Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

Синтез олигорибонуклеотидов и их фотоактивируемых перфторарилазидных производных

Диссертация: Синтез олигорибонуклеотидов и их фотоактивируемых перфторарилазидных производных
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Разработан вариант твердофазного Н-фосфонатного синтеза олигорибонуклеотидов с использованием 2'-0-тетрагидропиранильной защитной группы. а) Разработан эффективный метод синтеза защищенных рибонуклеозид-Н-фосфонатов с применением монофункционального фосфитилирующего агента салицилхлорфосфита. б) Проведена оптимизация условий автоматического твердофазного Н-фосфонатного синтеза. Разработаны… Читать ещё >

Синтез олигорибонуклеотидов и их фотоактивируемых перфторарилазидных производных (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • Список принятых сокращений
  • 1. Н-ФОСФОНАТНЫЙ МЕТОД СИНТЕЗА ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ (Обзор литературы)
    • 1. 1. Синтез и свойства нуклеозид-Н-фосфонатов
    • 1. 2. Механизм реакции конденсации в Н-фосфонатном методе синтеза
    • 1. 3. Твердофазный Н-фосфонатный синтез олигонуклеотидов
      • 1. 3. 1. Используемые полимерные носители
      • 1. 3. 2. Используемые конденсирующие реагенты
      • 1. 3. 3. Окисление
      • 1. 3. 4. Возможные побочные реакции и способы их предотвращения
      • 1. 3. 5. Синтез олигорибонуклеотидов
    • 1. 4. Твердофазное химическое 3и 5'- фосфорилирование в сочетании с Н-фосфонатным методом синтеза олигонуклеотидов
  • 2. СИНТЕЗ ОЛИГОРИБОНУКЛЕОТИДОВ И ИХ ПРОИЗВОДНЫХ (Результаты и обсуждение)
    • 2. 1. Твердофазный Н-фосфонатный синтез олигорибонуклеотйдов и их 5'-фосфатов с использованием 2'-0-тетрагидропиранильной защитной группы
      • 2. 1. 1. Синтез и свойства защищенных рибонуклеозид-Н-фосфонатов
      • 2. 1. 2. Автоматический Н-фосфонатный синтез олигорибонуклеотидов
      • 2. 1. 3. Твердофазный Н-фосфонатный синтез олигорибонуклеотидов в «ручном» варианте
      • 2. 1. 4. Твердофазный Н-фосфонатный синтез олигорибонуклеотидов, содержащих 5'-концевой фосфат
    • 2. 2. Фотоактивируемые п-аз и дотетраф торбенз амидные производные олигорибонуклеотидов: синтез и свойства
      • 2. 2. 1. Синтез фотоактивируемых производных олигорибонуклеотидов, содержащих я-азидотетрафторбензамидную группировку на 5'-концевом фосфате
      • 2. 2. 2. Сравнительное изучение термической стабильности дуплексов, образованных и-азидотетрафторбензамидными производными олигорибонуклеотидов и их дезоксирибоаналогов с РНК- и ДНК-мишенями
      • 2. 2. 3. Сайт-специфическая фотомодификация нуклеиновых кислот гс-азидотетрафторбензамидными производными олигорибонуклеотидов
  • 3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТ
    • 3. 1. Исходные материалы
    • 3. 2. Основные методы работы
    • 3. 3. Методики эксперимента
      • 3. 3. 1. N-Ацил-5' -О-диметокситритил-2' -О-тетрагидропиранилрибонуклеозиды
      • 3. 3. 2. Защищенные рибонуклеозид-Н-фосфонаты
      • 3. 3. 3. Исследование реакционной способности защищенных рибонуклеозид-Н-фосфонатов
      • 3. 3. 4. Твердофазный Н-фосфонатный синтез олигорибонуклеотидов
        • 3. 3. 4. 1. Автоматический синтез олигорибонуклеотидов
        • 3. 3. 4. 2. Твердофазный синтез олигорибонуклеотидов в «ручном» варианте
        • 3. 3. 4. 3. Удаление защитных групп и выделение олигорибонуклеотидов
      • 3. 3. 5. Твердофазный Н-фосфонатный синтез олигорибонуклеотидов, содержащих 5'-концевой фосфат
      • 3. 3. 6. Синтез олигорибонуклеотидов, содержащих и-азидотетрафторбензамидную группу на 5' -концевом фосфате

Синтетические олигорибонуклеотиды и их реакционноспособные производные широко используются как прецизионные инструменты исследований при решении целого ряда проблем биоорганической химии и молекулярной биологии. Наиболее важные области их применения связаны с изучением структуры и механизмов функционирования транспортных, информационных и рибосомальных РНК, закономерностей РНК-белкового узнавания, структуры и динамики олигорибонуклеотидов и их комплексов в растворе, необходимых для понимания общих правил «фолдинга» РНК, и другими исследованиями [см. 1−4 и цит. там работы]. Открытие рибозимных свойств у сравнительно коротких олигорибонуклеотидов [5] еще более увеличило интерес исследователей к синтетическим олигорибонуклеотидам заданной последовательности. Интенсивное развитие работ по применению методов ЯМР-спектроскопии и рентгеноструктурного анализа для структурно-функционального исследования РНК [например, 6−9] требует значительных количеств чистых олигорибонуклеотидов и производных на их основе. Увеличивающиеся потребности в синтетических олигорибонуклеотидах и их производных стимулируют активный поиск эффективных методов их синтеза.

