Берилл образуется в гранитных пегматитах, грейзенах, скарнах, пневматолитовых и гидротермальных месторождениях метасоматического типа. Чаще всего встречается в пегматитовых жилах среди кислых интрузивных пород или в боковых породах среди реакционно-метасоматических образований в генетической связи с пегматитами. