Интегральные уравнения теории жидкостей в теоретическом изучении биологических макромолекул и их взаимодействий в растворах

ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Предложен новый метод, который позволяет рассчитывать структурные и термодинамические свойства сольватации макромолекул, усредненные по ее состояниям. Метод основан на включении данных о флуктуаци-ях межатомных расстояний внутри макромолекулы в уравнения RISM. Предложенный метод имеет большие перспективы для исследования макромолекул со значительной конформациопной подвижностью, таких как белки… Читать ещё >

Интегральные уравнения теории жидкостей в теоретическом изучении биологических макромолекул и их взаимодействий в растворах (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

Обзор литературы
1. Задачи и методы вычислительной молекулярной биологии
2. Интегральные уравнения теории жидкостей в биофизических задачах
3. Парная корреляционная функция и уравнение Орнштейна-Цер-нике
4. Формализм связанных силовых центров
5. Предел бесконечного растворения
6. Определение термодинамических свойств по парным корреляционным функциям
Глава 1. Численное исследование сингулярности интегральных уравнений теории жидкостей в приближении ШБМ
- 1. 1. Введение
- 1. 2. Редукция по симметрии
- 1. 3. Частный случай двухцентровых жидкостей
- 1. 4. Метод продолжения по параметру
- 1. 5. Переход к зависимости от обратной сжимаемости и температуры
- 1. 6. Схема численного интегрирования
- 1. 7. Зависимость обратной сжимаемости метана от температуры и плотности
- 1. 8. Выводы к первой главе
Глава 2. Оценки энергии Гиббса методом ШЭМ по молекулярнодинамическим траекториям
- 2. 1. Введение
- 2. 2. Уравнения гидратации макромолекулы
- 2. 3. Переход к системе нелинейных алгебраических уравнений
- 2. 4. Алгоритм численного решения дискретной системы
- 2. 5. Ослабление дальних внутримолекулярных корреляций
- 2. 6. Параллельный алгоритм
- 2. 7. Оценки энергии Гиббса пептда окситоцина в рамках континуального подхода
- 2. 8. Оценки энергии Гиббса пептида окситоцина методом RISM
- 2. 9. Выводы ко второй главе
Глава 3. Уравнения сольватации молекул, подверженных тепловому движению
- 3. 1. Введение
- 3. 2. Уравнения RISM, усредненные по конфигурациям растворенной молекулы
- 3. 3. Обрезание гистограмм внутримолекулярных корреляционных функций
- 3. 4. Гидратация пептида окситоцина по решениям усредненного уравнения RISM
- 3. 5. Выводы к третьей главе
Глава 4. Анализ связывания 4', 6-диамидино-2-фенилиндола в малом желобе ДНК
- 4. 1. Введение
- 4. 2. Процедура и параметры моделирования
- 4. 3. Свободная энергия связывания DAPI и DNA в воде
- 4. 4. Анализ корреляций различных вкладов в энергию Гиббса
- 4. 5. Выводы к четвертой главе
Глава 5. Интернет-сервис для теоретического изучения гидратации биополимеров
- 5. 1. Введение
- 5. 2. Описание работы сервиса
- 5. 3. Использование ресурса для расчета гидратации пептида ТИР-Cage
- 5. 4. Выводы к пятой главе

Актуальность темы

исследования. В компьютерных исследованиях мезоскопических систем актуальной задачей является развитие методов учета растворителя, которые позволяют избавиться от имитационного моделирования динамики большого числа молекул растворителя, опираясь на теоретические знания об их поведении в целом.

Континуальные модели растворителя, которые широко используются в настоящее время, имеют принципиальные ограничения, которые нельзя не учитывать в биофизических задачах. Прежде всего, неполярные взаимодействия моделируются самым грубым образом. Во-вторых, равновесная микроструктура растворителя вокруг молекулы растворенного вещества, вызванная его корпускулярной природой, упаковкой и водородными связями, приводит к возникновению важных эффектов, которые игнорируются в рамках электростатических непрерывных сред.

Сольватная оболочка биологических молекул играет ключевую роль в стабилизации их структуры и в их нековалснтных взаимодействиях. Интегральные уравнения теории жидкостей, полученные в статистической теории из распределения Гиббса, могут обеспечить строгую основу для включения в описание сольватации гидрофобных и энтропийных эффектов, вызванных корпускулярной структурой растворителя. В то же время в отличие от методов имитационного моделирования они описывают систему в термодинамическом пределе и избавлены от проблем сходимости, возникающих при численном вычислении конфигурационного интеграла.

Важный класс интегральных уравнений, описывающих равновесную структуру молекулярных жидкостей в терминах атом-атом парных корреляционных функций, предложили Чандлер и Андерсон в 1972 году. Эти уравнения основаны на модели связанных силовых центров (RISM, от англ. Reference Interaction Site Model).

Цели и задачи диссертационной работы. Цель работы заключается в исследовании особенностей модели связанных силовых центров при описании структуры и термодинамики сольватации биологических макромолекул и в создании методики учета растворителя на основе интегральных уравнений теории жидкостей.

Были поставлены следующие задачи:

1. Выполнить параметрический анализ уравнений ШЭМ для плотного метана и провести сравнение поведения системы при использовании различных уравнений замыкания.

2. Разработать высокопроизводительные параллельные алгоритмы и вычислительные программы для поиска решений уравнении ШЭМ в пределе бесконечного растворения для расчета гидратации макромолекул, содержащих десятки тысяч атомов.

3. Сравнить метод ШБМ и континуальные подходы в задаче анализа термодинамики трех модельных состояний пептида окситоципа.

4. Сравнить решения усредненных по выборке из канонического ансамбля уравнения ШБМ и усредненных решений жестких уравнений ШБМ для каждого состояния из этой выборки.

5. Выполнить анализ термодинамики связывания 4', 6-диампдино-2-фенил-индола в малом желобе ДНК с целью выявить энергетически предпочтительный сайт связывания.

6. Выполнить сравнение различных выражений функционала избыточного химического потенциала с целью определить те, которые наилучшим образом описывают термодинамику растворения биологических молекул.

7. Разработать вычислительно-информационный Интернет-сервис для теоретического изучения гидратации биологических макромолекул.

Научная новизна. Предложены новые алгоритмы, позволившие решать уравнения ШБМ для множества мгновенных состояний биологической макромолекулы, состоящей из тысяч атомов. Алгоритмы реализованы в виде компьютерных программ и Интернет-сервиса.

Модель связанных силовых центров впервые применена для учета влияния растворителя в задаче о нековалентном связывании в растворе биологической молекулы (ДНК) и активного вещества (4', 6-диамидино-2-фенилиндола) и показано преимущество интегральных уравнений перед континуальными подходами.

Впервые показано, что эффекты сольватации и термодинамику макромолекул можно описать с помощью уравнений ШБМ с усредненными по состояниям макромолекулы внутримолекулярными корреляционными функциями.

Впервые выполнен параметрический анализ уравнений ШБМ.

Теоретическая и практическая значимость. Результаты, изложенные в диссертации, могут быть использованы для дальнейшего развития методов моделирования растворителя в задачах вычислительной молекулярной биологии и биофизики.

Предложенные в диссертации методы и вычислительные программы могут применяться в задачах фармакологии для рациональной разработки лекарств и в задачах вычислительной молекулярной биологии и биофизики для учета растворителя в моделях молекулярных биологических систем.

Разработанными вычислительными программами можно пользоваться через вычислительно-информационный Интернет-сервис, который позволяет найти решения уравнении ШБМ для любой молекулы и ознакомиться с результатами, представленными в наглядном виде. Сервис доступен через глобальную сеть Интернет по адресу http://www.rismproteins.org/online.html.

Методология и методы исследования. В работе использованы методы статистической физики, вычислительной молекулярной биофизики, вычислительной математики, теории алгоритмов и математической статистики.

Положения, выносимые на защиту:

1. Уравнения RISM позволяют учесть влияние растворителя на нековалент-ное связывание биологически активного вещества и макромолекулы точнее континуальных подходов, что в некоторых случаях может быть существенно.