Синтез олигорибонуклеотидов является гораздо более сложной задачей по сравнению с синтезом их дезоксирибо-аналогов. Наличие дополнительной гидроксильной группы в 2'-положении рибозного кольца олигорибонуклеотидов приводит к тому, что межнуклеотидная фосфодиэфирная связь становится более лабильной — она легко расщепляется в щелочной среде и изомеризуется и расщепляется в кислотной среде. Этот факт, наряду с необходимостью введения и удаления дополнительной защитной группы, усложняет решение проблем синтеза олигонуклеотидов рибо-серии. Известно, что одним из наиболее эффективных методов синтеза олигонуклеотидов является твердофазный Н-фосфонатный метод, к основным преимуществам которого относятся высокая скорость конденсации, экономичность и короткий синтетический цикл. Стандартные твердофазные методы синтеза олигонуклеотидов, в том числе и Н-фосфонатный метод, приводят, как правило, к олигонуклеотидам с 5'-концевой гидроксильной группой. В то же время для решения многих задач в области биоорганической химии и молекулярной биологии требуются 5'-фосфорилированные олигонуклеотиды. Так, 5'-концевой фосфат является одним из наиболее удобных мест для введения в олигонуклеотид группировок различной химической природы. Особое место среди реакционноспособных производных олигонуклеотидов занимают фотоактивируемые производные, в том числе и полифторированные арилазиды, используемые в настоящее время для аффинной модификации белков и НК [10].

Целью данной работы являлась разработка эффективного метода синтеза олигорибонуклеотидов и их 5'-фосфатов и получение на их основе фотоактивируемых реагентов для аффинной модификации биополимеров. Для достижения поставленной цели необходимо было решение следующих задач: а) разработка варианта твердофазного Н-фосфонатного метода синтеза олигорибонуклеотидов с использованием кислотолабильной 2'-0-тетра-гидропиранильной группыб) разработка метода твердофазного 5'-фосфорилирования, совместимого с Н-фосфонатным методом синтеза олигорибонуклеотидовв) синтез фотоактивируемых производных олигорибонуклеотидов, несущих я-азидотетрафторбензамидные группировки на 5'-конце, и исследование их свойств.

1. Н-ФОСФОНАТНЫЙ СИНТЕЗ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ (ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР).

Впервые возможность использования нуклеозид-Н-фосфонатов для синтеза межнуклеотидной фосфодиэфирной связи была продемонстрирована в работе Todd А. с соавт. [11] в 1957 году на примере взаимодействия 2', 3'-0-защищенного аденозин-5'-Н-фосфоната с 2', 3'-0-защищенным уридином с последующим окислением образующегося 5'-5'-дирибонуклеозид-Н-фосфоната до соответствующего фосфата, однако лишь спустя десятки лет потенциал этого подхода был оценен по достоинству и начал интенсивно использоваться. и.

NCS = N-хлорсукцинимид.

Возрождение Н-фосфонатного метода началось в 1985;86гг., когда две группы исследователей — Stawinski J. с соавт. [12−15] и Froehler B.C. с соавт. [16, 17]~почти одновременно применили защищенные нуклеозид-Н-фосфонаты в твердофазном олигонуклеотидном синтезе. В основу метода, как и в работе Тодда А. с соавт., легло взаимодействие нуклеозид-Н-фосфоната (I) с с ОН-компонентом в присутствии конденсирующего реагента с последующим окислением образующегося динуклеозид.

Н-фосфоната (II) до соответствующего фосфата (III).

ООО ^ — R' ОН 11 окисление | J.

R0-P-0^ RO-P-OR' ->RO-P-OR' т конденсирующий !,. I.

1) н реагент н (II) о" (Ш).

R, R' = защищенный нуклеозид Использование нуклеозид-Н-фосфонатов (I) как ключевых синтонов Н-фосфонатного метода синтеза олигонуклеотидов стимулировало поиск общих эффективных и экономичных способов их получения.

выводы.

1. Разработан вариант твердофазного Н-фосфонатного синтеза олигорибонуклеотидов с использованием 2'-0-тетрагидропиранильной защитной группы. а) Разработан эффективный метод синтеза защищенных рибонуклеозид-Н-фосфонатов с применением монофункционального фосфитилирующего агента салицилхлорфосфита. б) Проведена оптимизация условий автоматического твердофазного Н-фосфонатного синтеза. Разработаны карты-схемы операций Н-фосфонатного синтеза на отечественных синтезаторах типа «Виктория» и «А8М-10 211». в) Оптимизированы условия препаративного твердофазного Н-фосфонатного синтеза в «ручном» варианте.

По разработанной схеме твердофазного Н-фосфонатного синтеза получен ряд олигорибонуклеотидов длиной до 20 нуклеотидных звеньев, которые оказались полноценными инструментами исследований в области молекулярной биологии и биоорганической химии.

2. Предложен простой эффективный способ твердофазного 5'-фосфорилирования олигонуклеотидов, основанный на взаимодействии р-цианэтилфосфита с 5'-гидроксилом полимер-связанного защищенного олигонуклеотида в присутствии пивалоилхлорида.

3. Впервые получены фотоактивируемые производные олигорибонуклеотидов, содержащие и-азидотетрафторбензоильную группировку, введенную через алифатический диаминолинкер по 5'-концевому фосфату. Показано стабилизирующее влияние я-азидотетрафторбензамидной группировки на термическую стабильность дуплексов, образованных фотоактивируемыми производными олигорибонуклеотидов с соответствующими комплементарными фрагментами РНК и ДНК. С использованием синтезированных фотоактивируемых реагентов проведена эффективная сайт-специфическая модификация РНКи ДНК-мишеней в составе модельных дуплексов. Определена позиционная направленность щелочелабильной фотомодификации ДНК-мишени и показано, что основным сайтом модификации для всех исследованных реагентов является остаток гуанина, расположенный рядом с фотоактивируемой группировкой.

