На территории парка расположены четыре относительно крупных пресноводных озера — Сабындыколь (7,4 км2), Джасыбай (3,7 км2), Торайгыр (1,94 км2) и Быржанколь (0,7 км2). Помимо них есть много небольших озер, некоторые из которых в засушливое время года значительно мелеют.
Самое крупное озеро — Сабындыколь (каз. Сабынды к? л, буквально — «мыльное озеро»), на берегу которого располагается поселок Баянаул. Названо озеро так благодаря своей особой, мягкой воде, словно мыльной на ощупь. По легенде в озере мыла свои прекрасные волосы красавица Баян и обронила в него свое мыло.
Самое прозрачное и второе по величине — озеро Джасыбай, расположенное в котловине между горными грядами. Джасыбай является одним из излюбленных мест для купания благодаря красивому виду, открывающемуся с пляжа и своей чистой воде. По легенде названо озеро было в честь казахского батыра Джасыбая, погибшего на берегу в сражении с захватчиками.
Торайгыр является третьим по величине и наиболее высоко расположенным над уровнем моря. Вода его не так прозрачна как в Джасыбае, поэтому он менее популярен для купания, зато в нем водится много рыбы, в частности сазан, что делает его заманчивым местом для рыбаков. Это озеро было названо в честь казахского поэта Султанмахмута Торайгырова, детство которого прошло в этих краях (в одноименном поселке, расположенном недалеко от озера и также названном в его честь действует музей поэта).
Быржанколь является самым небольшим озером из четырех. Его диаметр около 800 метров. На его берегу расположен одноименный аул, с числом жителей 56 человек. Местность озера Биржанколь является буферной зоной. Данное озеро представляет, как и Торайгыр, интерес для рыболовов. В нем водится сазан, карп, карась. Свое название озеро получило от казахских слов. Быр — один, жан — душа, коль — озеро. В переводе это означает «Озеро одной души» [4,5].
Климат: Баянаульские горы расположены в центре Азиатского материка и потому имеют климат континентального типа. Среднегодовая температура составляет 3,2 °С. Средняя температура января ?13,7°С, минимальная ?17,8°С.
Средняя температура июля 14,6°С, максимальная достигает 32,6°С. Средняя продолжительность безморозного периода составляет всего 140 дней. Годовое количество осадков составляет 340 мм с вариациями в отдельные годы от 190 до 494 мм. Средняя годовая скорость ветра в Баянауле составляет 2,9 м/сек.
Хотя для местности характерен резко континентальный климат, в Баянауле не бывает сильных ветров и песчаных бурь, которые обычны для степных районов Павлодарской области [4].