2. Оценка химического потенциала на основе численного термодинамического интегрирования решении уравнений с отталкивательной поправкой мостикового функционала наилучшим образом описывает термодинамику растворения пептидов.

3. Уравнения RISM с использованием усредненных по выборке состояний макромолекулы внутримолекулярных корреляционных функций позволяют получить термодинамические характеристики сольватации макромолекул, подверженных температурному движению.

4. Частично-линеаризованное гиперцепное приближение качественно описывает поведение изотермической сжимаемости и обеспечивает однозначность решений, что позволяет использовать его для моделирования сольватации макромолекул.

Степень достоверности и апробация результатов. Основные результаты диссертации докладывались на следующих конференциях: 4th International Symposium on Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources (Moscow, Russia, 2007) — 40th International School of crystallography (Erice, Italy, 2008) — 2-я и 3-я Международная конференция «Математическая биология и бионформатика» (Пущино, Россия, 2008, 2009) — 9-я, 10-я, 11-я Пущинская международная школа-конференция молодых ученых (Пущино, Россия, 2005, 2006, 2007).

Исследование выполнено при финансовой поддержке РФФИ.

Проект № 12−07−31 085-мола «Система моделирования гидратации биологических макромолекул с учетом их конфигурационной подвижности» в 2012;2013 гг.

Проект № 10−07−112—а «Система сунеркомпьютерной поддержки научных исследований Пугцинского научного центра РАН по физико-химической биологии и нанобиоэлектронике» в 2010;2012 гг.

Публикации. Материалы диссертации опубликованы в 15 печатных работах, из них 6 статей в рецензируемых журналах [1−6] и 9 тезисов докладов.

Личный вклад автора. Представленные в диссертации результаты получены лично соискателем.

Структура и объем диссертации

Диссертация состоит из введения, обзора литературы, 5 глав, заключения, списка сокращений и условных обозначений и библиографии. Общий объем диссертации 123 страницы, из них 102 страницы текста, включая 30 рисунков и 7 таблиц. Библиография включает 113 наименований на 15 страницах.

5.4. Выводы к пятой главе.

Разработан новый расчетный онлайн-ресурс для теоретического изучения методом ШБМ микроструктуры воды вокруг макромолекул и термодинамики растворения биологических молекул. Сервис может быть использован как непосредственно для изучения гидратации молекул и накопления данных, так и для ознакомления с методом ШБМ.

Результаты пятой главы опубликованы в работах [1, 112, 113].

Заключение

В диссертационной работе проведено исследование модели связанных силовых центров и предложена методика учета влияния растворителя на биологические макромолекулы и их взаимодействия в растворах, основанная на интегральных уравнениях теории жидкостей. Методика позволяет рассчитывать структурные и термодинамические свойства сольватации макромолекул, которым характерна значительная конфигурационная подвижность. Основные результаты и выводы, полученные в работе:

1. Впервые выполнен параметрический анализ уравнений RISM и найдены точки бифуркации решений для различных замыканий на примере молекулы метана. Показано, что наиболее стабильным является частичпо-линеаризованное гиперцепное замыкание, что позволяет выбрать его для изучения макромолекул в растворе.

2. Показано, что химический потенциал пептида окситоцина в методе RISM полученный путем термодинамического интегрирования с учетом оттал-кивательной поправки наилучшим образом согласуется с феноменологической моделью, параметризованной по расчетам малых пептидов.

3. Предложен новый метод, который позволяет рассчитывать структурные и термодинамические свойства сольватации макромолекул, усредненные по ее состояниям. Метод основан на включении данных о флуктуаци-ях межатомных расстояний внутри макромолекулы в уравнения RISM. Предложенный метод имеет большие перспективы для исследования макромолекул со значительной конформациопной подвижностью, таких как белки, так как позволяет работать с единственным решением усредненных уравнений.

4. Интегральные уравнения теории жидкостей впервые применены для изучения термодинамики связывания биологически активного вещества (4', 6—диамидино-2-фенилиндола) с макромолекулой (ДНК). Уравнения ШЭМ позволили учесть влияние растворителя точнее континуальных подходов и получить наименьшее значение свободной энергии для наблюдаемого в эксперименте места связывания.