Показать весь текст

Список литературы

  1. С.М. Олигорибонуклеотиды: синтез и применение в молекулярной биологии. // Итоги науки и техники. Серия Биоорганическая химия. Т. 11. / Ред. Ю. А. Овчинников. Москва: ВИНИТИ, 1987.
  2. Г. Г., Кнорре Д. Г. Структурно-функциональная топография рибосом E.coli по данным аффинной модификации реакционноспособными аналогами мРНК и тРНК // Усп. биол. химии. 1991. Т. 32. N. 1. С. 3−49.
  3. Usman N., Cedergren R. Exploiting the chemical synthesis of RNA. // Trends Biochem. Sci. 1992. V. 17. N. 9. P. 334−339.
  4. Huq I., Tamilarasu N., Rana T.M. Visualizing tertiary folding of RNA and RNA-protein interactions by a tethered iron chelate: analysis of HIV-1 Tat-TAR complex. //Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. N. 4. P. 1084−1093.
  5. Uhlenbeck O.C. Using ribozymes to cleave RNAs. // Antisense research and applications. / Eds Crooke S.T., Lebleu B. Boca Raton- Ann Arbor- London- Tokyo: CRC Press, 1993. P. 83−96.
  6. Tanaka Y., Fujii S., Hiroaki H., Sakata Т., Tanaka Т., Uesugi S., Tomita K., Kyogoku Y. A'-form RNA double helix in the single crystal structure of r (UGAGCUUCGGCUC). //Nucleic Acids Res. 1999. V. 27. N. 4. P. 949−955.
  7. Uhlenbeck O.C., Pardi A., Feigon J. RNA structures comes of age. // Cell. 1997. V. 90. N. 5. P. 833−840.
  8. Hall R.H., Todd A., Webb R.F. Nucleotides. Part XLI. Mixed anhydrides as intermediates in the synthesis of dinucleoside phosphates. // J. Chem. Soc. 1957. N. 7. P.3291−3296.
  9. Garegg P.J., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Formation of internucleotidic bonds via phosphonate intermediates. // Chem. Scr. 1985. V. 25. N. 3. P. 280−282.
  10. Garegg P.J., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Nucleoside hydrogenphosphonates in oligonucleotide synthesis. // Chem. Scr. 1986. V. 26. N. 1. P. 59−62.
  11. Garegg P.J., Lindh I., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R., Henrichson C. Nucleoside H-phosphonates. III. Chemical synthesis of oligodeoxyribonucleotides by the hydrogenphosphonate approach. // Tetrahedron Lett. 1986. V. 27. N. 34. P. 40 514 054.
  12. Froehler B.C., Matteucci M.D. Nucleoside H-phosphonates: valuable intermediates in the synthesis of deoxyoligonucleotides. // Tetrahedron Lett. 1986. V. 27. N. 4. P. 469−472.
  13. Froehler B.C., Ng P.G., Matteucci M.D. Synthesis of DNA via deoxynucleoside H-phosphonate intermediates. //Nucleic Acids Res. 1986. V. 14. N. 13. P. 5399−5407.
  14. Stawinski J. Some aspects of H-phosphonate chemistry // Handbook of organophosphorus chemistry. / Ed. Engel R. New York: Marcel Dekker Inc., 1992. P. 377−434.
  15. Stawinski J., Stromberg R. H-Phosphonates in oligonucleotide synthesis. // Trends Org. Chem. 1993. V. 4. P. 31−67.
  16. Kers A., Kers I., Kraszewski A., Sobkowski M., Szabo T., Thelin M., Stawinski J. Nucleoside phosphonates. Development of synthetic methods and reagents. // Nucleosides Nucleotides. 1996. V. 15. N. 1−3. P. 361−378.
  17. Froehler B.C. Oligodeoxynucleotide synthesis: H-phosphonate approach. In: Protocols for oligonucleotides and analogs. Ed. Agrawal S. Totowa, New Jersey: Humana Press. Inc., 1993. P. 63−80.
  18. Marugg J.E., Burik A., Tromp M., van der Marel G.A., van Boom J.H. A new and versatile approach to the preparation of valuable deoxynucleoside 3'-phosphite intermediates. // Tetrahedron Lett. 1986. V. 27. N. 20. P. 2271−2274.
  19. B.C. Способ получения 5'-0-диметокситритилтимидин-3'-гидрофосфоната: А.с. СССР 1 759 842 //Б.И.1992. N. 33.
  20. Sekine М., Narui S., Hata Т. A convenient method for the synthesis of deoxyribonucleoside 3'-hydrogenphosphonates. // Tetrahedron Lett. 1988. V. 29. N. 9. P. 1037−1040.
  21. Stawinski J., Thelin M. Nucleoside H-phosphonates. XI. A convenient method for the preparation of nucleoside H-phosphonates. // Nucleosides Nucleotides. 1990. V. 9. N. l.P. 129−136.
  22. Stawinski J., Thelin M. Studies on the activation of phosphonic acid using acyl chlorides as activator.// J. Chem. Soc. Perkin Trans. II. 1990. N. 6. P.849−853.
  23. Bhongle N.N., Tang J.Y. A convenient synthesis of nucleoside З'-H-phosphonate monoesters using triphosgene. // Tetrahedron Lett. 1995. V. 36. N. 38. P. 6803−6806.
  24. Gibbs D.E., Larsen C. Bis2,2,2-trifluoroethyl.phosphite, a new reagent for synthesizing mono- and diesters of phosphorous acid. // Synthesis. 1984. N. 5. P. 410−413.
  25. Takaku H., Yamakage S., Sakatsume O., Ohtsuki M. A convenient approach to the synthesis of deoxyribonucleoside-3'-hydrogen phosphonates via bis (l, 1,1,3,3,3-hexafluoro-2-propyl)phosphonate intermediate. // Chem. Lett. 1988. P. 1675−1678.
  26. Sakatsume 0., Yamane H., Takaku H. Use of new phosphonylating and coupling agents in the synthesis of oligodeoxyribonucleotides via the H-phosphonate approach. // Tetrahedron Lett. 1989. V. 30. N. 46. P. 6375−6378.
