлению к полюсам рептилии убывают в численности видов и особей в большей степени, чем все остальные позвоночные. За полярный круг переходит только несколько видов. Также резко падает число видов и особей при повышении местности над уровнем моря. Тем не менее, отдельные виды поднимаются в горах до 4000—5000 метров, а для северо-западного Тибета известно нахождение круглоголовки (Phrynocephalus) даже на высоте 5400 метров над уровнем моря.
На суше рептилии занимают весьма различные местообитания. Многие ящерицы и змеи населяют леса, причем одни из них держатся на земле, другие среди корней и кустарников, третьи на стволах и ветвях деревьев. Однако большинство видов избегает тенистых лесов и предпочитает лесные поляны, прогалины и опушки, хорошо обогреваемые солнцем. Целый ряд видов, особенно среди гекконов, агам и настоящих ящериц, живет в горах, на крутых полуобнаженных склонах, на скалах и среди каменистых россыпей. Еще большее число видов населяет открытые пространства, и не только богатые растительностью, но и полупустыни и пустыни различных типов, вплоть до совершенно безводных и почти лишенных растительного покрова.
Большинство пресмыкающихся постоянно живет на одном месте и лишь сравнительно немногие совершают переселения, вызываемые различными причинами. На огромные расстояния мигрируют только морские черепахи, главным образом в период размножения, к берегам, где происходит откладывание яиц, в связи с теми же причинами мигрируют и некоторые речные черепахи, но на значительно меньшие расстояния. На еще более скромных пространствах совершаются переселения крокодилов в случае пересыхания водоемов или в поисках мест, удобных для откладывания яиц. Для некоторых видов змей отмечены переселения протяженностью в несколько километров к местам зимовок.