5. Предложены параллельные алгоритмы решения уравнений ШБМ большой размерности, использующие физико-химические особенности макромолекул и сочетающие численные методы, эффективно работающие в разных интервалах пространственной размерности. Алгоритмы реализованы в виде вычислительных программ и Интернет-сервиса.

Список сокращений и условных обозначений.

BPTI трипсин поджелудочной железы быка.

DAPI 4', 6-диамидино-2-фенилиндол, флюорохром.

GB обобщенная формула Борна.

HNC гиперцепное замыкание, от англ. Hypernetted chain.

M M/G BSA метод оценки энергии Гиббса растворенной молекулы в виде суммы молекулярно-механической энергии, электростатического взаимодействия с растворителем по обобщенной формуле Борна (4) и энергии неполярных взаимодействий по методу доступной растворителю площади поверхности (2).

MM/GBSA метод оценки энергии Гиббса растворенной молекулы в виде суммы молекулярно-механической энергии, электростатического взаимодействия с растворителем по методу Пуассона-Больцмана (3) и энергии неполярных взаимодействий по методу доступной растворителю площади поверхности (2).

MS, А среднесферическое приближение, от англ. Mean spherical approximation.

РВ уравнение Пуассона-Больцмана.

PLHNC частично линеаризованное гиперцепное замыкание, от англ. Partial-Linearized Hypernetted Chain.

PY замыкание Перкуса-Йевика.

RBC отталкивательная поправка уравнения замыкания, от англ.

Repulsive Bridge Correction.

SASA.

SSOZ.

TPT.

WCA xRISM.

ББГКИ.

БД ДНК МД ЯМР модель связанных силовых центров, от англ. Reference Interaction Site Model доступная растворителю площадь поверхности, от англ. Solvent-Accessible Surface Area атом-атомное уравнение Орнштейна-Цернике, от англ. Site-Site Ornshtein-Zernike equation термодинамическая теория возмущений, от англ. Termodynamic Perturbaion Theory потенциал Викса-Чандлера-Андерсона доопределенная модель связанных силовых центров, от англ. extended RISM бесконечная цепочка интегро-дифференциальных уравнений Боголюбова-Борна-Грина-Кирквуда-Ивона база данных дезоксирибонуклеиновая кислота молекулярная динамика ядерный магнитный резонанс.

