Изучение полиморфизма ДНК у видов рода Aegilops L., произрастающих в различных природно-климатических условиях Таджикистана
Диссертация
Микросателлитный анализ показал, что количество ПЦР фрагментов у использованных преймеров на один маркер варьировало от 1 до 20. В некоторых вариантах встречается только один ПЦР фрагмент— мономорфный. Иногда у одного образца выявлялись более чем один фрагмент, что можно объяснить наличием внутривидовой гетерогенности. Данные БЭЯ—анализа показали, что каждый вид обладал характерными… Читать ещё >
Список литературы
- Алтухов Ю.П. Генетические процессы в популяциях. Москва. Наука. 1989.
- Вавилов Н. И. Мировые растительные ресурсы и их использование в селекции // Изб. тр. Москва. Ленинград. Т. 3. 1962.
- Васильева JI.A. Биологическая статистика (Избр. гл.). Новосибирск. 2000.С. 40−43.
- Горюнова C.B., Кочиева Е. З., Чикида H.H., Пухальский В.А. RAPD-анализ внутривидовой изменчивости и филогенетических связей видов Aegilops L. с D- геномом, содержащих D-геном // Генетика 2004. Т. 40, № 5. С. 642−651.
- Гвоздев В.А. Изменчивость гетероароматических районов генома эукариот в связи с их биологической ролью // Мол. биология. 1993. Т. 27(6). С. 1205−1217.
- Гончаров Н.П. Сравнительная генетика пшеницы и их сородичей. Новосибирск: Сиб. унив. изд-во. 2002.
- Гречко В.В. Молекулярные маркеры ДНК в изучении филогении и систематики //Генетика. 2002. Т. 38(8). С. 1013−1025.
- Гиляров А. М. Мнимые и действительные проблемы биоразнообразия // Успехи современной биологии. 1996. Т.116, №.4. С. 493−506.
- Гостимский С.А., Кокаева З. Г., Боброва В. К. Использование молекулярных маркеров для анализа генома растений // Генетика. 1999. Т.35, № 11. С. 1538.
- Гулов М.К., Хурматов Х. Х., Наймов С., Насырова Ф. Ю. Использование SSR-маркеров для выявления полиморфизма генома Aegilops tauschii // Мат. респ. конф. Адаптационные аспекты функционирования живых систем. Душанбе. 2007. С. 44−46.
- Дорофеев В.Ф., Мигушова Э. Ф. Ботаническое разнообразие Aegilops L. Закавказья // Тр. по прикл. бот. ген. и селек. 1966 Т. 38, № 2. С. 152−158.
- Дрейпер Дж., Скотт Р., Армитидж Ф., Уолден Р. // Генная инженерия растений. Москва. Мир. 1991. С. 245−248.
- Долгушин Д.А. Мировая коллекция пшеницы на фоне яровизации. Москва. 1935.
- Жимулев И.Ф. Общая и молекулярная генетика. Новосибирск: Сиб. ун-та изд-во. 2002. С. 73.
- Зеленин A.B., Бадаева Е. Д., Муравенко О. В. Введение в геномику растений // Молекулярная биология. 2001. Т.35, № 3. С. 339−348
- Конарев В.Г. Белки пшеницы. М.: Колос. 1980. С. 350.
- Каминская JI.H., Корень JI.B., Леонова И. Н., Адонина И. Г., Хотылева JI.B., Салина Е. А. Создание линий тритикале, маркированных Vrn-генами и их молекулярно-генетический анализ // Вестник ВОГ и С. 2005. Т 9, № 4. С. 481−489.
- Корень Л.В., Каминская Л. Н., Хатылева Л. В. Цитологическое исследование пшенично-ржаных амфиплоидов с включением Vrn-генов. // Докл. АН Беларуси. 1998. Т.42, № 2. С. 79−84.
- Кудрявцев A.M., Мартынов С. П., Броджио М., Пухальский В. А. Оценка правомерности использования RAPD- анализа для выявления филогенетических связей между сортами яровой твердой пшеницы (Т. Durum Desf.) //Генетика. 2003. Т.39, № 9. С. 1237−1246.
