Другим типом специализированной таможни служит Центральная акцизная таможня (ЦАТ), подчиняющаяся непосредственно ФТС России. Ее деятельность связана с осуществлением таможенного контроля за подакцизными товарами, импортируемыми в Россию.
К числу специализированных также относятся оперативные таможни, действующие в составе практически каждого РТУ. Так, в структуре Центрального таможенного управления находится Центральная оперативная таможня, в Северо-Западном таможенном управлении — Северо-Западная и Калининградская оперативные таможни и т. д. В настоящее время в рамках РТУ функционируют девять оперативных таможен.
Специфика работы таможен в процессах таможенного оформления в определенной мере связана с видами транспортных средств и местом пересечения ими таможенной границы. Это позволяет условно подразделять специализированные таможни на морские, речные, воздушные и сухопутные.
Специализированные таможенные посты
Специфический характер деятельности имеют и некоторые специализированные таможенные посты. К их числу прежде всего относятся акцизные таможенные посты, которые входят не только в структуру Центральной акцизной таможни, но и большинства РТУ и непосредственно подчиняются им. Они осуществляют свою деятельность на территории региона функционирования ЦАТ или РТУ. Например, работа автомобильного акцизного таможенного поста, существующего в рамках Северо-Западной акцизной таможни, ведется в пределах Северо-Западного РТУ. Однако создание, реорганизация и ликвидация акцизного таможенного поста производится только ФТС России по представлению РТУ.