Большое значение в осуществлении межрайонных и внутрирайонных связей имеет железнодорожный транспорт. Особенно велика роль Транссибирской магистрали (Москва — Омск — Красноярск — Иркутск — Владивосток) и ответвлений от нее: Тайшет — Братск — Усть-Кут, связавшая недавно построенный БАМ с Транссибом; Тайшет — Абакан, соединившая Южно-Сибирскую магистраль с Транссибирской; Улан-Удэ — Наушки; Борзя — Соловьёвск. Однако железнодорожная сеть развита еще слабо.
Построен западный участок БАМа: Тайшет — Братск — Лена. Для обхода тоннельного участка байкальской железной дороги построен участок дороги Иркутск — Слюдянка. На севере сооружена также дорога Дудинка — Норильск.
Железные дороги сконцентрированы на юге района и имеют преимущественно широтное направление. В меридиональном направлении (на север от Транссиба) проложены дороги Хребтовая — Усть-Илимск, Решеты — Богучаны, Ачинск — Абалаково, обеспечившие необходимые условия для строительства гидроэлектростанций и вывоза древесины.
Важное значение имеет речной транспорт (судоходен Енисей). Он удачно взаимодействует не только с железнодорожным, но и с морским транспортом, использующим Северный морской путь. Наиболее крупные порты, через которые происходит соединение речного судоходства с морским, — Диксон в Енисейском заливе, Дудинка и Игарка на Енисее.
Восточная Сибирь располагает сетью автомобильных дорог, но развита она слабо, что препятствует освоению ценных природных ресурсов. Наиболее известны Усинский тракт (Абакан — Кызыл), автомагистраль от Абазы (Хакасия) к Ак-Довураку (Тува). Нефтепроводом Восточная Сибирь связана с Западной Сибирью и Поволжьем.
Воздушное сообщение обеспечивается через аэропорты Красноярска, Абакана, Иркутска, Норильска, Братска, Черемхово, Тайшета, Усть-Илимска, Усть-Куба, Улан-Удэ, Читы, Кызыла.