- Картель H.A., Макеева E.H., Мезенко A.M. Генетика. Энциклопедический словарь. Минск: Технология. 1999. С. 90.
- Костюченко М.В., Удина И. Г., Зайцев A.M., Храброва Л. А., Сулимова Г. Е. Изучение генетического разнообразия пород лошадей отечественнойселекции на основе RAPD-PCR и микросателлитных маркеров // Сельскохозяйственная биология. 2001. № 6. С.29−34.
- Мазин A.B., КузнеделовК.Д., Краев A.C. Методы молекулярной генетики и генной инженерии // Новосибирск: Наука, 1990. С. 248.
- Малышев C.B., Картель H.A. Молекулярные маркеры в генетическом картировании растений // Молекулярная биология. 1997. Т. 31(2). С. 197 208.
- Майстренко О. И. Ефремова Т. Т., Салина Е. А., Шумный В. К. Открытие и изучение не проявления гена ярового образа жизни ржи Spl в линиях с чужеродным замещением хромосомы 5R (5А) // Докл. РАН. 1998. Т. 360, № 4. С. 574−576.
- Мигушева Э.Ф. К вопросу о происхождении геномов пшеницы // Тр. по прикл. бот. ген. и сел. 1975. Т.55, № 3. С. 3−26.
- Мартынов С.П., Добротворская Т. В. Анализ генетического разнообразия пшеницы с помощью Информационно-аналитической системы генетических GRIS //Генетика. 2000. Т. 36, № 2. С. 195−202.
- Флора Таджикской ССР. Названия видов Aegilops L. и их характеристика //Москва-Ленинград. 1957. Т 1.
- Наймов С., Касымова. Г. Ф., Нигмонов М. Морфобиологическое и биохимическое разнообразие видов Эгилопс, произрастающих в разных экологических условиях Таджикистана // Тезисы докладов. Душанбе. 2002. С. 126−127.
- Наймов С., Каримов С., Нигмонов М., Луис Е. У. Оссес. Испытание сортообразцов пшеницы в высокогорной зоне Таджикистана // Вестник региональной сети по внедрению сортов пшеницы и семеноводству, Алматы. 2002. № 2 (03). С. 42−46.
- Наймов С., Касымова Г. Ф., Нигмонов М., Каримов Х. Х. Сбор и характеристика видов Aegilops L. Флоры Таджикистана // The 3 rdinternational IRAN and Russia conference // Agriculture and Natural Resources. Moscow. 2002. P. 27−28.
- Наймов С., Каримов X.X. Солеустойчивость зерновых злаков трибы Triticeae Dumort флоры Таджикистана // Мат. Республ. конф. по зерновым и зернобобовым культурам. Душанбе. 2004. С. 23−24.
- Иванец Т.А. Использование ПЦР метода // Мат. Региональной научно-практической конференцию МЦ «Асклепий». Владивосток. 2000.
- Овчинников П.Н. О некоторых направлениях в классификации растительности Средней Азии // Изв. Отд. естеств. Наук АН ТаджССР, 1957.
- Салина Е.А., Песцова Е. Г., Вершинин A.B. «Spelt-1» новое семейство тандемных повторов злаков // Генетика. 1997. Т. 33 (4). С. 437−442.
- Салина Е. А., Леонова И. Н., Родер М. Микросателлиты пшеницы перспективы использования для картирования генов и анализа реконструированных геномов // Физиология растений. 2001. Т.48. С. 441 446.
- Стельмах А. Ф. Наследование и генетическая роль различий по типу и скорости развития у мягкой пшеницы. Автореферат дисс. д-ра биол. наук Москва, 1987.
- Сергеев Д.А., Хурматов Х. Х., Наймов С. Н., Насырова Ф. Ю. Применение микросателлитного анализа в изучении полиморфизма ДНК культурныхзлаков // Мат. респ. конф. Адаптационные аспекты функционирования живых систем. Душанбе. 2007. С. 120−122.
