29 октября (9 ноября) 1799 года Суворов получает от Павла I два рескрипта, в которых сообщается о разрыве союза с Австрией и приказывается готовить русскую армию к возвращению в Россию. Во второй половине ноября русское войско начало возвращаться. В Богемии и Северной Австрии оно расположилось на отдых в замке Шкворец (сам Суворов остановился в Праге) в ожидании возможного возобновления войны с Французской республикой. Однако его не последовало и 14 (25) января 1800 года русское войско окончательно двинулось в Россию.
В Кракове Суворов сдал командование Розенбергу и направился в Санкт-Петербург. По пути он заболел и остановился в своём поместье в Кобрине. Направленный императором к Суворову лейб-медик И. И. Вейкарт смог добиться улучшения состояния Суворова так, что тот смог продолжить путь. В Петербурге ему готовилась торжественная встреча. Однако в это время Суворов неожиданно вновь попадает в опалу. Поводом к ней было то, что в Итальянском и Швейцарском походах Суворов держал при себе дежурного генерала, что полагалось иметь только монарху. Относительно подлинных причин опалы выдвигаются самые различные версии.
Болезнь Суворова обострилась. Торжественная встреча была отменена. По приезде в Петербург Суворов остановился дома у мужа своей племянницы Д. Хвостова. Павел I отказался принять полководца. По одной версии, на смертном одре Суворов сказал любимцу императора графу Кутайсову, приехавшему потребовать отчёта в его действиях: «Я готовлюсь отдать отчёт Богу, а о государе я теперь и думать не хочу…».
Также согласно одной из версий, к умирающему Суворову приехал граф Хвостов, бывший бездарным поэтом. Суворов сказал ему, прощаясь: «Митя, ведь ты хороший человек, не пиши стихов. А уж коли не можешь не писать, то, ради Бога, не печатай».
6 (18) мая во втором часу дня Александр Васильевич Суворов скончался по адресу Крюков канал, дом 21, город Санкт-Петербург.
Полководец был похоронен в Нижней Благовещенской церкви Александро-Невской лавры при огромном скоплении народа. На надгробной плите высечена краткая надпись: «Здесь лежит Суворов» (автор — Г. Р. Державин).
