Непараметрическая модель расчета пространственных характеристик молекул
Диссертация
Практическая значимость работы. Преимущество пространство заполняющих моделей молекул, представляющих собой совокупность перекрывающихся атомных сфер заключается в простоте и наглядности. А возможность использования досконально разработанных, надежных методов позволяет быстро вычислять такие важные пространственные характеристики, как молекулярный объем, площадь поверхности молекул, оценивать… Читать ещё >
Список литературы
- Зефиров Ю.В., Зоркий П. М. Ван-дер-ваальсовы радиусы и их применение в химии// Успехи химии. 1989. — Т. 58. -С. 713−746.
- Зефиров Ю.В., Зоркий П. М. Новое применение ван-дер-ваальсовых радиусов в химии// Успехи химии. 1995. — Т. 64. — С. 446−461.
- Раевский О.А. Дескрипторы молекулярной структуры в компьютерном дизайне биологически активных веществ// Успехи химии. 1999. — Т. 68.-С.555.
- Раевский О.А. Развитие концепции молекулярного распознавания// Рос. хим. журн. 1995. — Т.39. — С. 109−116.
- Применение теории графов в химии. Под ред. Зефирова Н. С., Кучанова С. И. Новосибирск, Наука. 1988. 306 с.
- Рувре Д. Химические приложения топологии и теории графов. Под ред. Кинга Р. М.: Мир. 1987. 181 с.
- Харари Ф., Пальмер Э. Перечисление графов. М.: Мир. 1977. 189 с.
- Папулов Ю.Г., Розенфельд В. Р., Кеменова Т. Г. Молекулярные графы. ТГУ, Тверь. 1990. 124 с.
- Китайгородский А.И. Органическая кристаллохимия. М.: Изд-во Ан СССР. 1955. 558 с.
- Китайгородский А.И. Молекулярные кристаллы. М.: Наука. 1971. 424 с.
- Китайгородский А.И. Смешанные кристаллы. М.: Наука, 1983. 29 с.
- Дашевский В.Г. Конформационный анализ органических молекул. М.: «Химия». 1978. 248 с.
- Татевский В.М. Строение и физико-химические свойства молекул и веществ. М.: Изд-во МГУ. 1993. 464 с.
- Татевский В.М., Степанов Н. Ф. Атомы в молекулах. Квантово-химические модели// Журн. физ. химии. 1995. — Т.69. — № 2. — С.298−303.
- Буркерт У., Эллинджер Н. Молекулярная механика. М. Мир. 1986. 364 с.
- Кларк Т. Компьютерная химия. М. Мир. 1990. 383 с.
- Минкин В.Н., Симкин Б. Л., Миняев P.M. Квантовая химия органических соединений. Механизмы реакций. М.: «Химия». 1986. 248 с.
- Минкин В.Н., Симкин Б. Л., Миняев P.M. Теория строения молекул. Ростов-на-Дону: «Феникс». 1997. 560 с.
- Allen F. H, Kennard О., Watson D.G. et.al. Tabless of bond lengths determined by X-ray fiid Neutron Diffraction. Part 1. Bond lengths in organic compounds// J.Chem. Soc. Perckin Trans. II. 1987. — P.SI.
- Perstin A., Kitaigorodsky A.I. The atom-atom potential method. Berlin, Heidelberg: Springer Verlag, 1987, 397 p.
- Meyer A.Y. Richards W.G. Similarity of Molecular Shape// Jornal of Computer-Aided Molecular Design. 1991. .5. — № 5. — P. 427−439.
- Татевский B.M., Пентин Ю. А., Степанов Н. Ф. Проблема массового расчета физико-химических свойств молекул и веществ// Весн. Моск. Ун-та. Сер. Химия. 1982 — Т.28. — № 5. с. 427.
- Татевский В.М. Представление сумм по состояниям для молекул в виде произведений парциальных множителей для структурных элементов и групп структурных элементов// Журн. физ. хим. 1986. Т.60 — № 10. -С. 2471−2476.
- Папулов Ю.Г., Виноградова М. Г., Кузина Н. Ю., Давыдова И. Г. Феноменологические методы расчета свойств замещенных метана и его гетероаналогов по подгуппе// Математические методы в химии. Сборник научных трудов. Тверь. 1994. 169 с.
- Карапетьянц М.Х. Методы сравнительного расчета физико-химических свойств веществ. М. Наука. 1965. 184 с.
- Волькенштейн М.В. Строение и физические свойства молекул. М.- Л. Изд-ва АН СССР. 1955. 128 с.