- Сергеев Д.А., Гулов М. К., Хурматов Х. Х., Насырова Ф. Ю. Применение ДНК маркеров в изучении генома злаковых культур, произрастающих в Таджикистане // Мат. конф. молодых ученых АН РТ Душанбе. 2007. С. 121.
- Созинов A.A. Полиморфизм белков и его знание в генетике и селекции // Москва. Наука, 1985. С. 272
- Тютерев С. JL, Чимелева З. В., Мойса И. И., Дорофеев В. Ф. Изучение содержания белка и незаменимых аминокислот в зерне видов пшеницы и ее диких сородичей // Тр. по прикл. бот. ген. и сел. 1973. Т.52, № 1. С. 222 241.
- Хлесткина Е., Салина Е. А., Леонова И. Использование RAPD и STS анализа для маркирования генов 5 гомеологической группы хромосом мягкой пшеницы // Генетика. 1999. Т.35, № 8. С. 1−9.
- Хлёсткина Е., Салина Е., Леонова И., Лайкова Л. И., Коваль С. Ф. Использование RAPD и STS анализ для маркирования генов 5 гомеологической группы хромосом мягкой пшеницы // Генетика. 1999. Т. 35. С.1349−1357.
- Флейвелл Р. Амплификация, делеция и перегруппировка последовательностей: основные источники изменчивости в процессе дивергенции видов // Эволюция генома. Москва. Мир, 1986. С. 291−311.
- Хурматов Х.Х., Сергеев Д. А., Салина Е. А., Хлесткина Е. К., Насырова Ф. Ю., Алиев К.А. RAPD и SNP-анализ генома пшеницы и диких сородичей зерновых злаков Таджикистана // Изв. АН РТ. Отд. биол. и мед. наук. 2006. № 1 (154) С. 18−24.
- X. X. Хурматов, Д. А. Сергеев, Е. К. Хлёсткина, Е. А. Салина, Ф. Ю. Насырова, К. А. Алиев «Анализ генома пшеницы и диких сородичей зерновых злаков Таджикистана с помощью молекулярных маркеров // Депонировании рукопись № 242. Душанбе. 2006.
- Цвел ев Н. Н. Злаки СССР. Л.: Наука, 1976.
- Цвелев Н.Н. Система злаков (Роасеае) и их эволюция // Комаровские чтения. Л.: Наука, 1987. С. 75.
- Akkaya M.S., Bhagwat А.А., Cregan P.B. Length polymorphism of simple sequence repeat DNA in soybean // Genetics 1992. P. 1131−1139
- Anamthawat-Jonsson K., Heslop-Harrison J.S. Isolation and characterization of genome-specific DNA sequences in Triticeae species // Mol. Gen. Genet. 1993. V. 240. P. 151−158.
- Belaj A., Satovic Z., Rallo L., Trujillo I. Genetic diversity and relationships in olive {Olea euoropaea L.) germaplasm collections as determined by randomly amplified polymorphic DNA // Theor. Appl. Genet. 2002. V. 105. P. 638−644.
- Botstein D., White R.L., Scolnick M., Davis R.V. Constructions of genetic linkage map in man using restriction fragment lengh polymorphisms // Am. J. Hum. Genet. 1980. V. 32. P. 314−331.
- Borner A., Korzun V., Worland A J. Comparative genetic mapping of mutant loci affecting plant height and development in cereals // Euphytica. 1998. V. 100. P. 245−248.
- Baker C.M., Manwell C. Anim. Blood Groups and Biochem // Genet. 1980. V.ll.P. 127.
- Castilho A., Heslop-Harrison J.S. Physical mapping of 5S and 18S-25S rDNA and repetitive DNA sequences in Aegilops umbellulata И Genome. 1995. V. 38. P. 91−96.
- Csink A.K., Henihoff S. Something from nothing: the evolution and utility of satellite repeats // Trends Genet. V. 14. P. 199−203.
- Daud H.M., Gustafson J.P., Molecular evidence for Triticum speltoides as B-genome progenitor of wheat (Triticum aestivum) // Genome. 1996. V. 39. P. 543−548.