Показать весь текст

Список литературы

Sobolev Е. V., Sobolev О. V., Tikhonov D. A. Online resource for theoretical study of hydration of biopolymers // SAR and QSAR in Environmental Research. 2008. Vol. 19, no. 3−4. R 303−315.
Тихонов Д. А., Соболев E. В. Оценки энергии Гиббса гидратации по молекулярно-динамическим траекториям методом интегральных уравнений теории жидкостей в приближении RISM // Журнал физической химии. 2011. Т. 85, № 3. С. 1−7.
Соболев Е. В., Тихонов Д. А. Численное исследование сингулярности интегральных уравнений теории жидкостей в приближении RISM // Компьютерные исследования и моделирование. 2010. Т. 2, № 1. С. 51−62.
Тихонов Д. А., Соболев Е. В. Усредненный по молекулярным траекториям метод интегральных уравнений в приближении RISM // Математическая биология и биоинформатика. 2010. Т. 5, № 2. С. 188−201.
Тихонов Д. А., Соболев Е. В. Метод псевдосредних функций в теории RISM. Температурная зависимость гидратации пептида окситоцина // Математическая биология и биоинформатика. 2010. Т. 5, № 2. С. 202−214.
McCammon J. А., Gelin В. R., Karplus М. Dynamics of folded proteins // Nature. 1977. Vol. 267. P. 585−590.
Alder B. J., Wainwright T. E. Phase Transition for a Hard Sphere System // The Journal of Chemical Physics. 1957. Vol. 27, no. 5. P. 1208−1209.
Metropolis N., Rosenbluth A. W., Rosenbluth M. N. et al. Equation of State Calculations by Fast Computing Machines // The Journal of Chemical Physics. 1953. Vol. 21, no. 6. P. 1087−1092.
Kirkwood J. G. Statistical Mechanics of Fluid Mixtures // Journal of Chemical Physics. 1935. Vol. 3, no. 5. P. 300−313.
Lee B., Richards F. The interpretation of protein structures: Estimation of static accessibility // Journal of Molecular Biology. 1971. Vol. 55, no. 3. P. 379 IN4.
Tanford C. Interfacial free energy and the hydrophobic effect // Proceedings of the National Academy of Sciences. 1979. Vol. 76, no. 9. P. 4175−4176.
Simonson T., Bruenger A. T. Solvation Free Energies Estimated from Macroscopic Continuum Theory: An Accuracy Assessment // The Journal of Physical Chemistry. 1994. Vol. 98, no. 17. P. 4683−4694.
Born M. Volume and heat of hydration of ions // Z. Phys. 1920. Vol. 1. P. 45.
Kirkwood J. G. Theory of Solutions of Molecules Containing Widely Separated Charges with Special Application to Zwitterions // The Journal of Chemical Physics. 1934. Vol. 2, no. 7. P. 351−361.
Onsager L. Electric A4oments of Molecules in Liquids // Journal of the American Chemical Society. 1936. Vol. 58, no. 8. P. 1486−1493.
Honig B., Sharp K., Yang A. S. Macroscopic models of aqueous solutions: biological and chemical applications // The Journal of Physical Chemistry. 1993. Vol. 97, no. 6. P. 1101−1109.
Still W. C., Tempczyk A., Hawley R. C., Hendrickson T. Semianalytical treatment of solvation for molecular mechanics and dynamics // Journal of the American Chemical Society. 1990. Vol. 112, no. 16. P. 6127−6129.
Onufriev A., Bashford D., Case D. A. Modification of the Generalized Born Model Suitable for Macromolecules // The Journal of Physical Chemistry B. 2000. Vol. 104, no. 15. P. 3712−3720.
Chandler D., Andersen II. C. Optimized Cluster Expansions for Classical Fluids. II. Theory of Molecular Liquids // Journal of Chemical Physics. 1972. Vol. 57, no. 5. P. 1930−1937.
Pettitt B. M., Karplus M. The potential of mean force surface for the alanine dipeptidc in aqueous solution: a theoretical approach // Chemical Physics Letters. 1985. Vol. 121, no. 3. P. 194 201.
Pettitt B. M., Karplus M. The structure of water surrounding a peptide: a theoretical approach // Chemical Physics Letters. 1987. Vol. 136, no. 5. P. 383 386.
Lau W. F., Montgomery Pettitt B. Conformations of the glycine dipeptide // Biopolymers. 1987. Vol. 26, no. 11. P. 1817−1831.
Kitao A., Hirata F., Go N. Effects of solvent on the conformation and the collective motions of a protein. 3. Free energy analysis by the extended RISM theory // The Journal of Physical Chemistry. 1993. Vol. 97, no. 39. P. 10 231−10 235.
Svensson B., Woodward C. E. Integral Equation Theory for Proteins: Application to Ca2+ Binding in Calbindin D9k // The Journal of Physical Chemistry. 1995. Vol. 99, no. 5. P. 1614−1618.
Kinoshita M., Okamoto Y., Hirata F. Solvation structure and stability of peptides in aqueous solutions analyzed by the reference interaction site model theory // The Journal of Chemical Physics. 1997. Vol. 107, no. 5. P. 1586−1599.
Тихонов Д. А., Полозов Г. В., Горелов А. В. и др. Гидратация фрагмента дуплекса В-формы ДНК: Метод интегральных уравнений теории жидкостей // Биофизика. 1997. Т. 42, № 5. С. 1083−1095.
Тихонов Д. Л. Метод интегральных уравнений теории жидкости для изучения гидратации макромолекул // Компьютеры и суперкомпьютеры в биологии, Под ред. В. Д. Лахно, М. П. Устинин. Москва-Ижевск: Институт компьютерных исследований, 2002. С. 209−233.
Тихонов Д. А., Полозов Г. В., Горелов А. В. и др. Интегральные уравнения теории жидкостей в изучении гидратации макромолекул // Биофизика. 1997. Т. 42, № 5. С. 1071 -1081.
Тихонов Д. А., Павлышев С. В., Павлов А. Н. Гидратационный микроскоп. Интернет-ресурс для визуализации микроскопической структуры гидратации макромолекул // Биомедицинская химия. 2004. Т. 50, № Приложение 1. С. 158−162.
Kinoshita М., Okamoto Y., Hirata F. First-Principle Determination of Peptide Conformations in Solvents:? Combination of Monte Carlo Simulated Annealing and RISM Theory // Journal of the American Chemical Society. 1998. Vol. 120, no. 8. P. 1855−1863.
Kinoshita M., Okamoto Y., Hirata F. Peptide Conformations in Alcohol and Water:? Analyses by the Reference Interaction Site Model Theory // Journal of the American Chemical Society. 2000. Vol. 122, no. 12. P. 2773−2779.
Kinoshita M., Okamoto Y., Hirata F. Solvent effects on conformational stability of peptides: RISM analyses // Journal of Molecular Liquids. 2001. Vol. 90, no. 1−3. P. 195 204.
Ornstein L. S., Zernike F. Accidental deviations of density and opalescence at the critical point of a single substance // Proc. Acad. Sci. Amsterdam. 1914. Vol. 17. P. 793−806.
Chandler D. Cluster diagrammatic analysis of the RISM equation // Molecular Physics. 1976. Vol. 31, no. 4. P. 1213−1223.
Ladanyi B. M., Chandler D. New type of cluster theory for molecular fluids: Interaction site cluster expansion // Journal of Chemical Physics. 1975. Vol. 61, no. 11. P. 4308−4324.
Cummings P. T., Gray C. G., Sullivan D. E. // Journal of Physics. 1981. Vol. A14. P. 1483.
Chandler D. Derivation of an integral equation for pair correlation functions in molecular fluids // Journal of Chemical Physics. 1973. Vol. 59, no. 5. P. 2742−2746.
Lowden L. J., Chandler D. Solution of a new integral equation for pair correlation functions in molecular liquids // Journal of Chemical Physics. 1973. Vol. 59, no. 12. P. 6587 6595.
Cummings P., Stell G. Interaction site models for molecular fluids // Molecular Physics. 1982. Vol. 46, no. 2. P. 383−426.
Kojima K., Arakawa K. Computation of the Correlation Functions for Fluids Composed of Diatomic Molecules by Means of the Method of Integral Equations // Bulletin of the Chemical Society of Japan. 1978. Vol. 51, no. 7. P. 1977−1981.
Johnson E., Hazoume R. P. Application of the RISM theory to Lennard-Jones interaction site molecular fluids // Chemical Physics Letters. 1979. Vol. 70, no. 4. P. 1599−1601.
Monson P. A. Numerical solution of the RISM equations for the site-site 12−6 potential // Molecular Physics. 1982. Vol. 47, no. 2. P. 435−442.
Hirata F., Rossky P. J. An extended rism equation for molecular polar fluids // Chemical Physics Letters. 1981. Vol. 83, no. 2. P. 329−334.
Hirata F., Pettitt B. M., Rossky P. J. Application of an extended RISM equation to dipolar and quadrupolar fluids // Journal of Chemical Physics. 1982. Vol. 77, no. 1. P. 509−520.
Morriss G., Perram J. Polar hard dumb-bells and a RISM model for water // Molecular Physics. 1981. Vol. 43, no. 3. P. 669−684.
Kovalenko A., Hirata F. Self-consistent description of a metal-water interface by the Kohn-Sham density functional theory and the three-dimensional reference interaction site model // Journal of Chemical Physics. 1999. Vol. 110, no. 20. P. 10 095−10 112.
Kovalenko A., Hirata F. First-principles realization of a van der Waals-Maxwell theory for water // Chemical Physics Letters. 2001. Vol. 349, no. 5−6. P. 496−502.
Pratt L. R., Chandler D. Theory of the hydrophobic effect // Journal of Chemical Physics. 1977. Vol. 67, no. 8. P. 3683−3704.
Hirata F., Rossky P. J., Pettitt B. M. The interionic potential of mean force in a molecular polar solvent from an extended RISM equation // Journal of Chemical Physics. 1983. Vol. 78, no. 6. P. 4133−4144.
Lombardero M., Enciso E. A «RISM» theory for multicomponent molecular fluids // Journal of Chemical Physics. 1981. Vol. 74, no. 2. P. 1357−1366.
Chiles R. A., Rossky P. J. Evaluation of reaction free energy surfaces in aqueous solution: an integral equation approach // Journal of the American Chemical Society. 1984. Vol. 106, no. 22. P. 6867−6868.
Chandler D., Singh Y., Richardson D. M. Excess electrons in simple fluids. I. General equilibrium theory for classical hard sphere solvents // Journal of Chemical Physics. 1984. Vol. 81, no. 4. P. 1975−1982.
Singer S. J., Chandler D. Free energy functions in the extended RISM approximation // Molecular Physics. 1985. Vol. 55, no. 3. P. 621−625.
Morita T., Hiroike K. A New Approach to the Theory of Classical Fluids. I // Progress of Theoretical Physics. 1960. Vol. 23, no. 6. P. 1003−1027.
Zichi D. A., Rossky P. J. Molecular conformational equilibria in liquids // Journal of Chemical Physics. 1986. Vol. 84, no. 3. P. 1712−1723.
Weeks J. D., Chandler D., Andersen H. C. Role of Repulsive Forces in Determining the Equilibrium Structure of Simple Liquids // Journal of Chemical Physics. 1971. Vol. 54, no. 12. P. 5237−5247.
Weeks J. D., Chandler D., Andersen H. C. Perturbation Theory of the Thermodynamic Properties of Simple Liquids // Journal of Chemical Physics. 1971. Vol. 55, no. 11. P. 5422−5423.
Ten-no S., Iwata S. On the connection between the reference interaction site model integral equation theory and the partial wave expansion of the molecular Ornstcin-Zernike equation // Journal of Chemical Physics. 1999. Vol. Ill, no. 11. P. 4865−4868.
Ten-no S. Free energy of solvation for the reference interaction site model: Critical comparison of expressions // Journal of Chemical Physics. 2001. Vol. 115, no. 8. P. 3724−3731.
Aviram I., Tildesley D., Streett W. The virial pressure in a fluid of hard polyatomic molecules // Molecular Physics. 1977. Vol. 34, no. 3. P. 881−885.
Tildesley D., Streett W., Wilson D. The spherical harmonic formalism for the thermodynamic properties of molecular fluids // Chemical Physics. 1979. Vol. 36, no. 1. P. 63 72.
Д.А.Тихонов, Г. Н. Саркисов. Особенности решения уравнения Орн-штейна-Цернике в переходной области газ-жидкость // Журнал физической химии. 2000. Т. 74, № 3. С. 552−559.
Pettitt В. М., Rossky P. J. Integral equation predictions of liquid state structure for waterlike intermolecular potentials // The Journal of Chemical Physics. 1982. Vol. 77, no. 3. P. 1451−1457.
Давиденко Д. Ф. О новом методе численного решения систем нелинейных уравнений // Доклады АН СССР. 1953. Т. 88. С. 601−602.
Bcrtagnolli H., Hausleithner I., Steinhauser О. Symmetry reduction of the RISM equation // Chemical Physics Letters. 1985. Vol. 116, no. 6. P. 465 -470.
