Патологоанатомические изменения не специфичны, но вместе с клиническими признаками могут представлять диагностическое значение.
Труп вскрывать следует с предосторожностью! Труп истощен, шерсть взъерошена, обильно смочена в отдельных местах слюной, кожа часто травмирована.
Цианоз или гиперемия слизистых оболочек. Иногда на слизистой оболочке ротовой полости находят язвы и эрозии. В желудке кормовых масс чаще нет, зато можно обнаружить несъедобные предметы. На слизистой оболочке множественные кровоизлияния. Отек мягкой мозговой оболочки, извилины головного мозга сглажены.
При гистологическом исследовании головного мозга в цитоплазме нейронов — тельца Бабеша-Негри, обнаруживаемые только при бешенстве, но не во всех случаях, а лишь у 70−40% животных. В одной клетке их может быть несколько, различной формы — округлые, удлиненные, плотной консистенции, устойчивы к гниению. Чем дольше продолжается болезнь, тем больше возможности их обнаружить. У взрослых животных включений больше, чем у молодых. Если животное убито в начале болезни, то тельца не находят, поэтому собак не убивают при неясных клинических признаках, а наблюдают за ними 10 дней, дают проявиться клиническим признакам. У диких животных тельца обнаруживают реже, лишь у 30% больных животных.