  27. Sakatsume O., Ohtsnki M., Takaku H., Reese C.B. Solid-phase synthesis of polyribonucleotides using a new acetal group for the protection of the 2'-hydroxy 1 function. //Nucleic Acids Symp. Ser. 1988. N. 20. P. 77−78.
  28. Sakatsume 0., Yamane H., Takaku H. Use of new phosphonylating and coupling agents in the synthesis of oligonucleotides via the H-phosphonate approach. // Nucleosides Nucleotides. 1989. V. 8. N. 5−6. P. 1033−1036.
  29. Sakatsume O., Yamane H., Takaku H. Yamamoto N. Use of new phosphonylating and coupling agents in the synthesis of oligodeoxyribonucleotides via the H-phosphonate approach. //Nucleic Acids Res. 1990. V. 18. N. 11. P. 3327−3331.
  30. T., Aimer H., Stawinski J., Stromberg R. 2-Cyanoethyl H-phosphonate. A reagent for the mild preparation of nucleoside H-phosphonate monoesters. // Nucleosides Nucleotides. 1995. V. 14. N. 3−5. P. 715−716.
  31. Yang Z.-W., Xi Z.-S., Shen N.-Z., Fang Z.-Q. A convenient and efficient method for the synthesis of nucleoside H-phosphonates using a novel phosphonylating agent. // Nucleosides Nucleotides. 1995. V. 14. N. 1−2. P. 167−173.
  32. Kung P.-P., Jones R.A. H-Phosphonate DNA synthesis without amino protection. // Tetrahedron Lett. 1992. V. 33. N. 40. P. 6869−5872.
  33. Garegg J., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Nucleoside phosphonates: part 7. Studies on the oxidation of nucleoside phosphonate esters. // J. Chem. Soc. Perkin Trans.I. 1987. N. 6. P. 1269−1273.
  34. Garegg J., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Studies on the oxidation of nucleoside hydrogenphosphonates. //Nucleosides Nucleotides. 1987. V. 6. N. 1−2. P. 429−432.
  35. Garegg P.J., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Studies on the reaction of nucleoside phosphorodiesters with aryl sulfonyl chlorides. // Tetrahedron Lett. 1986. V. 27. N.23. P. 2665−2666.
  36. Stromberg R., Stawinski J. Evaluation of some new condensing reagents for hydrogenphosphonate diester formation. //Nucleic Acids Symp. Ser. 1987. N. 18. P. 185−188.
  37. Garegg J., Stawinski J., Stromberg R. Studies on the synthesis of oligonucleotides via the hydrogenphosphonate approach. //Nucleosides Nucleotides. 1987. V. 6. N. 12. P. 283−286.
  38. Garegg J., Stawinski J., Stromberg R. Nucleoside H-phosphonates. 8. Activation of hydrogen phosphonate monoesters by chlorophosphates and arenesulfonyl derivatives. // J. Org. Chem. 1987. V. 52. N. 2. P. 284−287.
  39. Garegg J., Stawinski J., Stromberg R. Activation of nucleoside hydrogenphosphonates by use of aryl sulfonyl chlorides. // Nucleosides Nucleotides. 1987. V. 6. N. 1−2. P. 425−427.
  40. Garegg P.J., Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Activation of nucleoside hydrogen phosphonates by use of arylsulfonyl chlorides. // J. Chem. Soc. Perkin Trans. II. 1987. N. 3. P. 271−274.
  41. Stawinski J., Stromberg R., Szabo T., Westman E. Recent studies in nucleoside phosphonate chemistry. // Nucleosides Nucleotides. 1989. V. 8. N. 5−6. P. 10 291 032.
  42. Stawinski J., Stromberg R., Thelin M., Westman E. Reaction of nucleoside hydrogen phosphonates with diphenyl chlorophosphate and sterically hindered aromatic acyl chlorides. //Nucleosides Nucleotides. 1988. V. 7. N. 5−6. P. 601−604.
  43. Regberg T., Stawinski J., Stromberg R. Nucleoside H-phosphonates. IX. Possible side-reactions during hydrogen phosphonate diester formation. // Nucleosides Nucleotides. 1988. V. 7. N. 1. P. 23−35.
  44. Efimov V.A., Dubey I.Y., Chakhmakhcheva O.G. NMR study and improvement of H-phosphonate oligonucleotide synthesis. //Nucleosides Nucleotides. 1990. V. 9. N. 3. P. 473−477.
  45. В. А., Дубей И .Я. Модификация Н-фосфонатного метода синтеза олигонукдеотидов на полимерных носителях. // Биоорган, химия. 1990. Т. 16. N. 2. С. 211−218.
  46. Efimov V.A., Kalinkina A.L., Chakhmakhcheva O.G. Dipentafluorophenyl carbonate a reagent for the synthesis of oligonucleotides and their conjugates. // Nucleic Acids Res. 1993. V. 21. N. 23. P. 5337−5344.
  47. B.A., Калинкина A.JI., Чахмахчева О. Г. Дипентафторфенилкарбонат в синтезе олигонуклеотидов Н-фосфонатным методом. // Биоорган, химия. 1994. Т. 20. N. 3. С. 323−326.
  48. Tocik Z., Arnold L., Smrt J. Automated 3'-H-phosphonate synthesis of oligodeoxyribonucleotides using amidine protected purine synthons. // Nucl. Acids Symp. Ser. 1987. N. 18. P. 193−196.
  49. Stawinski J., Stromberg R., Westman E. Studies on reaction conditions for ribonucleotide synthesis via the H-phosphonate approach. // Nucleic Acids Symp. Ser. 1991. N. 24. P. 228.
  50. Stawinski J., Stromberg R., Westman E. Ribonucleoside H-phosphonates. Pyridine vs quinoline influence on condensation rate. I I Nucleosides Nucleotides. 1991. V. 10. N. 1−3. P. 519−520.
