Налоговая база определяется налогоплательщиком по каждому водному объекту, признаваемому объектом налогообложения. В случае когда в отношении водного объекта установлены различные налоговые ставки, налоговая база определяется к каждой налоговой ставке (п. 1 ст. 333.10 НК РФ).
Для каждого вида водопользования установлен свой порядок определения налоговой базы.
При заборе воды налоговая база определяется как объем воды, забранной из водного объекта за налоговый период. В данном случае объем воды определяется на основании показаний водоизмерительных приборов. А в случае отсутствия водоизмерительных приборов объем забранной воды определяется, исходя из времени работы и производительности технических средств. При отсутствии возможности определения воды указанными способами объем забранной воды определяется, исходя из норм водонотребления.
При использовании акватории водных объектов налоговая база определяется как площадь предоставленного водного пространства.
При использовании водных объектов без забора воды для целей гидроэнергетики налоговая база определяется как количество произведенной электроэнергии.
При использовании водных объектов для целей сплава древесины в плотах и кошелях налоговая база определяется как произведение объема древесины, выраженного в тысячах кубических метров, и расстояния сплава, выраженного в километрах, деленного на 100.