Помощь в написании студенческих работ
Антистрессовый сервис

Триплексы бис-ПНК/ДНК: Стабильность и полиморфизм

Диссертация: Триплексы бис-ПНК/ДНК: Стабильность и полиморфизм
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Стабильность триплексов, образованных гомопиримидиновой ПНК на комплементарной однонитевой или двунитевой ДНК-мишени, существенно зависит от ряда факторов. К этим факторам относятся состав ПНК и последовательность оснований, особенности строения основной цепи ПНК, а также линкера в случае бис-ПНК, температура, ионная сила и рН раствора. Изучение подобных закономерностей дает возможность получения… Читать ещё >

Триплексы бис-ПНК/ДНК: Стабильность и полиморфизм (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Содержание

  • 1. ВВЕДЕНИЕ
  • 2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРНЫХ ДАННЫХ
    • 2. 1. Строение ПНК
    • 2. 2. Строение и свойства дуплексов ПНК/ДНК и ПНКУРНК
    • 2. 3. Строение и свойства триплексов ПНК2/ДНК
    • 2. 4. бис-ПНК
    • 2. 5. Биологические действия ПНК 23 ингибирование и инициация транскрипции 25 ингибирование трансляции 25 защита от действия метилаз и рестриктаз 26 Использование ПНК in vivo — f"
    • 2. 6. Применение ПНК
    • 2. 7. Специфичность триплексов ПНК2/ДНК
    • 2. 8. Стабильность триплексов ПНК2/ДНК
    • 2. 9. полиморфизм комплексов, образуемых бис-ПНК с ДНК
    • 2. 10. Задачи данной работы
  • 3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
    • 3. 1. Препараты ПНК
    • 3. 2. Препараты ДНК
    • 3. 3. Образование комплексов ПНК/ДНК
    • 3. 4. Плавление
    • 3. 5. Кинетика диссоциации
    • 3. 6. Изучение полиморфизма комплексов ПНК с ДНК
  • 4. ИССЛЕДОВАНИЕ СТАБИЛЬНОСТИ ТРИПЛЕКСОВ ПНК,/ДНК: ТЕРМОДИНАМИЧЕСКИЕ ПАРАМЕТРЫ СТАБИЛЬНОСТИ- ФАКТОРЫ, ВЛИЯЮЩИЕ НА СТАБИЛЬНОСТ
    • 4. 1. Плавление триплексов ПНК2/ДНК. Термодинамические параметры стабильности
    • 4. 2. Влияние электростатических взаимодействий на стабильность триплексов ПНК с однонитевой и двунитевой ДНК
    • 4. 3. Влияние структурных модификаций ПНК на стабильность триплексов бис-ПНК/ДНДНК
  • 5. ИССЛЕДОВАНИЕ ПОЛИМОРФИЗМА КОМПЛЕКСОВ БИС-ПНК С ДНК
    • 5. 1. полиморфизм комплексов, образованных на двунитевой ДНК
  • Стабильность и превращения структурных изомеров. стабилизация изомера s
  • Модель распада структурных изомеров S1 и S
  • Строение изомеров S1 и S
  • Варианты полиморфизма на днДНК

5.2. полиморфизм комплексов, образованных на однонитевой ДНК. 92 Структурно-изомерные комплексы бис-ПНК/онДНК. 92 Кинетическая модель образования структурных изомеров. 93 Сравнительная стабильность структурных изомеров. Стабилизация изомера S1.

5.3. закономерности полиморфизма комплексов бис-ПНК/ДНК

6. ВЫВОДЫ

7. БЛАГОДАРНОСТИ

Усилия исследователей в течение последних десятилетий были направлены на поиск агентов, способных связываться со строго определенными участками молекул ДНК или РНК и управлять их важнейшими функциями: включать и выключать действие строго определенных генов, контролировать экспрессию, влиять на синтез тех или иных определенных белков. Конечной целью подобных исследований является создание диагностических и генно-терапевтических средств, направленных против бактериальных и вирусных инфекций, наследственных болезней, онкологических заболеваний. Агенты такого рода находят также широкое применение в различных областях молекулярной биологии и технологии, например, в дальнейшем исследовании генома человека, в определении роли тех или иных генов.