  51. Stawinski J., Stromberg R., Thelin M., Westman E. Studies on the t-butyldimethylsilyl group as 2'-0-protection in oligoribonucleotide synthesis via the H-phosphonate approach. //Nucleic Acids Res. 1988. V. 16. N. 19. P. 9285−9298.
  52. И.Я., Ляпина Г. В., Галкин А. П., Федоряк Д. М. Получение высокоэффективного полимерного носителя для твердофазного синтеза фрагментов ДНК на основе микросферического аэросилогеля «Силохром-2″. // Биополимеры и клетка. 1993. Т. 9. N. 4. С. 26−31.
  53. И.Я., Ляпина Т. В., Федоряк Д. М. Микросферический аэросилогель Силохром-2 высокоэффективный носитель для твердофазного синтеза олигонуклеотидов. // Биоорган, химия. 1993. Т. 19. N. 5. С. 589−591.
  54. Э.З., Кумпинып В. Х., Рекис А. Х., Биздена Э. О. Твердофазный синтез олигорибонуклеотидов Н-фосфонатным методом с использованием 2'-0-бензоильной защитной группы. // Биоорган, химия. 1988. Т. 14. N. 11. С. 15 801 582.
  55. Н.М., Шаламай А. С., Усенко Л. С. Синтез модифицированных триуридилатов Н-фосфонатным методом. // Биоорган, химия. 1988. Т. 14. N. 7. С. 976−978.
  56. Matson R.S., Rampal J.B., Coassin P.J. Biopolymer synthesis on polypropylene supports. // Anal. Biochem. 1994. V. 217. N. 2. P. 306−310.
  57. Marcos U., Southern E.M. Parallel analysis of oligodeoxyribonucleotide (oligonucleotide) interaction. 1. Analysis of factors influencing oligonucleotide duplex formation. // Nucleic Acids Res. 1992. V. 20. N. 7. P. 1675−1678.
  58. Zaramella S., Bonora G.M. The application of H-phosphonate chemistry in the HELP synthesis of oligonucleotides. // Nucleosides Nucleotides. 1995. V. 14. N. 3−5. P. 809−812.
  59. Ю.В., Батчикова H.B., Скапцова H.B., Бесидский Е. С., Ажаев А. В. Синтез олигодезоксирибонуклеотидов Н-фосфонатным твердофазным методом в шприце. // Биоорган, химия. 1988. Т. 14. N. 5. С. 615−620.
  60. Andrus A., Efcavitch J.W., McBride L.J., Giusti В. Novel activating and capping reagents for improved hydrogen-phosphonate DNA synthesis. // Tetrahedron Lett. 1988. V. 29. N. 8. P. 861−864.
  61. Kume A., Fujii M., Sekine M., Hata T. Acylphosphonates.4. Synthesis of dithymidine phosphonate: a new method for generation of phosphonate function via aroylphosphonate intermediates. // J. Org. Chem. 1984. V. 49. N. 12. P. 2139−2143.
  62. Lewis E.S., Spears L.G. Ionization of the PH bond in diethyl phosphonate. // J. Am. Chem. Soc. 1985. V. 107. N. 13. P. 3918−3921.
  63. В.П., Баранова Л. В., Кобзев В. Ф., Кузнеделов К. Д., Средин Ю. Г. Быстрый автоматический синтез полидезоксинуклеотидов. // Биоорган, химия. 1988. Т. 14. N. 2. С. 276−278.
  64. Atherton F.R., Openshaw Н.Т., Todd A.R. Studies on phosphorylation. Part II. The reaction of dialkyl phosphites with polyhalogen compounds in presence of bases. A new method for the phosphorylation of amines. // J. Chem. Soc. 1945. N. 10. P. 660 663.
  65. Blackburn G.M., Cohen J.S., Todd L. Studies in phosphorylation. Part XXIX. The synthesis of dialkyl phosphonates from monoalkyl phosphonates: direct oxidative esterification. // J. Chem. Soc. © 1966. N. 2. P. 239−245.
  66. Э.Е. Химия гидрофосфорильных соединений. М.: Наука, 1983. С. 39−169.
  67. Gaffney B.L., Jones R.A. Large-scale oligonucleotide synthesis by the H-phosphonate method. // Tetrahedron Lett. 1988. V. 29. N. 22. P. 2619−2622.
  68. Kuyl-Yeheskiely E., Spierenburg M., van der Elst H., van der Marel G.A., van Boom J.H. Reaction of pivaloyl chloride with internucleotidic H-phosphonate diesters. // Reel. Trav. Chim. Pays-Bas. 1986. V. 105. N. 11. P. 505−506.
  69. И.Я., Ляпина Г. В., Федоряк Д. М. Исследование побочных реакций в синтезе фрагментов ДНК Н-фосфонатным методом. // Биополимеры и клетка. 1992. Т. 8. N. 1.С. 82−88.
  70. Andrus A., Zon G. Phosphorothioate DNA: synthesis via improved hydrogen-phosphonate chemistry. //Nucleic Acids Symp. Ser. 1988.N. 20. P. 121−122.
  71. Sinha N.D. Large-scale oligonucleotide synthesis using the solid-phase approach. // Protocols for oligonucleotides and analogs. / Ed. Agrawal S. Totowa New Jersey: Humana Press. Inc. 1993. P. 437−463.
  72. Reese C.B., Skone P.A. The protection of thymine and guanine residues in oligodeoxyribonucleotide synthesis. // J. Chem. Soc. Perkin Trans. I. 1984. N. 66. P. 1263−1271.
  73. Adamiak R.W., Biala E., Skalski B. New ionic side-products in oligonucleotide synthesis: formation and reactivity of fluorescent N-(purin-6-yl)pyridinium salt. // Nucleic Acids Res. 1985. V. 13. N. 8. P. 2989−3003.
  74. H.B., Куркин A.H., Ажаев A.B. Н-Фосфонатный синтез олигодезоксирибонуклеотидов с использованием и-нитрофенилэтильной защитной группы. // Биоорган, химия. 1989. Т. 15. N. 7. С. 940−946.
  75. М.А., Скапцова Н. В., Батчикова Н. В., Куркин А. Н., Ажаев A.B. Н-Фосфонатный метод в синтезе структурного гена интерлейкина-4 человека. // Биоорган, химия. 1990. Т. 16. N. 5. С. 625−634.
  76. Froehler B.C., Matteucci M.D. The use of nucleoside H-phosphonates in the synthesis of deoxyoligonucleotides. // Nucleosides Nucleotides. 1987. V. 6. N. 1−2. P. 287−291.
  77. Westheimer F.H., Huang S., Covitz F. Rates and mechanism of hydrolysis of esters of phosphorous. //J. Am. Chem. Soc. 1988. V. 110. N. 1. P. 181−185.
  78. Rozners E., Westman E., Stromberg R. Evaluation of 2'-hydroxyl protection in RNA-synthesis using the H-phosphonate approach. // Nucleic Acids Res. 1994. V. 22. N. l.P. 94−99.
  79. Tanaka Т., Tamatsukuri S., Ikehara M. Solid phase synthesis of oligoribonucleotides using the o-nitrobenzyl group for 2'-hydroxyl protection and H-phosphonate chemistry. //Nucleic Acids Res. 1987. V. 15. N. 18. P. 7235−7248.
  80. Markiewicz W.T., Biala E., Kierzek R. Application of the tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl group in the chemical synthesis of oligoribonucleotides. // Bull. Pol. Acad. Sci. 1984. V. 32. N. 11−12. P. 433−451.
  81. Э., Рекис А., Биздена Э. Синтез олигорибонуклеотидов Н-фосфонатным методом с использованием щелочнолабильных 2'-0-защитных групп. III. Исследование кинетики 2'→ 3' -миграции ароильных групп. // Биоорган, химия 1992. Т. 18. N. 1. С. 107−111.
  82. Rozners Е., Stromberg R., Bizdena Е. Synthesis of RNA fragments using the H-phosphonate method and 2'-(2-chlorobenzoyl) protection. // Nucleosides Nucleotides. 1995. V. 14. N. 3−5. P. 855−857.
  83. Rozners E., Kumpins V., Bizdena E. Synthesis of oligoribonucleotides by the H-phosphonate approach using labile 2'-0-protective groups. // Nucl. Acids Symp. Ser. 1991. N. 24. P. 47−48.
  84. Westman E., Sigurdsson S., Aimer H., Thelin M., Stawinski J., Rozners E., Stromberg R. RNA-synthesis using the H-phosphonate approach and an improved protecting group strategy. // Nucleosides Nucleotides. 1995. V. 14. N. 3−5. P. 883 887.
  85. Stawinski J., Stromberg R., Thelin M., Westman E. Evaluation of the use of the t-butyldimethylsilyl group for 2'-protection in RNA-synthesis via the H-phosphonate approach. //Nucleosides Nucleotides. 1988. V. 7. N. 3. P. 321−337.
  86. Zhang X., Abad J.-L., Huang Q., Zeng F., Gaffney B.L., Jones R.A. High yield protection of purine ribonucleosides for H-phosphonate RNA synthesis. // Tetrahedron Lett. 1997. V. 38. N. 41. P. 7135−7138.
  87. Arnold L., Smrt J., Schiesswohl M., Kocis P., Sprinzl M. Chemical synthesis of biologically active RNA on solid support by H-phosphonate method. // Collect. Czech. Chem. Commun. 1990. V. 55. N. 1. P. 201−204.
  88. Uhlmann E., Engels J. Chemical 5'-phosphorylation of oligonucleotides valuable in automated DNA synthesis. // Tetrahedron Lett. 1986. V. 27. N. 9. P. 1023−1026.
  89. Horn Т., Urdea M.S. A chemical 5'-phosphorylation of oligodeoxyribonucleotides that can be monitored by trityl cation release. // Tetrahedron Lett. 1986. V. 27. N.39. P. 4705−4708.
  90. С.А., Есипов Д. С., Калиниченко C.B., Добрынин В. Н. Синтез 5'-фосфорилированных олигодезоксинуклеотидов Н-фосфонатным методом. // Биоорган, химия 1989. Т. 15. N. 4. С. 527−529.
  91. Ю9.Рейнтамм Т., Меллер У., Орецкая Т. С., Шабарова З. А., Ломакин А. И. Полуавтоматический синтез олигодезоксирибонуклеотидов с концевыми фосфатными группами гидрофосфорильным методом. // Биоорган, химия. 1990. Т. 16. N. 4. С. 524−530.
  92. Masters J.C., Ng P., Jhurani P., Vasser M., Bischofberger N. 5'-Phosphorylation of oligonucleotides with phosphorous acid in automated DNA synthesis. // Nucleosides Nucleotides. 1990. V. 9. N. 8. P. 1079−1086.
  93. Parham W.E., Anderson E.L. The protection of hydroxyl groups. // J. Am. Chem. Soc. 1948. V. 70. N. 12. P. 4187−4189.
  94. Reese C.B. The chemical synthesis of oligo- and polyribonucleotides. // Nucleic Acids and Molecular Biology. V. 3. / Eds by Eckstein F., Lilley D.M.J. Berlin- Heidelberg: Springer-Verlag, 1989. P. 164−187.
  95. Beaucage S.L., Iyer R.P. Advances in the synthesis of oligonucleotides by the phosphoramidite approach. // Tetrahedron. 1992. V. 48. N.12. P. 2223−2311.
  96. Tanimura H., Sekine M., Hata T. Chemical synthesis of RNA fragments related to the C4N hypothesis. // Nucleosides Nucleotides. 1986. V. 5. N. 4. P. 363−383.
  97. Griffin B.E., Jarman M., Reese C.B. The synthesis of oligoribonucleotides IV. Preparation of dinucleoside phosphates from 2', 5'-protected ribonucleoside derivatives. //Tetrahedron. 1968. V. 24. N. 18. P. 639−662.
  98. Markiewicz W.T., Biala E., Kierzek R. Application of the tetraisopropyldisiloxane-1,3-diyl group in the chemical synthesis of oligoribonucleotides. // Bull. Pol. Acad. Sci.: Chemistry. 1984. V. 32. N. 11−12. P. 433−451.
  99. Anschutz R., Emery W.O. Uber die Einwirkung von Phosphortrichlorid auf Salicylsaure und auf Phenol. // Ann. 1887. V. 239. N. 3. P. 301−313.
  100. Young R.W. A re-examination of the reaction between phosphorus trichloride and salicylic acid. // J. Am. Chem. Soc. 1952. V. 74. N. 7. P. 1672−1673.
  101. Jager A., Charubala R. Pfleiderer W. Synthesis and characterization of deoxy- and ribo H-phosphonate dimers. //Nucleic Acids Symp. Ser. 1987. N. 18. P. 197−200.
  102. Esipov D.S., Esipova O.V., Korobko V.G. Synthesis of 3'-azido-3'-deoxythymidine-terminated oligonucleotides. // Nucleosides Nucleotides. 1998. V. 17. N. 9−11 P. 1697−1704.
  103. Hirao I., Ishikawa M., Miura K. Solid-phase synthesis of oligoribonucleotides. // Nucleic Acids Res. Symp. Ser. N. 16. 1985. P. 173−176.
  104. Morgan M.A., Kazakov S.A., Hecht S.M. Phosphoryl migration during the chemical synthesis of RNA. //Nucleic Acids Res. 1995. V. 23. N. 19. P. 3949−3953.
  105. Donis-Keller H., Maxam F., Gilbert W. Mapping adenines, guanines and pyrimidines in RNA. //Nucleic Acids Res. 1977. V. 4. N. 8. P. 2527−2538.
  106. Damha M.J., Ganeshan K., Hudson R.H.E., Zabarylo S.V. Solid-phase synthesis of branched oligoribonucleotides ralated to messenger RNA splicing intermediates. // Nucleic Acids Res. 1992. V. 20. N. 24. P. 6565−6573.
  107. Sinha N.D. Large-scale oligonucleotide synthesis using the solid-phase approach. // Protocols for oligonucleotides and analogs. / Ed. Agrawal S. Totowa, NJ: Humana Press Inc. 1993. P. 437−463.
  108. Seliger H. Scale-up of oligonucleotide synthesis. // Protocols for oligonucleotides and analogs. / Ed. Agrawal S. Totowa, NJ: Humana Press Inc. 1993. P. 391−435.
  109. Ogilvie K.K., Theriault N.Y., Seifert J.-M., Pon R.T., Nemer M.J. The chemical synthesis of oligoribonucleotides. IX. A comparison of protecting groups in the dichloridite procedure. // Can. J. Chem. 1980. V. 58. P. 2686−2693.
  110. Bulygin K.N., Graifer D.M., Repkova M.N., Smolenskaya I.A., Veniyaminova A.G., Karpova G.G. Nucleotide G-1207 of 18S rRNA is an essential component of the human 80S ribosomal decoding center. // RNA. 1997. N. 3. P. 1480−1485.
  111. А.А., Васенева О. Г., Веньяминова А. Г., Репкова М. Н., Карпова Г. Г. Белковое окружение последовательности 609−618 района '530 stem-loop» 18S рРНК в 40S субчастицах рибосом человека. // Молекулярн. биология. 1998. Т. 32. N. 3. С. 452−459.
  112. Sergeeva Z.A., Venjaminova A.G., Zarytova V.F. Comparative study of modification of DNA and RNA by oligo (2'-0-methylribonucleotide) derivatives. // Nucleosides Nucleotides. 1998. V. 17. N. 9−11. P. 2153−2156.
  113. Venyaminova A.G., Sergeyeva Z.A., Lokhov S.G., Repkova M.N. Synthesis of oligo (2'-0-methylribonucleotide) derivatives carrying 5'-hydrophobic groups and thermal stability of their duplex. //Nucl. Acids Symp. Ser. N.24. 1991. P. 264.
  114. Zarytova V.F., Venjaminova A.G., Serguyeva Z.A., Repkova M.N., Arnold L., Smrt J. Oligoribonucleotides and their 2'-0-Me-analogs carrying alkylating and intercalating groups. //Nucleosides Nucleotides. 1991. V. 10. N. 1−3. P. 679−680.
  115. Levina A.S., Berezovskii M.V., Venyaminova A.G., Dobrikov M.I., Repkova M.N., Zarytova V.F. Photomodification of RNA and DNA fragments by oligonucleotide reagents bearing arylazide groups. // Biochimie. 1993. V. 75. P. 25−27.
  116. Pyshnyi D.V., Repkova M.N., Lokhov S.G., Ivanova E.M., Venjaminova A.G., Zarytova V.F. Oligonucleotide-peptide conjugates for RNA cleavage. // Nucleosides Nucleotides. 1997. V. 16. N. 7−9. P. 1571−1574.
  117. Frolova L., Le Goff X., Zhouravleva G., Davydova E., Philippe M., Kisselev L. Eukaryotic polypeptide chain release factor eRF3 is an eRFl- and ribosome-dependent guanosine triphosphatase. // RNA. 1996. N. 2. P. 334−341.
  118. Hanna М.М. Photoaffinity cross-linking methods for studying RNA-protein interactions. // Methods in Enzymology / Eds Dahlberg J.E., Abelson J.N. San Diego-
  119. New York- Berkeley- Boston- London- Sydney- Tokyo- Toronto: Acad. Press, 1989. V. 180. P.383−409.
  120. Syl vers L.A., Wo wer J. Nucleic acid-incorporated azidonucleotides: probes for studying the interaction of RNA or DNA with proteins and other nucleic acids. // Bioconjugate Chem. 1993. V. 4. N. 6. P. 411−419.
  121. D.G., Vlassov V.V., Zarytova V.F., Lebedev A.V., Fedorova O.S. // Design and Targeted Reactions of Oligonucleotide Derivatives. Boca Raton- Ann Arbor- London- Tokyo: CRC Press, 1994.
  122. Г. Я., Кубарева E.A., Громова E.C. Методы ковалентного присоединения нуклеиновых кислот и их производных к белкам. // Усп. химии. 1996. Т. 65. N. 8. С. 765−781.
  123. Meisenheimer K.M., Koch Т.Н. Photocross-linking of nucleic acids to associated proteins. // Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1997. V.32. N.2. P.101−140.
  124. Knorre D.G., Godovikova T.S. Photoaffinity labeling as an approach to study supramolecular nucleoprotein complexes. // FEBS Lett. 1998. V. 433. N. l-2. P. 9−14.
  125. Brunner J. New photolabeling and cross-linking methods. // Annu. Rev. Bioochem. 1993. V. 62. P. 483−514.
  126. H., Staros J.V. // Azides and nitrenes: reactivity and utility. / Ed. Scriven E.F.V. Orlando, FL: Acad. Press, 1984. P. 433−490.
  127. Н.П., Притчина E.A. Механизм фотолиза ароматических азидов. // Усп. химии. 1992. Т. 61. Вып. 5. С. 910−939.
  128. Shuster G.B., Platz M.S. Photochemistry of phenyl azide. // Adv. Photochem. 1992. V. 17. P. 69−142.
  129. Keana J.F.W., Cai S.X. Functionalized perfluorophenyl azides: new reagents for photoaffinity labeling // J. Fluorine Chem. 1989. V. 43. N. 3. P. 151−154.
  130. Soundararajan N., Platz M.S. Descriptive photochemistry of polyfluorinated azide derivatives of methyl benzoate. // J. Org. Chem. 1990. V. 55. N. 7. P. 2034−2044.
  131. Soundararajan N., Liu S. H., Soundararajan S., Platz M.S. Synthesis and binding of new polyfluorinated aryl azides to a-chymotrypsin. New reagents for photoaffinity labeling. // Bioconjugate Chem. 1993. V. 4. N. 4. P. 256−261.
  132. К.А., Рое R., Leyva E., Soundararajan N., Platz M.S. Exploratory photochemistry of fluorinated aryl azides. Implications for the design of photoaffinity labeling reagents. // Bioconjugate Chem. 1993. V. 4. N. 2. P. 172−177.
  133. М.И., Гайдамаков С. А., Кошкин А. А., Шишкин Г. В., Власов В. В. Фотомодификация ДНК каталитической двухкомпонентной системой олигонуклеотидов, несущих остатки бензантрацена и перфторарилазида. // Докл. РАН. 1996. Т. 351. N. 4. С. 547−550.
  134. В.В., Максакова Г. А., Федорова О. С. Фотомодификация ДНК перфторарилазидо-производным олигонуклеотида. // Биоорган, химия. 1997. Т. 23. N. 4. С. 266−272.
  135. Doronin S.V., Dobrikov M.I., Buckle М&bdquo- Roux P., Buc H., Lavrik O.I. Affinity modification of human immunodeficiency virus reverse transcriptase and DNA template by photoreactive dCTP analogs. // FEBS Lett. 1994. V. 354. N. 2. P. 200 202.
  136. Н.Д., Горожанкин A.B., Годовикова T.C., Сильников В. Н., Кнорре Д. Г. Аффинная модификация хроматина фотоактивируемыми производными олиготимидилатов. //Докл. РАН. 1996. Т. 349. N. 6. С. 822−825.
  137. В.Ф., Райт В. К., Черникова Т. С. Действие активирующих реагентов на межнуклеотидные связи в полирибонуклеотиде. // Биоорган, химия. 1977. Т. 3. N. 12. С. 1626−1632.
  138. V. Т. Die oxidations-reductions-kondensation. // Angew. Chem. 1976. V. 88. N. 4. P. 111−119.
  139. Mukaiyama V.T. An application of organic phosphorus compounds in the peptide and nucleotide synthesis. // Phosphorus and sulfur. 1976. V. 1. P. 371−387.
  140. Г. Ф., Самуков B.B., Шубина Т. Н. Селективная модификация монозамещенных фосфатных групп в 5'-моно- и полифосфатах нуклеозидов и олигонуклеотидов. // Биоорган, химия. 1979. Т. 5. N. 6. С. 886−894.
  141. T.C., Зарытова В. Ф., Мальцева T.B., Халимская JI.M. Активные производные олигонуклеотидов с цвиттер-ионной концевой фосфатной группой для конструирования аффинных реагентов и зондов. // Биоорган, химия. 1989. Т. 15. N. 9. С. 1246−1252.
  142. Zarytova V. Ivanova Е. Venyaminova A. Design of functional diversity in oligonucleotides via zwitter-ionic derivatives of deprotected oligonucleotides. // Nucleosides Nucleotides. 1998. V. 17. N. 1−3. P. 649−662.
  143. Graifer D.M., Zenkova M.A., Malygin A.A., Mamaev S.V., Mundus D.A., Karpova G.G. Identification of a site of human placenta ribosomes in the region of the mRNA binding center. // J. Mol. Biol. 1990. V. 214. N. 1. P. 121−128.
  144. T.C., Зарытова В. Ф., Лохов С. Г., Мальцева Т. В., Сергеев Д. С. Синтез, структура и свойства рубомициновых производных моно- и олигонуклеотидов. // Биоорган, химия. 1990. Т. 16. N. 10. С. 1369−1378.
  145. М.И., Приходько T.A., Сафронов И. В., Шишкин Г. В. Синтез и свойства светочувствительных капроновых мембран. Фотоиммобилизация ДНК. // Сиб. хим. журн. 1992. Вып. 2. С. 18−24.
  146. В.А., Бурякова А. А., Ревердатто С. В., Чахмахчева О. Г. Применение N-метилимидазолидного фосфотриэфирного метода для получения олигонуклеотидов, полезных при изучении рекомбинантных ДНК. // Биоорган, химия. 1983. Т. 9. N. 10. С. 1367−1381.
  147. А.И., Ястребов С. И., Попов С. Г. Автоматический синтез олигодезоксирибонуклеотидов. I. Исследование носителей на основе силикагеля марки «Силохром». // Биоорган, химия. 1985. Т.П. N.7. С.920−926.
  148. P.N. // Handbook of Biochemistry and Molecular Biology. V.l./ Ed. G.D. Fasman. Cleveland: CRC Press, 1975. P. 589.
  149. Stahl D., Krupp G., Stackebrandt E. RNA sequencing. // Nucleic acids sequencing. A practical approach. / Eds Howe C.J., Ward E.S. Oxford- New York- Tokyo: IRL Press, 1989. P. 137−183.
  150. Д.Г., Грачев С. А. Определение нуклеотидной последовательности в ДНК модифицированным химическим методом. // Биоорган, химия. 1977. Т. 3. N. 10. С. 1420−1422.
  151. Barker R.F. Maxam and Gilbert sequencing using one metre gel system. // Nucleic acids sequencing. A practical approach. / Eds Howe C.J., Ward E.S. Oxford- New York- Tokyo: IRL Press, 1989. P. 117−135.
Заполнить форму текущей работой

Сессия? Спокойно!