Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

Разработка подходов для изучения механизма действия и поиска новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1

Диссертация: Разработка подходов для изучения механизма действия и поиска новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Одной из самых привлекательных мишеней для разработки ингибиторов ВИЧ-1 является вирусный фермент интеграза (ИИ), катализирующая интеграцию вирусной ДНК в клеточную — ключевую стадию в репликативном цикле ВИЧ. Показано, что вирус, содержащий дефектную интегразу, не способную осуществлять интеграцию вирусной ДНК, не размножается в культуре клеток, Это говорит о ключевой роли стадии интеграции… Читать ещё >

Разработка подходов для изучения механизма действия и поиска новых ингибиторов интегразы ВИЧ-1 (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ
  • 1. ВВЕДЕНИЕ
  • 2. ПРОБЛЕМЫ И ПЕРСПЕКТИВЫ КЛИНИЧЕСКОГО ПРИМЕНЕНИЯ ИНГИБИТОРОВ ИНТЕГРАЦИИ ВИЧ-1 /обзор литературы/
    • 2. 1. СТАДИИ ВИЧ-ИНФЕКЦИИ
    • 2. 2. МЕХАНИЗМ ИНТЕГРАЦИИ ВИЧ
      • 2. 2. 1. Реакции, осуществляемые ИН
      • 2. 2. 2. Строение ИН
    • 2. 3. СОЗДАНИЕ ИНГИБИТОРОВ ИНТЕГРАЦИИ ВИЧ-1, ПОДАВЛЯЮЩИХ РЕАКЦИЮ ПЕРЕНОСА ЦЕПИ
      • 2. 3. 1. L-731,
      • 2. 3. 2. 5С1ТЕР
      • 2. 3. 3. S
      • 2. 3. 4. L-870,810 и L-870,
    • 2. 4. РАЛТЕГРАВИР — ПЕРВЫЙ РАЗРЕШЕННЫЙ К ПРИМЕНЕНИЮ ИНГИБИТОР ИНТЕГРАЦИИ ВИЧ
      • 2. 4. 1. Создание ралтегравира
      • 2. 4. 2. Фармакокинетика и взаимодействие с компонентами ВААРТ
      • 2. 4. 3. Клинические испытания
      • 2. 4. 4. Безопасность
      • 2. 4. 5. Рекомендации к применению
      • 2. 4. 6. Возникновение устойчивости к ралтегравиру
    • 2. 5. АНАЛОГИ РАЛТЕГРАВИРА — ИНГИБИТОРЫ ИНТЕГРАЦИИ ВИЧ
      • 2. 5. 1. МК
      • 2. 5. 2. BMS
      • 2. 5. 3. Элвитегравир (GS-9137)
        • 2. 5. 3. 1. Фармакокинетика и взаимодействие с компонентами ВААРТ
        • 2. 5. 3. 2. Клинические испытания
        • 2. 5. 3. 3. Безопасность
        • 2. 5. 3. 4. Возникновение устойчивости к элвитегравиру
      • 2. 5. 4. GSK
      • 2. 5. 5. S/GSK
      • 2. 5. 6. Новые ингибиторы ИН, созданные на основе ралтегравира
      • 2. 5. 7. Перспективы применения аналогов ралтегравира в качестве ингибиторов интеграции
    • 2. 6. АЛЬТЕРНАТИВНЫЕ ПУТИ ИНГИБИРОВАНИЯ ИНТЕГРАЦИИ ВИЧ
      • 2. 6. 1. Ингибиторы З'-процессинга
      • 2. 6. 2. Аллостерические ингибиторы
      • 2. 6. 3. Ингибиторы мультимеризации интегразы
      • 2. 6. 4. Ингибиторы взаимодействия ИН с LEDGF/p

Синдром приобретенного иммунодефицита человека (СПИД) — одна из самых масштабных эпидемий конца XX — начала XXI вв. СПИД вызывается вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ), который поражает иммунную систему организма. Согласно оценкам всемирной организации здравоохранения, к концу 2008 года число людей, зараженных ВИЧ, во всем мире составляло 33,4 миллиона человек (Рис. 1) [1]. Число людей, заразившихся ВИЧ в 2008 году, составило 2.7 миллиона человек, более 2.1 миллионов человек умерли от СПИДа. Каждый день в мире вирусом СПИДа заражаются 7400 человек. Одни из самых высоких темпов роста заражения ВИЧ-инфекцией в мире наблюдаются в Украине и России. По некоторым оценкам, распространенность ВИЧ среди взрослого населения России составляет более 1.1% (Рис. 1) [1]. Именно поэтому задача разработки эффективных лекарственных препаратов для борьбы с этим вирусом является особенно актуальной для нашей страны. ъ.

Fiic. I. Глобальная картина ВИЧ-мнфекцин по данным всемирной организации здравоохранения (на начало 2009 года) [I]. Слева вверху указана шкала показателя распространенности ВИЧ (в %) среди взрослых 15−49 лет.

Одной из самых привлекательных мишеней для разработки ингибиторов ВИЧ-1 является вирусный фермент интеграза (ИИ), катализирующая интеграцию вирусной ДНК в клеточную — ключевую стадию в репликативном цикле ВИЧ. Показано, что вирус, содержащий дефектную интегразу, не способную осуществлять интеграцию вирусной ДНК, не размножается в культуре клеток [2], Это говорит о ключевой роли стадии интеграции в репликативном цикле ВИЧ. Кроме того, остановка репликации вируса при нарушении функций интегразы свидетельствует также о том, что клетка не содержит каких-либо собственных ферментов, способных катализировать интеграцию. В связи с этим, ингибиторы, специфично подавляющие каталитическую активность ИН, не должны влиять на другие клеточные процессы и, как следствие, должны быть менее токсичны для клетки и всего организма в целом по сравнению с ингибиторами других стадий репликативного цикла ВИЧ.

На настоящий момент протестировано более 250 ООО потенциально-возможных ингибиторов интегразы, но только один из них — препарат Isentress™ или ралтегравир — официально разрешен к применению в качестве одного из компонентов высокоактивной антиретровирусной терапии (ВААРТ) [3, 4]. Данный вид терапии помимо ингибитора ИН включает лекарственные препараты, направленные на подавление трех стадий репликативного цикла ВИЧ: обратной транскрипции, протеолитического созревания и проникновения вирусной частицы в клетку. Необходимость использования комплексной терапии обусловлена быстрой эволюцией ВИЧ, которая приводит к появлению устойчивых к препаратам форм вируса. Однако даже комплексная терапия не способна полностью подавить репликацию вируса и с течением времени к ней развивается устойчивость. Так показано, что устойчивость к ралтегравиру развивается у некоторых пациентов в течение 12 недель [5]. Необходимо отметить, что на стадии клинических испытаний находятся только близкие к ралтегравиру по механизму действия ингибиторы. Уже показано, что к ним развивается устойчивость, перекрестная с ралтегравиром [6]. В связи с этим разработка новых ингибиторов интеграции, механизм действия которых отличается от действия ралтегравира, является актуальной задачей.

Поиск новых ингибиторов осложняется тем, что зачастую активные in vitro ингибиторы, оказываются неактивными in vivo [7, 8]. Эксперименты на культуре ВИЧ-инфицированных клеток достаточно трудоемки и дороги, поэтому, несомненно, актуальным является создание системного подхода к оценке механизма действия ингибиторов, который позволил бы отсеять соединения, неспособные работать in vivo, а также обладающие механизмом действия, схожим с уже известными ингибиторами, к которым выработались устойчивые штаммы вируса.

Цель настоящей работы заключалась в создании системы методов, позволяющей охарактеризовать механизм ингибирования ИН различными соединениями и дать рекомендации по дальнейшему применению новых ингибиторов. Была разработана и апробирована система подходов для характеристики ингибиторов ИН с различными механизмами действия in vitro. Эта система, в частности, позволяет сказать какой этап интеграции подавляется, связывается ли ингибитор в каталитическом центре ИН или с С-концевым доменом белка, взаимодействует ли ингибитор с ионом металла в активном центре ИН, способен ли действовать на пресформированный комплекс ИН/ДНК. Разработана методика, позволяющая изучать влияние ингибитора на правильную укладку ДНК в активном центре ИН. Кроме того, изучено влияние клеточного партнера ИН, LEDGF/p75, на каталитическую и ДНК-связывающую активность фермента. С использованием метода кросс-линкинга уточнено расположение вирусной ДНК в ее комплексе с ИН и LEDGF. Предложено использовать комплекс ИН/LEDGF в качестве более адекватной модели для характеристики действия ингибиторов ИН ВИЧ-1 in vitro. Исследование действия ингибиторов на активность ИН в комплексе с LEDGF позволит дать рекомендации к дальнейшему изучению их действия на культуре ВИЧ-инфицированных клеток.

Совокупность предложенных подходов была использована для поиска и характеристики новых ингибиторов ИН ВИЧ-1. Найден новый класс низкомолекулярных ингибиторов интегразы: нитробензофуроксаны/ нитробензофуразаны, изучен механизм их действия и показано, что они относятся к ингибиторам З'-процессинга, связываются в активном центре ИН, препятствуют связыванию в нем ДНК-субстрата ' и не взаимодействуют с ионом металла-кофактора.

Исследовано влияние димерных бисбензимидазолов (DBBI) на процесс интеграции. Показано, что эти соединения способны ингибировать обе стадии интеграции за счет нарушения правильной укладки ДНК-субстрата в активном центре ИН. Эффективность ингибирования зависит от природы линкера, соединяющего пары бензимидазолов, и может различаться в 300 раз. На основании всех полученных результатов сделан вывод о том, что разная ингибирующая активность DBBI обусловлена разным механизмом их действия: DBBI с гептаметиленовым линкером является конкурентным ингибитором интегразы, в то время как для DBBI с триэтиленгликолевым линкером предполагается неконкурентный или более сложный механизм ингибирования.

Работа включает обзор литературы, посвященный проблемам и перспективам клинического применения ингибиторов интеграции ВИЧ-1.

6. выводы.

1. Разработан набор подходов, позволяющий охарактеризовать механизм действия ингибиторов интегразы ВИЧ-1 in vitro.

2. Охарактеризован комплекс интегразы с ее клеточным кофактором LEDGF/p75- установлено, что в присутствии LEDGF ускоряется связывание, увеличивается начальная скорость и эффективность З'-процессинга 40-звенного ДНК-субстратаопределено, что шестое положение непроцессируемой цепи субстрата сближено с остатком лизина 264 интегразы.

3. Найден новый класс ингибиторов интегразы — нитробензофуроксаны/ нитробензофуразаныс использованием разработанных подходов изучен механизм их действия и показано, что они относятся к ингибиторам З'-процессинга, связываются в активном центре фермента и препятствуют связыванию в нем ДНКсубстрата.

4. Показано, что димерные бисбензимидазолы, DBBI, способны ингибировать обе стадии интеграции, при этом эффективность ингибирования существенно зависит от природы линкера, соединяющего остатки бисбензимидазолаустановлено, что DBBI взаимодействуют с интегразой и препятствуют правильной укладке ДНК в ее активном центрена основании всех полученных результатов сделан вывод о том, что разная ингибирующая активность DBBI (7) и DBBI (8) обусловлена разным механизмом их действия: DBBI (7) является конкурентным ингибитором интегразы, в то время как для DBBI (8) предполагается скорее неконкурентный механизм ингибирования.

Показать весь текст

Список литературы

  1. http://www.unaids.org/ru
  2. Сага A., Guarnaccia F., Reitz M.S. Jr., Gallo R.C., Lori F. Self-limiting, cell type-dependent replication of an integrase-defective human immunodeficiency virus type 1 in human primary macrophages but not T lymphocytes. // Virology, 1995, 208,242−248-
  3. FDA approves raltegravir tablets. // AIDS Patient Care STDS, 2007,21(11), 889.
  4. Т.А., Сычева A.M., Агапкина Ю. Ю., Александров Д. А., Готтих М. Б. Ингибиторы интегразы ВИЧ-1 как новый компонент противовирусной терапии. // Успехи химии, 2008, 77(5), 445−459.
  5. Farnet C.M., Wang В., Lipford J.R., Bushman F.D. Differential inhibition of HIV-1 preintegration complexes and purified integrase protein by small molecules. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93(18), 9742−9747.
  6. Neamati N., Mazumder A., Zhao H., Sunder S., Burke T.R. Jr., Schultz R.J., Pommier Y. Diarylsulfones, a novel class of human immunodeficiency virus type 1 integrase inhibitors. // Antimicrob. Agents Chemother., 1997, 41(2), 385−393.
  7. Simon V., Ho D.D., Abdool Karim Q. HIV/AIDS epidemiology, pathogenesis, prevention, and treatment. И Lancet, 2006, 368(9534), 489−504.
  8. Turner B.G., Summers M.F. Structural biology of HIV. II J. Mol. Biol., 1999, 285, 1−32.
  9. Miller M. D., Farnet С. M., Bushman F. D. Human immunodeficiency virus type 1 preintegration complexes: studies of organization and composition. // J. Virol., 1997, 71, 5382−5390.
  10. Piller S.C., Caly L., Jans D.A. Nuclear import of the pre-integration complex (PIC): the achilles heel of HIV? // Cur. Drug. Targets, 2003, 409−429.
  11. Li L., Olvera J., Yoder K., Mitchell R.S., Butler S.L., Lieber M., Martin S.L., Bushman F.D. Role of non-homologous end joining pathway in early steps of retroviral infection. // EMBO J., 2001,20, 3272−3281.
  12. Farnet C.M., Bushman F.D. HIV-1 cDNA integration: requirement of HMG I (Y) protein for function of preintegration complen complexes in vitro. // Cell, 1997, 88, 483−492.
  13. Lin C.W., Engelman A. The barrier-to-autointegration factor is a component of functional HIV type 1 preintegration complexes. II J. Virol., 2003, 77, 5030−5036.
  14. Marcelin A.G., Ceccherini-Silberstein F., Perno C.F., Calvez V. Resistance to novel drug classes. // Curr. Opin. HIV AIDS, 2009, 4(6), 531−537.
  15. Al-Mawsawi L.Q., Al-Safi R.I., Neamati N. Anti-infectives: clinical progress of HIV-1 integrase inhibitors. I I Expert Opin. Emerg. Drugs, 2008,13(2), 213−225.
  16. Ю. Ю., Приказчикова Т. А., Смолов M. А., Готтих М. Б. Структура и функции интегразы ВИЧ-1. // Yen. Биол. Хим., 2005,45, 87−122.
  17. Engelman A., Cherepanov P. The lentiviral integrase binding protein LEDGF/p75 and HIV-1 replication. /I PLoSPathog., 2008, 4(3), el000046.
  18. Delelis О., Carayon К., Saib A., Deprez E., Mouscadet J.F. Integrase and integration: biochemical activities of HIV-1 integrase. // Retrovirology, 2008, 5, 114.
  19. Zheng R., Jenkins T.M., Craigie R. Zinc folds the N-terminal domain of HIV-1 integrase, promotes multimerization, and enhances catalytic activity. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93(24), 13 659−13 664.
  20. Gallay P., Hope Т., Chin D., Trono D. HIV-1 infection of nondividing cells through the recognition of integrase by the importin/karyopherin pathway. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2005, 94, 9825−9830.
  21. Podtelezhnikov A.A., Gao K., Bushman F.D., McCammon J.A. Modeling HIV-1 integrase complexes based on their hydrodynamic properties. // Biopolymers., 2003, 68(1), 110−120.
  22. Wielens J., Crosby I.T., Chalmers D.K. A three-dimensional model of the human immunodeficiency virus type 1 integration complex. // J. Comput. Aided Mol. Des., 2005, 19(5), 301−317.
  23. Ren G., Gao K., Bushman F.D., Yeager M. Single-particle image reconstruction of a tetramer of HIV integrase bound to DNA. II J. Mol. Biol., 2007, 366(1), 286−294.
  24. Hare S., Gupta S.S., Valkov E., Engelman A., Cherepanov P. Retroviral intasome assembly and inhibition of DNA strand transfer. II Nature, 2010, 464(7286), 232−236.
  25. Sinha S., Pursley M.H., Grandgenett D.P. Efficient concerted integration by recombinant human immunodeficiency virus type 1 integrase without cellular or viral cofactors. // J. Virol., 2002,76,3105−3113.
  26. Van Maele В., Debyser Z. HIV-1 Integration: an interplay Between HIV-1 Integrase, Cellular and Viral Proteins. II AIDS Rev., 2005, 7, 26−43.
  27. Yu F., Jones G.S., Hung M., Wagner A.H., MacArthur H.L., Liu X., Leavitt S., McDermott M.J., Tsiang M. HIV-1 integrase preassembled on donor DNA is refractory to activity stimulation by LEDGF/p75. // Biochemistry, 2007,46(10), 2899−2908.
  28. Marchand C., Zhang X., Pais G.C.G., Cowansage K., Neamati N., Burke T.R., Pommier Y. Structural determinants for HIV-1 integrase inhibition by p-diketo acids. // J. Biol. Chem., 277, 2002, 12 596−12 603.
  29. Billich A. S-1360 Shionogi-GlaxoSmithKline. // Curr. Opin. Investig. Drugs, 2003, 4(2), 206−209.
  30. Schafer J.J., Squires K.E. Integrase inhibitors: a novel class of antiretroviral agents. // Ann. Pharmacother., 2010, 44(1), 145−156.
  31. Menard A., Solas C., Mokthari S., Bregigeon S., Drogoul M.P., Tamalet C., Lacarelle В., Martin I.P. Etravirine-raltegravir, a marked interaction in HIV-1-infected patients: about four cases. II AIDS, 2009, 23(7), 869−871.
  32. FDA notifications. Raltegravir indication extended for treatment-naive patients. // AIDS Alert, 2009, 24(8), 93.
  33. Serrao E., Odde S., Ramkumar K., Neamati N. Raltegravir, elvitegravir, and metoogravir: the birth of «me-too» HIV-1 integrase inhibitors. // Retrovirology, 2009, 6, 25.
  34. Correll Т., Klibanov O.M. Integrase inhibitors: a new treatment option for patients with human immunodeficiency virus infection. И Pharmacotherapy, 2008, 28(1), 90−101.
  35. DeJesus E., Berger D., Markowitz M., Cohen C., Hawkins Т., Ruane P., Elion R., Farthing
  36. Ceccherini-Silberstein F., Malet I., D’Arrigo R., Antinori A., Marcelin A.G., Perno C.F. Characterization and structural analysis of HIV-1 integrase conservation. II AIDS Rev., 2009, 11(1), 17−29.
  37. Goethals O., Clayton R., Van Ginderen M., Vereycken I., Wagemans E., Geluykens P., Dockx K., Strijbos R., Smits V., Vos A., Meersseman G., Jochmans D., Vermeire K., Schols
  38. D., Hallenberger S., Hertogs K. Resistance mutations in human immunodeficiency virus type 1 integrase selected with elvitegravir confer reduced susceptibility to a wide range of integrase inhibitors. II J. Virol., 2008, 82(21), 10 366−10 374.
  39. Min S., Song I., Borland J., Chen S., Lou Y., Fujiwara Т., Piscitelli S.C. Pharmacokinetics and safety of S/GSK1349572, a next-generation HIV integrase inhibitor, in healthy volunteers. /I Antimicrob. Agents Chemother., 2010, 54(1), 254−258.
  40. Ramkumar K., Serrao E., Odde S., Neamati N. HIV-1 integrase inhibitors: 2007−2008 update. II Med. Res. Rev., 2010, 30(5), 750−814.
  41. Di Francesco M.E., Pace P., Fiore F., Naimo F., Bonelli F., Rowley M., Summa V. Development of 2-t butyl-N-methyl pyrimidones as potent inhibitors of HIV integrase. // Bioorg. Med. Chem. Lett., 2008, 18(8), 2709−2713.
  42. Jin H., Wright M., Pastor R., Mish M., Metobo S., Jabri S., Lansdown R, Cai R., Pyun P., Tsiang M., Chen X., Kim C.U. Tricyclic HIV integrase inhibitors: potent and orally bioavailable C5-aza analogs. И Bioorg. Med. Chem. Lett., 2008, 18(4), 1388−1391.
  43. Marinello J., Marchand C., Mott B.T., Bain A., Thomas C.J., Pommier Y. Comparison of raltegravir and elvitegravir on HIV-1 integrase catalytic reactions and on a series of drug-resistant integrase mutants. // Biochemistry, 2008, 47(36), 9345−9354.
  44. Nakahara K., Wakasa-Morimoto C., Kobayashi M., Miki S., Noshi Т., Seki Т., Kanamori-Koyama M., Kawauchi S., Suyama A., Fujishita Т., Yoshinaga Т., Garvey E.P., Johns B.A.,
  45. Foster S.A., Underwood M.R., Sato A., Fujiwara T. Secondary mutations in viruses resistant to HIV-1 integrase inhibitors that restore viral infectivity and replication kinetics. // Antiviral Res., 2009,81(2), 141−146.
  46. Deprez E., Barbe S., Kolaski M., Leh H., Zouhiri F., Auclair C., Brochon J.-C., Le Bret M., Mouscadet J.-F. Mechanism of HIV-1 integrase inhibition by styrylquinoline derivatives in vitro. И Mol. Pharmacol., 2004, 65 (1), 85−98.
  47. Pannecouque C., Pluymers W., Van Maele В., Tetz V., Cherepanov P., De Clercq E., Witvrouw M., Debyser Z. New class of HIV integrase inhibitors that block viral replication in cell culture. II Curr. Biol., 2002, 12(14), 1169−1177.
  48. Al-Mawsawi L. Q, Fikkert V., Dayam R., Witvrouw M., Burke Jr. T.R., Borchers C.H., Neamati N. Discovery of a small-molecule HIV-1 integrase inhibitor-binding site. II Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2006, 103(26), 10 080−10 085.
  49. Al-Mawsawi L.Q., Christ F., Dayam R., Debyser Z., Neamati N. Inhibitory profile of a LEDGF/p75 peptide against HIV-1 integrase: insight into integrase-DNA complex formation and catalysis. И FEBSLett., 2008, 582(10), 1425−1430.
  50. Puras Lutzke RA, Vink C, Plasterk RH. Characterization of the minimal DNA-binding domain of the HIV integrase protein. II Nucleic Acids Res., 1994, 22(20), 4125−4131.
  51. Т.А. Интеграза ВИЧ-1: Ингибнрование каталитической активности модифицированными олигонуклеотидами. Дисс. канд. хим. наук. МГУ, Москва, 2007.
  52. Engelman A., Cherepanov P. The Lentiviral Integrase Binding Protein LEDGF/p75 and HIV-1 Replication. II PLoS, 2008, 4, 1−9.
  53. Cherepanov P., Maertens G., Proost P., Devreese В., Van Beeumen J., Engelborghs Y., De Clercq E., Debyser Z. (2003): HIV-1 integrase forms stable tetramers and associates with LEDGF/p75 protein in human cells. II J. Biol. Chem., 278, 372−381.
  54. Cherepanov P., Ambrosio A.L., Rahman S., Ellenberger Т., Engelman A. Structural basis for the recognition between HIV-1 integrase and transcriptional coactivator p75. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2005,102(48), 17 308−17 313.
  55. Nazabal A., Wenzel R.J., Zenobi R. Immunoassays with direct mass spectrometric detection. II Anal. Chem., 2006, 78, 3562−3570.
  56. M.A. Изучение молекулярных основ взаимодействия интегразы ВИЧ-1 с ДНК. Дисс. канд. хим. наук. МГУ, Москва, 2006.
  57. С.Д., Гуревич К. Г. Биокинетика: Практический курс. М: ФАИР-ПРЕСС, 1999.
  58. Busschots К., Vercammen Jo, Emiliani S., Benarous R., Engelborghs Y., Christ F., Debyser Z. The interaction of LEDGF/p75 with integrase is lentivirus-specific and promotes DNA binding. II J. Biol. Chem., 2005, 280, 17 841−17 847.
  59. Agapkina J., Smolov M., Barbe S., Zubin E., Zatsepin Т., Deprez E., Le Bret M., Mouscadet J.-F., Gottikh M. Probing of HIV-1 integrase-DNA interactions using novel analogs of viral DNA. II J. Biol. Chem., 2006, 11 530−11 540.
  60. Esposito D., Craigie R. Sequence specificity of viral end DNA binding by HIV-1 integrase reveals critical regions for protein-DNA interaction. // EMBOJ., 1998, 17, 5832−5843.
  61. Kachalova A.V., Zatsepin T.S., RomanovaE.A., Stetsenko D.A., Gait M.J., Oretskaya T.S. Synthesis of modified nucleotide building blocks containing electrophilic groups in the 2'-position. // Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids, 2000, 19, 1693−1707.
  62. Chiu Т.К., Davies D.R. Structure and function of HIV-1 integrase. // Curr. Top. Med. Chem., 2004, 4, 965−977.
  63. Heuer T.S., Brown P.O. Mapping features of HIV-1 integrase near selected sites on viral and target DNA molecules in an active enzyme-DNA complex by photo-cross-linking. // Biochemistry, 1997,36, 10 655−10 665.
  64. Engelman A, Craigie R. Identification of conserved amino acid residues critical for human immunodeficiency virus type 1 integrase function in vitro. // J. Virol., 1992, 66(11), 63 616 369.
  65. Johnson A.A., Marchand C., Patil S.S., Costi R., Di Santo R., Burke T.R.-Jr., Pommier Y. Probing HIV-1 integrase inhibitor binding sites with position-specific integrase-DNA cross-linking assays. // Mol. Pharmacol., 2007, 71(3), 893−901.
  66. Semenova E.A., Johnson A.A., Marchand C., Davis D.A., Yarchoan R., Pommier Y. Preferential inhibition of the magnesium-dependent strand transfer reaction of HIV-1 integrase by alpha-hydro xytropolones. I I Mol. Pharmacol., 2006, 69(4), 1454−1460.
  67. Ghosh P., Ternai В., Whitehouse M. Benzofurazans and benzofiiroxans: biochemical and pharmacological properties. // Med. Res. Rev., 1981, 1(2), 159−187.
  68. Medana C, Di Stilo A, Visentin S, Fruttero R, Gasco A, Ghigo D, Bosia A. NO donor and biological properties of different benzofiiroxans. // Pharm. Res., 1999,16(6), 956−960.
  69. Ata A., Udenigwe С.С. The Discovery and Application of Inhibitors of Glutathione S-Transferase as Therapeutic Agents. // Current Bioactive Compounds, 2008, 4(1), 41−50.
  70. Mouscadet J.-F., Carteau S., Goulaouic H., Subra F., Auclair C. Triplex-mediated inhibition of HIV DNA integration in vitro. И J. Biol. Chem., 1994, 269, 21 635−21 638.
  71. Zakharova O.D., Baranova S., Parissi V., Ryabinin V.A., Sinyakov A.N., Litvak S., Litvak L.T., Nevinsky G.A. HIV-1 integrase inhibition by pyrrole/imidazole-containing polyamides. II J. Pept. Res., 2005, 66, 138−145.t
  72. Streltsov S.A., Gromyko A.V., Oleinikov V.A., Zhuze A.L. The Hoechst 33 258 covalent dimmer covers a total turn of the double-stranded DNA. // J. Biomol. Struct. Dyn., 2006, 24(3), 285−302.
  73. Корниш-Боуден Э. Основы ферментативной кинетики. М: Мир, 1979.
  74. Stensballe A., Jensen O.N., Olsen J.V., Haselmann K.F., Zubarev R.A. Electron capture dissociation of singly and multiply phosphorylated peptides. // Rapid Commun. Mass Spectrom., 2000, 14, 1793−1800
  75. Rappsilber J., Mann M., Ishihama Y. Protocol for micro-purification, enrichment, pre-fractionation and storage of peptides forproteomics using StageTips. // Nature Protocols, 2007, 2, 1896−1906.
Заполнить форму текущей работой

Сессия? Спокойно!