Синтезированная в 1991 году в лаборатории профессора П. Е. Нильсена в Дании пептидная нуклеиновая кислота (ПНК) превосходит все другие подобные средства как по прочности комплексов, которые она образует на комплементарных сайтах ДНК и РНК, так и по специфичности связывания с этими сайтами. В связи с этим за последние несколько лет появилось уже около тысячи научных работ, так или иначе связанных с ПНК1, что свидетельствует об огромном интересе ученых к этому объекту. В настоящее время пептидная нуклеиновая кислота применяется в различных областях молекулярной биологии, биотехнологии и диагностикиведется разработка лекарственных препаратов на основе ПНК. Подробно о применениях ПНК будет написано ниже.

1 Список сокращений: ПНК — пептидная нуклеиновая кислота, онДНК — однонитевая ДНК, днДНКдвунитевая ДНК, н. — нуклеотидов, п.н. — пар нуклеотидов.

В зависимости от ряда факторов, комплексы, образуемые ПНК с нуклеиновыми кислотами, имеют различное строение и свойства. Эти комплексы представляют собой дуплексы и триплексы. Дуплексы — это соединения, в состав которых входят две полностью или. частично комплементарных полимерных цепей, одной цепи ПНК и одной цепи ДНК или РНК. Триплексы состоят из трех полимерных цепей, чаще всего это две цепи ПНК и одна цепь ДНК. Однако, как дуплексы, так и триплексы могут иметь различные особенности строения, определяемые строением и составом ПНК и мишени, а также внешними условиями. Исследование стабильности подобных комплексов не только представляет интерес с точки зрения фундаментальной науки, но и является весьма актуальным для выбора оптимальных условий их практического применения. Среди комплексов ПНК с нуклеиновыми кислотами особое место занимают триплексы ПНК2/ДНК, образующиеся при взаимодействии гомопиримидиновой ПНК с комплементарным сайтом однонитевой и двунитевой ДНК. Благодаря двустадийному механизму образования, такие триплексы обладают уникальным сочетанием очень высокой стабильности и сильной специфичности.

В качестве характеристики стабильности комплексов нуклеиновых кислот чаще всего используется температура их плавления Тт. Однако при плавлении триплексов ПНК2/ДНК наблюдается сильный гистерезис, что делает невозможным получение равновесных кривых плавления. В связи с этим точные количественные характеристики плавления триплексов ПНК2/ДНК оставались не измеренными. В данной диссертационной работе предложен способ преодоления указанного затруднения путем использования бис-ПНК. Была поставлена задача получить равновесные кривые плавления триплексов ПНК2/ДНК указанным способом и определить термодинамические параметры стабильности: энтальпию плавления, энтропию плавления и свободную энергию стабилизации триплексов ПНК2/ДНК.

Стабильность триплексов, образованных гомопиримидиновой ПНК на комплементарной однонитевой или двунитевой ДНК-мишени, существенно зависит от ряда факторов. К этим факторам относятся состав ПНК и последовательность оснований, особенности строения основной цепи ПНК, а также линкера в случае бис-ПНК, температура, ионная сила и рН раствора. Изучение подобных закономерностей дает возможность получения как более, так и менее стабильных комплексов, т. е. позволяет варьировать стабильность комплексов в зависимости от конкретных практических целей. В частности, такое варьирование может происходить за счет дополнительных электростатических взаимодействий, возникающих при введении в молекулу ПНК различного числа положительных зарядов. Существенное влияние на стабильность могут оказать и незначительные структурные модификации основной цепи ПНК. Поэтому второй задачей данной диссертационной работы стало изучение влияния некоторых из описанных факторов на стабильность триплексов, образуемых бис-ПНК на однонитевой и двунитевой ДНК-мишени. В свете постоянно растущих возможностей применения ПНК такое исследование является актуальным.

В качестве меры стабильности, в этой и последующих частях данной диссертационной работы использовано время жизни триплекса т при повышенной температуре, не превышающей, однако, температуры плавления. Дело в том, что использование температуры плавления в качестве характеристики стабильности триплексов Г1НК2/ДНК имеет ряд ограничений. В частности, измерение температуры плавления не всегда возможно возможно для триплексов, образованных на двунитевой ДНК-мишени. Триплексы ПНК2/ДНК часто оказываются настолько стабильны, что сама двунитевая ДНК-мишень начинает плавиться раньше, чем триплекс. Кроме того, этот метод требует строгой стандартизации условий опыта, поскольку температура плавления комплекса зависит от концентрации этого комплекса.

При изучении влияния структурных модификаций на стабильность триплексов ПНК2/ДНК мы столкнулись с проявлениями полиморфизма комплексов гомопиримидиновой бис-ПНК с двунитевой ДНК. Сам по себе полиморфизм в данном случае заключается в том, что при определенных условиях на одной и той же мишени ДНК молекулы бис-ПНК одновременно образуют несколько типов комплексов. Эти комплексы называются структурными изомерами. Существование структурных изомеров ранее отмечалось в нескольких работах, однако на момент начала наших исследований не было опубликовано ни одной работы, посвященной изучению этого явления. Между тем, совершенно очевидно, что явление полиморфизма не только вносит новый уровень сложности во все задачи, связанные с ПНК, но и может оказать существенное влияние на потенциальное применение ПНК, особенно в терапевтических целях. Таким образом, поставленная задача изучения явления полиморфизма комплексов бис-ПНК с ДНК является актуальной, а все полученные результаты — новыми.

Изучая стабильность всех образовавшихся комплексов, мы обнаружили максимум на кривой диссоциации самого стабильного из структурных изомеров. Это свидетельствовало о превращении менее стабильных изомеров в более стабильный тип. Был разработан метод выделения отдельных типов изомеров путем электроэлюции из препаративного геля. Тем самым, мы получили возможность изучить стабильность и превращения каждого структурного изомера. Когда мы готовили к публикации полученные результаты и выводы, в печати появилась статья датских ученых (Hansen et al., 2001), также посвященная изучению явления полиморфизма. Наши результаты и результаты, полученные датскими коллегами, удачно дополнили друг друга: в работе (Hansen et al, 2001) предложена структура изомеров, в нашей работе (Крупник и др., 2002) — изучены их стабильность и превращения. Б дальнейшем нами было исследовано также явление полиморфизма комплексов бис-ПНК с однонитевой ДНК и обнаружено важное явление стабилизации одного из структурных изомеров при взаимодействии с однонитевой ДНК (Krupnik et al, 2004).

Итак, сформулируем задачи данной диссертационной работы:

1. Исследовать стабильность триплексов ПНК2/ДНК методом равновесного плавления. Найти термодинамические параметры стабильности триплексов ПНК2/ДНК.

2. Исследовать путем измерения эффективного времени жизни влияние электростатических взаимодействий на стабильность триплексов ПНК2/ДНК.

3. Исследовать полиморфизм триплексов бис-ПНК/ДНК.

Из сказанного выше следует, что все задачи данного диссертационного исследования являются актуальными, а полученные результаты — новыми.

Диссертационная работа включает в себя шесть разделов.

Первый раздел — вводный.

Второй раздел посвящен обзору литературных данных. В нем подробно описаны химическое строение ПНК и бис-ПНК, строение и свойства дуплексов ПНК/ДНК, ПНК/РНК и ПНК/ПНК и триплексов ПНК2/ДНК. В отдельные параграфы вынесены такие важные темы как биологические эффекты взаимодействия ПНК с нуклеиновыми кислотами и практическое применение ПНК. Особое внимание уделено материалам по стабильности и специфичности триплексов, образованных гомопиримидиновой ПНК с комплементарными сайтами однонитевой и двунитевой ДНК. Рассказано о природе, методах измерения и факторах, оказывающих влияние на стабильность и специфичность таких триплексов. В этом разделе будет дано обоснование постановки задач данной диссертационной работы, определено место диссертационной работы среди имеющихся исследований.

