В Перу инквизиция была создана в 1570 г., когда туда прибыл Серван де Серецуэла. За этим, как обычно, последовала церемония утверждения инквизиции, торжественная и устрашающая одновременно, а затем — многочисленные аресты и осуждения еретиков. 15 ноября 1573 г. состоялось первое аутодафе. До этого, как и в других регионах, дела о ересях там разбирали епископы, а потому и там возникло противостояние между епископами и инквизиторами.
Серецуэла не был популярен. Из Перу постоянно поступали жалобы на его некомпетентность. В 1571 г. его заменил Антонио де Ульоа, и вскоре выяснилось, что безнравственность последнего еще хуже, чем некомпетентность его предшественника. Хотя Ульоа был, пожалуй, самым скверным из перуанских инквизиторов, его преемники тоже не отличались достоинствами. Это и понятно, учитывая, что каждый из них чувствовал себя королем на этой земле.
Основную заботу инквизиции составляли иудеи. Многие из них устремлялись в колонии, чтобы сделать себе состояние, а также в надежде избавиться от преследований в Испании. Однако они становились жертвами инквизиции. Из-за этого пострадали многие крещеные иудеи, обвиненные в возвращении к прежней вере.
В то время в Перу было много крещеных евреев, и их деятельность там давала о себе знать: они уже контролировали торговлю этой колонии. Зависть к их богатству привела к тому, что к ним привлечено было внимание инквизиции. В 1636 г. было арестовано около ста человек. Почти все они были богатыми людьми, что явилось огромным искушением для их тюремщиков.
Таким образом, преследования еретиков продолжались, и это наносило ущерб процветанию Перу. В 1813 г. инквизиция была закрыта, однако в 1814 г.- восстановлена и окончательно упразднена в 1820 г.
Число дел, проведенных инквизицией в Перу за 250 лет, было невелико, около 3000 случаев. Однако каждое дело, организованное инквизицией, вызывало страх у населения, так что, если физические страдания выпадали на долю сравнительно немногих людей, в моральном смысле никто не мог жить и чувствовать себя спокойно. Каждый мог ожидать зловещего ночного визита инквизиторов.
