Компьютерная программа DOCK SEARCH

В конце позапрошлого века один русский фотограф придумал, как создать портрет среднего человека. Для этого он печатал на одном позитиве изображения от большого числа совмещенных негативов. Оказывается, такая операция очень помогает выявить общие закономерности: вот в этом месте «любит» находиться донорная группа, а вот тут — акцепторная; здесь — катион, а там — объемистый углеводородный радикал. Анализ этих закономерностей позволяет составить представление о том, как устроен рецептор.

Компьютерная программа DockSearch, созданная А. С. Ивановым и В. С. Скворцовым в Институте биомедицинской химии РАМН, позволяет среди десятков тысяч органических молекул выбирать те, которые удачно «вписываются» в участок связывания субстратов на поверхности фермента. Если наложить друг на друга изображения всех отобранных молекул, получается нечто вроде гипсового слепка участка связывания. Эффективно ингибировать фермент будут, однако, только те соединения, чьи молекулы не только по форме комплементарны участку связывания, но и хорошо удерживаются на нем благодаря водородному связыванию или другим видам межмолекулярных взаимодействий.