Третий раздел содержит описание материалов и методов, использованных при выполнении работы. В разделе описаны препараты ПНК и ДНК, экспериментальные процедуры получения комплексов ПНК с ДНК, плавления и диссоциации этих комплексов.

Основные материалы диссертационной работы представлены в четвертом и пятом разделах. Четвертый раздел посвящен исследованию стабильности триплексов ПНК2/ДНК, т. е. отвечает на первые две поставленных задачи. Первая часть раздела содержит результаты и обсуждение экспериментов по плавлению триплексов ПНК2/ДНК. На основании экспериментальных данных определены энтальпия и энтропия плавления таких триплексов, найдена свободная энергия их стабилизации. Проведено сравнение полученных данных с аналогичными термодинамическими параметрами дуплексов ПНК/ДНК. Вторая часть раздела содержит результаты исследования влияния электростатических взаимодействий на стабильность триплексов ПНК2/ДНК. Исследован эффект стабилизации триплексов в зависимости от количества и локализации дополнительных положительных зарядов на молекуле бис-ПНК. В третьей части раздела приведены некоторые данные о влиянии структурных модификаций основной цепи бис-ПНК на стабильность триплексов.

6. Выводы.

В данной диссертационной работе получены следующие основные результаты и выводы:

1. Впервые измерены термодинамические параметры плавления триплексов бис-ГШК/ДНК. Показано, что константа равновесия образования триплексов бис-ПНК/ДНК исключительно высока и.

20 I составляет, а соответствующее значение свободной энергии стабилизации триплексов превышает аналогичное значение для дуплексов ПНК/ДНК в 2−3 раза.

2. Изучено влияние на стабильность триплексов бис-ПНК/ДНК локализованных на молекулах различных бис-ПНК положительных зарядов. Показано, что времена жизни триплексов существенно возрастают при понижении ионной силы от 1 М до физиологических и более низких значений, что объясняется взаимодействием положительно заряженных бис-ПНК с отрицательно заряженной основной цепью ДНК.

3. Обнаружено, что при низких и физиологических значениях ионной силы время жизни триплексов бис-ПНК, несущей положительные заряды в одной из ветвей, с двунитевой ДНК, существенно превышает время жизни триплексов той же ПНК с однонитевой ДНК. Вероятно, что эффект обусловлен дополнительным взаимодействием положительных зарядов с вытесненной нитью ДНК.

4. Показано, что положительные заряды в линкере бис-ПНК стабилизируют триплекс с однонитевой ДНК значительно сильнее, чем заряды в ветвях и на концах молекулы бис-ПНК.

5. Обнаружено явление полиморфизма комплексов гомопиримидиновых бис-ПНК с однонитевой ДНК.

6. Выявлены закономерности стабильности и взаимных превращений структурных изомеров, образованных бис-ПНК на однонитевой и двунитевой ДНК.

7. Предложена и экспериментально подтверждена структура изомера S1 на однонитевой ДНК. Построена кинетическая модель образования изомеров S1 и S2 на однонитевой ДНК. Выводы, полученные в рамках модели, согласуются с данными опытов.

8. Обнаружено явление стабилизации изомера S1 на однонитевой и двунитевой ДНК при взаимодействии с комплементарным олигонуклеотидом. Предложена структура стабилизированного изомера S1, состоящая из двух триплексов.

7. Благодарности.

Автор выражает сердечную благодарность своему научному руководителю профессору, доктору физико-математических наук Юрию Семеновичу Лазуркину, без грамотного руководства и чуткого отношения которого выполнение работы было бы невозможно.

Также хотелось бы поблагодарить Юрия Александровича Гущо за ценные обсуждения и методические рекомендации, Нину Павловну Квитко за помощь в проведении экспериментов, Леонида Владимировича Генинга за полезные советы, всех сотрудников Лаборатории молекулярной биофизики ИМГ за постоянную поддержку.

Отдельную благодарность автор выражает члену-корреспонденту РАН Александру Алексеевичу Веденову, регулярные дискуссии с которым, безусловно, способствовали продвижению работы.

Все препараты ПНК были любезно предоставлены нам профессором П. Е. Нильсеном (Дания).

Работа выполнена при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (№№ грантов: 00−04−48 198, 02−04−48 499, 02−04−6 401, 03−04−6 324).

Показать весь текст

Список литературы

  1. М.М., Веселков А. Г. Повышение специфичности связывания пептидно-нуклеиновой кислоты с ДНК // Мол. Биол. -1996. -30. -С. 379−386.
  2. М.М., Извольский К. И., Крупник О. В., Лазуркин Ю. С. Применение пептидно-нуклеиновой кислоты в методе «Ахиллесовой пяты» // Мол. Биол. -1996. -Т. 30. -С. 470−474.
  3. М.М., Извольский К.И, Крупник О. В., Лазуркин Ю. С. Использование специфического связывания пептидно-нуклеиновой кислоты с ДНК в методе «Ахиллесовой пяты» // Докл. Акад. Наук. -1995. —№ 344. -С. 552−555.
  4. О.В., Фадеева Н. В., Лазуркин Ю. С. Полиморфизм комплексов ПНК с ДНК // Мол. Биол. -2002. -Т. 36. -С. 312−314.
  5. Ю.С. Стабильность и специфичность триплексов, образуемых пептидно-нуклеиновой кислотой с ДНК // Мол. Биол. -1999. -Т. 33.-С. 94−99.
  6. Ю.С. и Крупник О.В. Триплексы, образуемые ДНК с пептидно-нуклеиновой кислотой (ПНК)// Сборник трудов ИМГ РАН. -2004. Принято в печать.
  7. Т. и др. Молекулярное клонирование / Маниатис Т., Фрич Э., СэмбрукДж. М.: Мир. — 1984. — 480 с.
  8. V. V., Vologodskii А. V., А. V. Lukashin А. V., Frank-Kamenetskii M.D. Slow relaxational processes in melting of biopolymers: atheory and its application to nucleic acids // Biopolymers. -1984. -V. 23. -P. 39−58.
  9. Bentin Т., Nielsen P.E. Enhanced peptide nucleic acid binding to supercoiled DNA: possible implications for DNA «breathing» dynamics // Biochemistry. -1996. -V. 35. -P. 8863−8869.
  10. Belts L., Josey J.A., Veal J.M., Jordan S.R. Crystal structure of a nucleic acid triplex at 2.5 A: a peptide nucleic acid-DNA complex // Science. -1995. -V. 270.-P. 1838−1841.
  11. Bukanov N.O., Demidov V. V. t Nielsen P.E., Frank-Kamenetskii M.D. PD-loop: a complex of duplex DNA with an oligonucleotide // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1998. -V. 95. -P. 5516−5520.
  12. Chakrabarti M. C. and Schwarz F. P. Thermal stability of PNA/DNA and DNA/DNA duplexes by differential scanning calorimetry // Nucl. Acids Res. -1999. -V. 27. -P. 4801−4806.
  13. Dawson et al. Data for Biochemical Research / Dawson R. M. C., Elliott D. C., Elliott W. H., Jones К. M. 3rd ed. -Oxford: Oxford University Press. -1989.
  14. Demidov V.V., Frank-Kamenetskii M.D., Egholm M., Buchardt O., Nielsen P.E. Sequence selective double strand DNA cleavage by PNA targeting using nuclese SI //Nucl. Acids Res. -1993. -V. 21. -P. 2103−2107.
  15. Demidov V. V., Potaman V.N., Frank-Kamenetskii M.D., Egholm M., Buchardt O., Sonnichsen S.H., Nielsen P.E. Stability of peptide nucleic acids in human serum and cellular extracts 11 Biochem. Pharmacology. -1994b. -V. 48. -P. 1310−1313.
  16. Demidov V.V., Yavnilovich M.V., Belotserkovskii B.P., Frank-Kamenetskii M.D., Nielsen P.E. Kinetics and mechanism of polyamide («peptide») nucleic acid binding to duplex DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1995. -V. 92. -P. 2637−2641.
  17. Demidov V.V., Yavnilovich M.V., Frank-Kamenetskii M.D. Kinetic analysis of specificity of duplex DNA targeting by homopyrimidine peptide nucleic acids // Biophys. J. -1997. -V.72. -P. 2763−2769.
  18. Demidov V. V., Frank-Kamenetskii M.D. PNA directed genome rare cutting I I Peptide Nucleic Acids: Protocols and Applications / Nielsen P.E., Egholm M. eds. -Wymondham: Horizon Scientific Press. -1999. -P. 163−174.
  19. Demidov V.V., Bukanov N.O., Frank-Kamenetskii M.D. Duplex DNA capture 11 Peptide Nucleic Acids: Protocols and Applications / Nielsen P.E., Egholm M. eds. -Wymondham: Horizon Scientific Press. -1999. -P. 175−184.
  20. Demidov V.V., Bukanov N.O., Frank-Kamenetskii M.D. Duplex DNA capture // Curr. Issues Mol. Biol. -2000. -V. 2. -P. 31−35.
  21. Demidov V. V., Kuhn H., Lavrentyeva-Smolina I. V., Frank-Kamenetskii M.D. Peptide nucleic acid-assisted sequence-specific topological labeling of duplex DNA // Methods. -2001a. -V.23. -P. 123−131.
  22. Demidov V. V., Broude N.E., Lavrentyeva-Smolina I. V., Kuhn H., Frank-Kamenetskii M.D. An artificial primosome: design, function and applications // ChemBioChem. -2001b. -V. 2. -P. 133−139.
  23. Demidov V. V., Frank-Kamenetskii M.D. PNA openers and their applications // In Methods in Molecular Biology. -Totowa: Humana Press Inc. -2002.-V. 208.-P. 119−130.
  24. Dueholm, K.L., Nielsen, P.E. Chemistry, properties and applications of PNA // New J. Chem. -1997. -V. 21. -P. 19−31.
  25. Egholm M., Christensen L., Dueholm K.L., Buchardt O., Coull J., Nielsen P.E. Efficient pH-independent sequence-specific DNA binding by pseudo-isocytosine containing bis-PNA // Nucl. Acids Res. -1995. -V. 23. -P. 217−222.
  26. Eriksson M., Nielsen P.E. PNA nucleic acid complexes structure, stability and dynamics // Quarterly Rev. Biophys. -1996. -V. 29. -P. 369−394.
  27. Good L., Nielsen P.E. Antisense inhibition of gene expression in bacteria by PNA targeted to mRNA // Nature Biotechnology. -1998. -V. 16. -P. 355 358.
  28. Griffin T.J., Smith L.M. An Approach to Predicting the Stabilities of Peptide Nucleic Acid: DNA Duplexes // Analitical Biochemistry. -1998. -V. 260.-P. 56−63.
  29. Griffith M.C., Risen L.M., GreigM.J., LesnikE.A., Sprankle KG., Griffey R.H., Kiely J.S., Freier S.M. Single and Bis Peptide Nucleic Acids as Triplexing Agents: Binding and Stoichiometry // J. Amer. Chem. Soc. -1995. -V. 117.-P. 831−832
  30. Haaima G., LohseA., Buchardt O., Nielsen P.E. Peptide Nucleic Acids (PNA) Containing Thymine Monomers Derived from Chiral Amino Acids: Hybridization and Solubility Properties of D-lysine PNA // Angewandte Chemie. -1996. -V. 35. -P. 1939−1941.
  31. Hansen G.I., Bentin Т., Larsen HJ., Nielsen P.E. Structural isomers of bis-PNA bound to a target in duplex DNA // J. Mol. Biol. -2001. -V. 307. -P. 67−74.
  32. Holmen, A., Nor den, B. Thermodynamics of PNA-nucleic acid interactions // Peptide Nucleic Acids: Protocols and Applications / Nielsen P.E., Egholm M. eds. -Wymondham: Horizon Scientific Press. -1999. -P. 87−97.
  33. Just Т., Andersen Т., Mathiassen M.A., Nielsen К. V. Detection of human telomere sequences with fluorescein- and СуЗ-labelled peptide nucleic acid (PNA) probes // American Association for Cancer Research. -1998. -V. 39. -P. 2389.
  34. Knight R.D., Landweber L.F. The early evolution of the genetic code // Cell. -2000. -V. 101. -P. 569−572.
  35. Knudsen H., Nielsen P.E. Application of Peptide Nucleic Acid in Cancer Therapy // Anti-Cancer Drugs. -1997. -V. 8. -P. 113−118.
  36. Kosaganov Yu.N., Stetsenko D.A., Lubyako E.N., Kvitko N.P., Lazurkin Yu.S., Nielsen P.E. Effect of temperature and ionic strength on the dissociation kinetics and lifetime of PNA-DNA triplexes // Biochemistry. -2000. -V. 39. -V. 11 742−11 747.
  37. Krasilnikov A.S., Podtelezhnikov A., Vologodskii A., MirkinS.M. Large-scale effects of transcriptional DNA supercoiling in vivo // J. Mol. Biol. -1999. -V. 292.-P. 1149−1160.
  38. Krupnik О. V., Guscho Yu.A., Sluchanko K.A., Nielsen P.E., Lazurkin Yu.S. Thermodynamics of the Melting of PNA2/DNA Triple Helices // J. Biomol. Struct. Dyn. -2001. -V.19. -P. 535−542.
  39. Krupnik О. V., Fadeeva N. V., Kvitko N.P., Shepelev V.A., Nielsen P.E., Lazurkin Yu.S. Stability and Transformations of bis-PNA/DNA Triplex Structural Isomers // J. Biomol. Struct. Dyn. -2004. -V. 21. -P. 503−52.
  40. KuhnH., Demidov V.V., Frank-Kamenetskii M.D., Nielsen P.E. Kinetic Sequence Discrimination of Cationic bis-PNAs upon Targeting of Double-Stranded DNA // Nucleic Acids Res. -1998. -V. 26. -P. 582−587.
  41. Kuhn H., Demidov V. V., Nielsen P.E., Frank-Kamenetskii M.D. An experimental study of mechanism and specificity of peptide nucleic acid (PNA) binding to duplex DNA // J. Mol. Biol. -999a. -V. 286. -P. 1337−1345.
  42. KuhnH., Demidov V.V., Frank-Kamenetskii M.D. Topological links between duplex DNA and a circular DNA single strand // Angew. Chem. Int. Ed. -1999b. -V.38. -P. 1446−1449.
  43. Kuhn H., Demidov V. V., Frank-Kamenetskii M.D. An earring for the double helix: assembly of topological links comprisingduplex DNA and a circular oligodeoxynucleotide // J. Biomol. Struct. Dyn. -2000. -V. 11. -P. 221−225.
  44. Marky L. A. and Breslaner K. J. Calculating thermodynamic data for transitions of any molecularity from equilibrium melting curves // Biopolymers. -1987. -V. 26. -P. 1601−1620.
  45. Mollegaard N.E., Buchardt O., Egholm M., Nielsen P.E. Peptide nucleic acid DNA strand displacement loops as artificial transcription promoters // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1994. -V. 91. -P. 3892−3895. .
  46. Nelson K.E., Levy M, Miller S.L. Peptide nucleic acids rather than RNA may have been the first genetic molecule // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2000. -V. 97.-P. 3868−3871.
  47. Nielsen P.E., Egholm M., BergR.H., Buchardt O. Sequence-selective recognition of DNA by strand displacement with a thymine-substituted polyamide//Science.-1991.-V. 254.-P. 1497−1500.
  48. Nielsen P.E., Egholm M., BergR.H., Buchardt O. Sequence specific inhibition of DNA restriction enzyme cleavage by PNA // Nucl. Acids Res. -1993a.-V. 21.-P. 197−200.
  49. Nielsen P.E., Egholm M., BergR.H., Buchardt O. Peptide nucleic acids (PNAs): potential anti-sense and anti-gene agents // Anti-Cancer Drug Design. -1993b.-V. 8.-P. 53−63.
  50. Nielsen P.E., Egholm M. An introduction to PNA. // Peptide Nucleic Acids: Protocols and Applications / Nielsen P.E., Egholm M. eds. -Wymondham: Horizon Scientific Press. —1999. -P. 1−20.
  51. Peptide Nucleic Acids: Protocols and Applications / Nielsen P.E., Egholm M., Eds. Wymondham: Horizon Scientific Press. -1999. — 266 p.
  52. Peffer N J., Hanvey J.C., BisiJ.E., Thomson S. A., Hassman F.C., Noble S.A., Babiss L.E. Strand-invasion of Duplex DNA by Peptide Nucleic Acid Oligomers // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1993. -V. 90. -P. 10 648−10 652.
  53. Protazanova E., Demidov V. V., Soldatenkov V., Chasovskikh S., Frank-Kamenetskii M.D. Tailoring the activity of restriction endonuclease Pie 1 by PNA-induced DNA-looping // EMBO reports. 2002. -V. 3. -P. 956−961.
  54. Ratilainen Т., HolmenA., Tuite E., Haaima G., Christensen L., Nielsen P. E., Norden B. Hybridization of Peptide Nucleic Acid // Biochemistry. -1998. -V. 37.-P. 12 331−12 342.
  55. Senior K. Pseudocomplementary strategy strengthens PNA therapeutic potential // Drug Discov Today. -2000. -V. 5. -P. 538−540.
  56. Stender H., Oliveira K., RigbyS., Bargoot F., Coull J. Rapid detection, identification, and enumeration of Escherichia coli by fluorescence in situ hybridization using an array scanner // J. Microbiol. Methods. 2001c. -V. 45(1).-P. 31−39.
  57. Stender H., Fiandaca M., Hyldig-Nielsen J. J., Coull J. PNA for rapid microbiology //J. Microbiol. Methods. -2002. -V. 48(1). -P. 1−17.
  58. Schwarz F. P., Robinson S., Butler J. M. Thermodynamic comparison of PNA/DNA and DNA/DNA hybridization reactions at ambient temperature // Nucl. Acids Res. -1999. -V. 27. -P. 4792−4800.
  59. Thisted M, Just Т., PluzekK.-J., Hyldig-Nielsen J. J., Godtfredsen S.E. Detection of immunoglobulin kappa light chain mRNA in paraffin sections by in situ hybridization using peptide nucleic acid probes // Cell Vision. -1996. -V. 3.-P. 358−363.
  60. Tomac S., Sarkar M., Ratilainen Т., Wittung P., Nielsen P.E., Norden В., Graslund A. Ionic effects on the stability and conformation of peptide nucleic acid complexes // J. Am. Chem. Soc. -1996. -V. 118. -P. 5544−5552.
  61. Tyler B.M., McCormich D.J., Hoshall С. V., Douglas C.L., Jansen K, Lacy B. W., Cusack В., Richelson E. Specific gene blockade shows that peptide nucleic acids readily enter neuronal cells in vivo IIFEBS Lett. -1998. -V. 421. -P. 280−284.
  62. Uhlmann E., Peyman A., Breipohl G., Will D. W. PNA: synthetic polyamide nucleic acids with unusual binding properties // Angew. Chem. Int. Ed. -1998. -V. 37. -P. 2796−2823.
  63. Veselkov A.G., Demidov V.V., Frank-Kamenetskii M.D., Nielsen P.E. PNA as a rare genome cutter // Nature. -1996a. -V. 379. -P. 214.
  64. Veselkov A. G., Demidov V.V., Nielsen P.E., Frank-Kamenetskii M.D. A new class of genome rare cutters // Nucl. Acids Res. -1996b. -V. 24. -P. 24 832 487.
  65. Wittung P., Nielsen P.E., Norden B. Direct observation of strand invasion by peptide nucleic acid (PNA) into double-stranded DNA // J. Amer. Chem. Soc. -1996. -V. 118. -P. 7049−7054.
  66. Zeng Y., Montrichok A., Zocchi G. Length and statistical weight of bubbles in DNA melting // Phys. Rev. Let. -2003. -V. 91(14). -P. 148 101−1-4.
Заполнить форму текущей работой

Сессия? Спокойно!