- Devos K.M., Chao S., Li Q.Y., Simonetti M.C., Gael M.D. Relationship between chromosome 9 of maize and wheat homoeologous group 7 chromosomes//Genetics. 1994. V. 138. P. 1287−1292.
- Devos K.M., Gale M.D. The use of random amplified polymorphic DNA markers in wheat // Theor. Appl. Genet. 1992. V. 84. P. 567−572.
- Devos K.M., Gale M.D. The genetic maps of wheat and their potential in plant breading // Outlook Agric. 19 936. V. 22. P. 93−99.
- Dover G., Brown S., Coen E. et al. Dinamic of genome evolution and species differentiation // In: Dover G.A., Flavell R. B // Genome Evolution. Academic Press. London. 1982.
- Dweikat I., Mackenzie S., Levy M., Ohm H. Pedigree assessment using RAPD-DDGE in cereal crop species // Theor. Appl. Genet. 1993. V. 85. P. 497−505.
- Felsenstein J. PHYLIP: Phylogeny Inference Package, version 3.572 // Dept. Genetics, Univ. Washington, Seattle. 1995.
- Friebe B., Gill B.S. Chromosome banding and genome analysis in diploid and cultivated polyploidy wheat. In: Methods of genome analysis in plants (ed. Jauhar P.P.) // Boka Raton et al.: CRC Press. 1996. P. 36−60.
- Fritsch P., Hanson M.A., Spore C.D., Pack P.E., Riseberg L.H. Constancy of RAPD primer amlification strength among distantly related taxons of flowering plants // Plant Mol. Biol. Rep. 1993. V. 11. P. 10−20.
- Guadagnuolo R., Bianchi D.S., Felber F. Specific genetic markers for wheat, spelt, and four wild relatives: comparison of isozymes, RAPDs, and wheat microsatellites // Genome. 2002. v. 44. P. 610.
- Gupta P.K., Roy J.K., Prasad M. Single nucleotide polymorphism: a new paradigm for molecular marker technology and DNA polymorphism with emphasis on their use in plants // Current Sci. 2001. V. 80. P. 524−535.
- Gupta P.K., Varshney R.K., Sharma P. S., Ramesh B. Molecular markers and their applications in wheat breading // Plant Breed. 1999. V. 118. P. 369−390.
- Huff D.R., Peakall R., Smouse P.E. RAPD variation within and among natural populations of outcrossing buffalo grass (Buchloe dactyloides (Nutt.) Englem) II Theor. Appl. Genet. Y. 86. P. 927−934
- Iqbal M.J., Rayburn A.L. Stability of RAPD markers for determining cultivars specific DNA profiles in rye (Secale sereale) // Euphytica. 1994. V. 75. P. 215 220
- Jaaska V. Aspartate aminotransferase and alcohol dehydrogenase isozymes: intraspecific differentiations in Aegilops tauschii and the origin of the D genome polyploids in the wheat group // PI. Syst. Evol. 1981. V. 137. P. 259 273.
- Jones J., Flavell R. The structure, amount and chromosomal location of defined repeated DNA sequences in species of the genus Secale.) II Chromosoma. 1982. V. 86. P. 613−641.
- Joshi C.P., Nguyen H.T. RAPD (random amplified polymorphic DNA) analysis based on intervarietal genetic relationships among hexaploid wheats // Plant Sci. Y. 93. P. 95−103.
- Kato K., Miura H., Sawada S. Comparative mapping of the wheat Vrn-Al region with the rice Hd-6 region II Genome. 1999. V. 42. P. 204−209.
- Kellog E., Apples R. Intraspecific and interspecific variation in 5S RNA genes are decoupled in diploid wheat relatives II Genetics. 1995. V. 140. P. 325−343.
- Khan S.A., Hussain D., Askari E., Stewat J McD., Malik K.A., Zafar Y. Molecular phylogeny of Gossypium species by DNA fingerprinting // Theor. Appl. Genet. 2000. V. 101. P. 931−938.
- Khlestkina E.K., Salina E.A. Genome-specific markers of tetraploid wheats and their putative diploid progenitor species // Plant Breading. 2001. V. 120. P. 227−232.