- Штифанюк П.П., Шрамов А. Н. Аддитивные анизотропные взаимодействия в моделях молекулярных жидкостей и жидких кристаллов. Ч. П. Взаимодействия анизометричных молекул: Препринт ИМК-89−8. Харьков: ВНИИ монокристаллов. 1989. 12 с.
- Талицких. С. К. Халатур П.Г. Применение RlSM-теории для вычисления теплот испарения жидких углеводородов // Журн. физ. химии. 1992 — Т.66. — № 1 — С. 84−90.
- Аскадский А.А., Матвеев Ю. И. Химическое строение и физические свойства полимеров. М.: «Химия». 1983. 248 с.
- Аскадский А.А., Гальперн Е. Г., Матвеева Т. П. и др. Физические свойства полимеров// Высокомолекулярные соединения. -1987. Т.29. -С. 24−33.
- Абрамзон А.А., Голоудина. С. И. Полиморфизм двумерных кристаллов олифатических углеводородов и их замещенных// Изв.вузов. Химия и хим.технология. — 1985. — Т.28 — № 10. — С. 28−31.
- Ландау М.А. Молекулярные механизмы действия физиологически активных соединений. М.: Наука. 1981. 260 с.
- Doweyko A.M. The Hypothetical Active Site Lattice an approach to modeling active sites from data on inhibitor molecules// J.Med.Chem. -1988.-31.-P. 1396−1406.
- Doweyko A.M. Three-dimensional pharmacophores from binding data// J.Med.Chem. 1994 — 37. — P. 1769−1774.
- Walker P.D., Mezey P.G., Structural and Functional Models of the Dimanganese Catalase Enzymes. 2. Structure, Electrochemical, Redox, and EPR Properties// J.Am.Chem.Soc. 1994. — 116. — P. 12 022.139
- Mezey P.G. Shape in chemistry. Introduction in molecular shape and topology. VCH. New York. 1992. 236 p.
- Захаров Л.Н., Домрачев Г. А., Стручков Ю.Т Структурный аспект термической устойчивости металлоорганичеких соединений// Журн.структур.химии. 1983. Т.24. -№ 3. — С. 75.
- Бочвар Д.А., Гамбарян Н. П., Эпштейн Л.М.Рентгеноструктурные исследования 4-О-тритил-З-О-ацил-1,2−0-1 -(экзо-циан)этилиден.-|3-Ь-рамнопиранозы// Успехи химии. 1976. — Т.45. — С. 1316.
- Воронцова Л.Г., Декарпилевич М. О., Чижов О. С. Определяющая роль стерического фактора по данным геометрического моделирования// Изв. АН СССР. Сер.хим. 1985. — № 7. — С.1563−1571.
- Чернега А.Н., Романенко В. Д. Особенности молекулярной структуры Ы-триметил-2,2,2-три-(третбутил)-фениламидо хлорфосфитов// Журн. структур, хими. 1992. — Т.ЗЗ. -№ 5. — С. 109−115
- Алдошин. С.М., Автомян Л. О., Фурманова Н. Г., Еникеева О. А. Стереохимические особенности реакции циклизации Е-бензилиден-(дифенилметилен)-янтарного ангидрида// Изв. АН СССР. Сер.хим. -1986.-С. 2063−2072.
- Медведева Л.А., Золотой А. Б., Поляков А. И., Дьяченко О. А., Атовмян Л. О. Синтез, строение и свойства 2-тио-4-имино-5спироциклогексангидрантионов// Хим. Гетероциклических соединений. 1989.-С. 485−491.
- Золотой А.Б., Попкова В. Я., Антипин М. Ю., Стручков Ю. Т. Стереохимические особенности реакции амиака с перфтор-2-метил-2-пентентиоционатом-3// Изв. АН. Сер. хим. 1992. — С. 343.
- Pauling L. The nature of the chemical bond and structure of moleculs and crystals. L.: Cornell Univ. Press, 1939.429 p.- 3-d ed. 1960. 644 p.
- Зефиров Ю.В., Порай-Кошиц M.A Среднестатистическая величина ван-дер-ваальсова радиуса фтора// Журн. структур, хими. 1980. — Т.21. -№ 4. — С.150−155.
- Блатов В.А., Кузьмина Е. Е., Сережкин В. Н. Размеры атомов галогенов в структуре молекулярных кристаллов// Журн. физ. химии. 1998. — Т.72. -№ 8. — С. 1432−1435.
- Bader R.F.W., Stephens М.Е., Gandi R.A. Theoretical studies of singlet and triplet species. Cycloaddition reaction // Can.J. Chem. 1977. — V. 55. -№ 14. -P. 2755−2772.