Williams D. E. Nonbonded Potential Parameters Derived from Crystalline Hydrocarbons // The Journal of Chemical Physics. 1967. Vol. 47, no. 11. P. 4680−4684.
Frigo M., Johnson S. The Design and Implementation of FFTW3 // Proceedings of the IEEE. 2005, feb. Vol. 93, no. 2. P. 216 231.
Gillan М. A new method of solving the liquid structure integral equations // Molecular Physics. 1979. Vol. 38, no. 6. P. 1781−1794.
Case D. A., Cheatham Т. E., Darden T. et al. The Amber biomolecular simulation programs // Journal of Computational Chemistry. 2005. Vol. 26, no. 16. P. 1668−1688.
Kerrigan J. E. AMBER 11.0 Introductory Tutorial.
Pratt L. R., Chandler D. Effective intramolecular potentials for molecular bromine in argon. Comparison of theory with simulation // The Journal of Chemical Physics. 1980. Vol. 72, no. 7. P. 4045−4048.
Freasier В., Jolly D., Hamer N., Nordholm S. Effective vibrational potentials of bromine in argon. Monte Carlo simulation in a mixed ensemble // Chemical Physics. 1979. Vol. 38, no. 3. P. 293 300.
Larsen T. A., Goodsell D. S., Cascio D. et al. The structure of DAPI bound to DNA // Journal of biomolecular structure h dynamics. 1989. Vol. 7, no. 3. P. 477−491.
Vlieghe D., Sponer J., Meervclt L. V. Crystal Structure of d (GGCCAATTGG) Complexed with DAPI Reveals Novel Binding Modef // Biochemistry. 1999. Vol. 38, no. 50. P. 16 443−16 451.
Trotta E., D’Ambrosio E., Ravagnan G., Paci M. Simultaneous and Different Binding Mechanisms of 4?, 6-Diamidino-2-phenylindole to DNA Hexamer (d (CGATCG))2 // Journal of Biological Chemistry. 1996. Vol. 271, no. 44. P. 27 608−27 614.
Wilson W. D., Tanious F. A., Barton H. J. et al. The interaction of unfused polyaromatic heterocyclcs with DNA: intercalation // Anticancer Drug Design.
Cornell W. D., Cieplak P., Bayly С. I. et al. A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules // Journal of the American Chemical Society. 1995. Vol. 117, no. 19. P. 5179−5197.
Jorgenscn W. L., Chandrasekhar J., Madura J. D. et al. Comparison of simple potential functions for simulating liquid water // The Journal of Chemical Physics. 1983. Vol. 79, no. 2. P. 926−935.
Gordon J. С., Myers J. В., Folta Т. et al. H++: a server for estimating pKas and adding missing hydrogens to macromolecules // Nucleic Acids Research. 2005. Vol. 33, no. suppl 2. P. W368-W371.
Vricnd G. WHAT IF: A molecular modeling and drug design program // Journal of Molecular Graphics. 1990. Vol. 8, no. 1. P. 52 56.
Mcwilliam H., Valentin F., Goujon M. et al. Web services at the European Bioinformatics Institute-2009 // Nucleic Acids Research. 2009. Vol. 37, no. suppl 2. P. W6-W10.
Berendsen H. J. C., Postma J. P. M., von Gunsteren W. F., Hermans J. Interaction models for water in relation to protein hydration // Intermodular Forces, Ed. by B. Pullman. Netherlands: Springer, 1981. P. 331−342.
Berendsen H. J. C., Grigera J. R., Straatsma T. P. The missing term in effective pair potentials // The Journal of Physical Chemistry. 1987. Vol. 91, no. 24. P. 6269−6271.
Zorn W. JavaScript Vector Graphics Library.
Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D.
Simmerling C., Strockbine B., Roitberg A. E. All-Atom Structure Prediction and Folding Simulations of a Stable Protein // Journal of the American Chemical Society. 2002. Vol. 124, no. 38. P. 11 258−11 259.
Walker R. Case Study: All Atom Structure Prediction and Folding Simulations of a Stable Protein (Folding Trp-Cage Peptide), 2005.
Sobolev E. V., Sobolev O. V., Tikhonov D. A. Online resource for theoretical study of hydration of biopolymers // Fourth International Symposium on
Computational Methods in Toxicology and Pharmacology Integrating Internet Resources. Book of Abstracts. Moscow: 2007. — September 1−5. P. 180.

Заполнить форму текущей работой