- Kunugi H., Ishida S. et al. A functional polymorphism in the promoter region of monoamine oxidase-A gene and mood disorders // Mol. Psychiatry. V. 4(4). 1994 P. 393−405.
- Khurmatov Kh. Kh., Sergeev D. A., Kavrakova Z. B, Salina E.A., Khlestkina E. K, Nasyrova F. Y. Genom analysis of local species and wild forms of cereal crops in Tajikistan // Материалы 6 съезда физиологов растений. Сыктывкар, РФ 2007. С. 223−225.
- Lapitan N.L.V. Organization and evolution of higher plant nuclear genomes // Genome. 1992. V. 35. P. 171−181.
- Leitch I., Heslop-Harrison J. Physical mapping of the 18S, 5.8S, 26S rRNA genes in barley by in situ hybridization // Genome. 1992. V.35. P. 1013−1018.
- Ma Z.Q., Lapitan N.L.V. A comparison of amplified and restriction fragment length polymorphism in wheat // Cereal Res. Com. 1998. V. 26. P. 7−13.
- Maniatis Т., Fritsch E.F., Sambrook J. Molecular cloning. A laboratory manual // New York: Cold Spring Harbor Lab., 1982. P. 362.
- Mclntyre C. Variations at isozyme loci in Triticeae // PI. Syst. Evol. 1988 V. 160. P. 123−142.
- Miller Т.Е. Systematics and evolution In: Wheat breeding (ed. Lupton) // London, New York. 1987. P. 1−30.
- Morgante M., Olivieri A.M. PCR-amplified microsatellites as markers in plants genetics // The Plant Journal. 1993. V. 3(1). P. 175−182.
- Naqvi N1, Chattoo BB. Molecular genetic analysis and marker- assisted indirect selection of blast resistance in rice // In: Rice Genetics. 1997.
- Nei M. Molecular evolutionary genetics // New York. Columbia Univ. Press, 1987. P. 512.
- Naimov S., Kasimova G. F., Donsova S. V., Nigmonov M The characteris of gliadins of Aegilops L, species, growing in different climatic condtions of Tajikistan // Материалы 6 съезда физиологов растений, Сыктывкар, РФ 2007. С. 202−203
- Ohnishi О., Matsuoka Y. Search for the wild ancestor of buckwheat. II. Taxonomy of the Fagopyrum (Polygonaceae) species based on morfology, isozyme and chloroplast DNA variability // Genes Genet. Syst. 1996. V. 71. P. 383−390.
- Pederson C., Rasmussen S., Linde-Laursen I. Genome and chromosome identification in cultivated barley and related species of Triticeae (Poaceae) by in situ hybridization with GAA-satellite sequences // Genome. 1996. V.39. P. 93−104.
- Plaschke J., Ganal M.W., Roder M.S. Detection of genetic diversity in closely related bread wheat using microsatellite markers // Theor. Appl. Genet., 1995. V.91.P. 1001−1007
- Penner G.A. RAPD analysis of plant genome. In: Methods of genome analysis in plants (ed. Jauhar P.P.) // Boka Raton et al. CRC Press. 1996. P. 251−270.
- Pestsova E.G., Goncharov N.P., Salina E.A. Elimination of a tandem repeat of telomeric heterochromatin during evolution of wheat // Theor. Appl. Genet. 1998. V. 97. P. 1380−1386.
- Peterson G., Seberg O. Phylogenetic analysis of the Triticiaea (Poaceae) based on proA sequence data // Mol. Phylogenet. Evol. 1997. V. 7. P. 217−230.
- Panaud O., Chen X., McCouchR. Development of microsatellite markers and characterization of simple sequensce length polimorphism (SSLP) in rice (Oryza Sativa L.) // Mol. Gen. Genet. 1996 V. 252. P. 597−607.
- Peil A., ICorzun V., SchubernV., Schumann E., Weber W.E., Roder M.S. The aplicatio of wheat microsatellites to identifi disomic Triticum Aestivum -Aegilops markgrafii addition lines // Theor. Appl. Genet. 1998. V. 96, P. 138 146.
- Roder M.S., Korzun V., Wendeheke K., Plaschke J., Tixier M.H., Leroy P., Ganal M.W.A Microsatellite Map of Wheat // Genetics 1998. V. 149. P. 20 072 023.
- Saiki R.K., Scharf S., Faloona F., Mullis K.B., Horn G.T., Erlich H.A., Arncheim N. Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia // Sciense. 1985. V. 230. P. 1350−1354.
- Salina E.A., Pestsova E.G., Adonina I.G., Vershinin A.V. Identification of a new family of tandem repeats in Triticeae genomes // Euphytica. 1998. V. 100. P. 231−237.
- SasanumaT., Miyashita N.T., Tsunewaki K. Wheat phylogeny determined by RFLP analysis of nuclear DNA. 3. Intra- and interspecific variation of the five Aegilops Sitopsis species // Theor. Appl. Genet. 1996. V. 92. P. 928−934.
- Sharma S.K., Dawson I.K., Waugh R. Relationships among cultivated and wild lentils revealed by RAPD analysis // Theor. Appl. Genet. 1995. V. 91. P. 647 654.
- Sharma T.R., Jana S. Species relationships in Fagopyrum revealed by PCR-based DNA fingerprinting // Theor. Appl. Genet. 2002. V.105. P. 306−312.
- Stiles J.I., Lemme C., Sondur S., Morshidi M.B., Maitshardt R. Using random amplified polymorphic DNA for evaluating genetic relationship among papaya cultivars // Theor. Appl. Genet. 1993. V. 85. P. 697−701.
- Saiki R.K., Gelfand D.H., Stoffel S., Higuchi R. Primer-directed enzymatic amplification of DNA. with thermostable DNA polymerase // Science, 1988. P. 239.
- Subramanian V., Gurtu S., Rao R. C. N., Nigan S.N. Identification of DNA polymorphism in cultivated groundnut using random amplified DNA (RAPD) assay // Genome.2000. V. 43. P. 6565−660.
- Tautz D., Nuel. Minimal homology requirements for PCR primers // Nucleic Actds. Res 1989 V. 17. P. 6463 6471.
- Tsuji K., Ohnishi O. Origin of cultivated tatary buckwheat (Fagapyrum tataricum Gaertn.) revealed by RAPD analysis // Genet. Resour. Crop Evol. 2000. V. 47. P. 431−438.
- Welsh J., McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers // Nucl. Acids Res. 1990. № 24. V. 18. P. 7213−7218.
- Wang G.- Z., Matsuoka Y., Tsunewaki K. Evolutionary features of chondriome divergence in Triticum (wheat) and Aegilops shown by RFLP analysis mitochondrial DNAs // Theor. Appl. Genet. 2000. V.100, P. 221−231.
- Wang Z. Y., Tanksley S. D. Restriction length polymorphism in Oryza sativa L. // Genome. 1989. V. 32. P. 1113−1118.
- Wei J.-Z., Wang R. R.-C. Genome- and species-specific markers and genome relationships of diploid perennial species in Triticeae based on RAPD analyses // Genome. 1995. V. 38. P. 1230−1236.
- Welsh J., McClelland M. Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers //Nucl. Acids Res. 1990. V. 18. P. 7213−7218.
- West J., Mclntyre C., Appels R. Evolution and systematic relationships in the Triticeae (Poaceae) //PI. Syst. Evol.1988. V. 160, P. 1−28.
- Williams J.G.K., Kubelik A.R., Livak K.J., Rafalski J.A., Tingey S.V. DNA polymorphism amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers // Nucl. Acids Res. 1990. V. 18. P. 6531−6535.
- Yang Yen, Baenziger P. S., Morris R. Genomic constitution of bread wheat: current status // In: Metods of genome analysis in plants (ed. Jauhar P.P.) // Boka Raton et al CRC Press. 1996. P. 359- 373.
- Zohary D., Feldman M. Hybridization between amphyploids and the evolution of polyploids in the wheat ('Aegilops-Triticum) group // Evolution. 1962. V. 16. P. 44−61.