- Рюденберг. Физическая природа химической связи. М.: Мир, 1964. 162 с.
- Татевский В.М. Об одной теореме в квантовой механике связанных ядерно-электронных систем (молекул и молекулярных ионов)// Журн. физ. химии. 1989. — Т.53. — № 3. — С.657−673.
- Белик А.В., Ульянова JI.B., Зефиров Н. С. Простая модель связи между структурой и плотностью веществ// Докл. АН СССР. 1990. Т.313. -№ 3. — С. 628−629.
- Белик А.В., Потемкин В. А. Модифицированная модель DENSON в оценке относительной плотности веществ// Журн. физ. химии. 1992. -Т.66. -№ 1. — С. 140−142.
- Белик А.В., Потемкин В. А., Михайлов И. Ю. Способ учета влияния температуры на эффективные радиусы в модели DENSON// Журн. физ. химии. 1993. — Т.67. — № 2. — С. 327 141
- Потемкин В.А., Барташевич Е. В., Велик А. В. Учет диполь-дипольных взаимодействий в задаче прогноза плотности веществ// Журн. физ. химии. 1994. — Т. 68. — № 6. — С. 1000−1003.
- Потемкин В.А., Барташевич Е. В., Белик А. В. Расчет атомных радиусов с поправкой на электростатические взаимодействия// Журн. физ. химии-1995. Т.69. — № 1.-С. 106−109.
- Потемкин В.А., Барташевич Е. В., Белик А. В. Новые представления об объемной форме молекул// Журн. общ. химии. 1995. — Т. 65. — С. 205 208.
- Потемкин В.А., Барташевич Е. В., Белик А. В. Новые подходы к прогнозу термодинамических параметров веществ по молекулярным данным// Журн. физ. химии. 1996. — Т.70. — № 3. — С. 448−452.
- Лаптев В. И. Лаптев В.И. Количество вещества в газовых и некоторых коденсированных средах. М. 1991. 160 с.
- Лаптев В.И. Простой метод расчета критической плотности вещества// Журн.физ.химии. 1994. — Т.68. — № 6. — С. 1004−1007.
- Connolly M.L. Analitical molecular surface calculation// J.Appl.Cryst., 1983.- 16.-P. 548−558.
- Connolly M.L. Computation of molecular volume// J.Am.Chem.Soc. 1985. -107.-P. 1118−1124.
- Grant J.A., Picup B.T. A Gaussian description of molecular shape// J.Phis.Chem. 1995. — 99. — P. 3503−3510.
- Grant J.A., Picup B.T. Gaussian shape methods// In van Gunsteren W.G., Weiner P.K., and Wilkinson A.J. Computer Simulations of Biomolecular Systems. Teoretical and Experimental Applications. V.3. ch.5, Kluwer/ESCOM, Dordrecht. 1997. — P. 150−176.
- Справочник химика. Под ред. Никольского Б. П. Л.: «Химия», 1964. -Т.2.-С. 398−1153.
- Рабинович В.А., Хавин З. Я. Краткий химический справочник Л.:Химия, 1978,.-392 с.
- Порай-Кошиц М.А., Кузьмин B.C. О связи между молекулярной структурой и плотностью вещества// Докл. АН СССР. 1991. — Т.314. -№ 5.-С. 1148−1149.
- Потемкин В.А., Барташевич Е. В., Белик А. В. Модель расчета атомных объемных характеристик в молекулярных системах// Журн. физ. химии. 1998. — Т. 72. — № 4. — С. 650−656.
- Karelson М., Perkson A. QSPR prediction of densities of organic liquids.// Computers & Chemistry. 1999. 23. — P. 49−59.
- Стьюпер Э., Брюгер У., Джуре П. Машинный анализ связи химической структуры и биологической активности. М.: Мир. 1982. 235 с.
- Nagata С., Aida М. Ab initio МО study of pairing and stacking interactions between nucleic acid basic in relation to the biological activity// J.Mol.Struct. 1988.-V.179.-P. 451−466.
- Прянишникова H.T., Шаров И. А. Тримекаин. Фармакология и клинические исследования. Ленинград. Медицина. 1967. 187 с.
- Исаев П.П., Николаевский В. А. Математическое моделирование проводниковой анестезии ряда фенилпропиофенонов// Хим.-фарм.журн. 1994.-Т. 28.-С. 28.
- Исаева Г. А., Исаев П. П. Квантово-химический анализ действия анестетиков на возбудимые биомембраны// Журн. физ. химии. 1992. -Т. 66.-С. 999−1002.
- Панцуркин В.И., Горнова Н. А., Сыропятников Б. О., Шкляев B.C., Малкова Т. Л., Вахрина О. И. Зависимость структура анестезирующая и антиагрегативная активность в ряду ариламидов диэтиламиноуксусной кислоты// Хим.-фарм. журн. — 1994. — 28. — С. 41−43.•Л
- Белик А.В., Барташевич Е. В., Потемкин В. А. Новый метод прогнозирования проводниковой анестезии// Изв. АН. Сер. химическая. 1997.- 10.-С. 1781−1784.
- Велик А.В., Барташевич Е. В., Потемкин В. А. Простой способ прогноза проводниковой анестезии// IV Национальный конгресс «Человек и лекарство»: Тез. докл. Москва. 1997. — С. 247.
- Делоне Б.Н. Петербургская школа теории чисел. М., JL: Изд-во АН СССР.- 1947.-С. 197−318.
- Волошин В.П., Медведев Н. Н., Фенелонов В. Б. Исследование структуры пор в компьютерных моделях плотных и рыхлых упаковок сферических частиц// Журн. структур, химии. 1999. — Т.40. — № 4. — С. 681−696.
- Наберухин Ю.И., Волошин В. Н., Медведев Н. Н. Исследование межатомного пространства в моделях одноатомных систем с помощью методов Вороного-Делоне// Журн. физ. химии. 1996. — Т.66. — № 1. -С. 155−162.
- Медведев Н.Н., Наберухин Ю. И., Волошин В. Н. О связи текучести и структуры. Анализ молекулярной динамической модели жидкого и аморфного рубидия// Журн. физ. химии. 1996. — Т. 66. — № 1. — С. 163 166.
- Stewart J.J. МОРАС MANUAL. New York: US Air Force Academy. -1990.- 189 p.
- Pople J.A., Beveridge D.L. Approximate Molecular Orbital Theory. McGraw-Hill, New York. 1970. — 213 p.
- Федорова O.B., Мордовский Г. Г., Русинов Г. Л., Зуева М. Н., Овчинникова И. Г. Поиск соединений с туберкулоствтической активностью среди синтетических ионофоров подандов// Хим.-фарм. журн.- 1996.- 10.-С. 6−7.
- Федорова О.В., Русинов Г. Л., Мордовский Г. Г., Зуева М. Н., Кравченко М. А., Овчинникова И. Г., Чупахин О. Н. Синтез и туберкулостатическая активность подандов с фторхинолоновым фрагментом// Хим.-фарм. журн.- 1997.-7.-С. 21−23.
- Барташевич Е.В., Велик А. В., Потемкин В. А., Гуччионе. С. Метод определения формы и размеров полостей в системе «рецептор -лиганд"// Тез. докл. 2-ой Всероссийской конференции «Молекулярное моделирование». Москва. — 2001. — С. 51
- Lawrie A.M., Noble М.Е., Timnah P., et.a. Protein Kinase inhibition by staurosporine revealed in details jf the molecular interaction with Cdk2// Nat.Struct.Biol. 1997. — V.4.- P. 796.
- Santagati M., Chen H.M., Santagati A., Modica M., Guccioni S., Uccello Barretta G., Balzano F. Molecular modeling and prediction of bioactivity. In: K. Gundertofte & F.S. Jorgensen (Eds.) Kluwer Academic/Plenum Publishers, New York. 2000. — P. 433−439.
- Cramer R.D., Patterson D.E. Bunce J.D. Comparative «Molecular Field analysis (CoMFA). 1. Effect of shape on Binding of Sterroids to Carrier Proteins// J.Am.Chem.Soc. 1988. 110. — 18. — P. 5959−5967.
- Neunhoeffer H., Wiley P.F. Chemistry of 1,2,3-Triazines, 1,2,4-Triazines, Tetrazines and Pentazines. N.Y.: J.Wiley. 1978. — 1020 p.
- Plekhanov P.V., Bartashevich E.V., Potemkin V.A. Nucleophilic addition of resorcinol to pyrimidines// International Memorial I. Postovsky Conference On Organic Chemistry: Book of Abstracts. Ekaterinburg. 1998. — P. 111.
- Chupahin O.N., Zyryanov G.V., Rusinov V.L., Krasnov V.P., Levit G.L., Korolyova M.L., Kodess M.L. Direct stereocontrolled addition reaction of 1-menthole to an activated l, 2,4-triazines-5(4H)-one.// Tetrahedron Letters, 2000−2001, in press.