Аграрная партия России (АПР) создана по инициативе Всероссийского совета по делам колхозов и других форм хозяйствования, парламентской фракции «Аграрный союз» Верховного Совета РСФСР, Аграрного союза России и профсоюза работников агропромышленного комплекса России.
В 1992 году на третьем съезде Всероссийского совета по делам колхозов и других форм хозяйствования был образован Оргкомитет по созданию Аграрной партии России.
Основные цели уставной деятельности: утверждение подлинной демократии, народовластия, широкого самоуправления. Защита политических, гражданских, экономических, социальных, культурных прав и свобод крестьянства, всех работников агропромышленного комплекса, жителей села. Радикальное улучшение социального положения, рост благосостояния сельского труженика, установление равноправных и взаимовыгодных отношений между городом и селом, между промышленностью и сельским хозяйством.
На выборах в Государственную Думу РФ 12 декабря 1993 за Аграрную партию России проголосовали 4.292.518 избирателей по общефедеральному округу (7,99%), в результате чего партия заняла 4-е место и получила по пропорциональной системе 21 депутатский мандат. Еще 16 кандидатов от АПР и несколько сочувствующих были избраны в Государственную Думу по территориальным мажоритарным округам.
На состоявшемся 26 мая 1995 г. пленуме Центрального Совета АПР был одобрен проект предвыборной платформы избирательного объединения Аграрной партии, подтверждено решение о самостоятельном участии аграриев в парламентских выборах — с оговоркой, что в одномандатных округах представители партии будут заключать соглашения с КПРФ и другими представителями левых сил.
На выборах в Государственную Думу 17 декабря 1995 г. АПР не преодолела 5-процентный барьер, получив 2.613.127 голосов (3,78%). На президентских выборах 1996 года Аграрная партия поддерживала кандидатуру Геннадия Зюганова.
В августе 1996 г. Аграрная партия вошла в Народно-Патриотический союз России (НПСР).
31 мая 2002 г. Аграрная партия получала официальную регистрацию в Министерстве юстиции РФ как политическая партия.
На выборах 7 декабря 2003 года АПР смогла получить только 2,2 млн. голосов, или 3,64% от общего числа проголосовавших. От Аграрной партии в Государственную Думу прошли только два депутата: Плотников В. Н. и Харитонов Н.М.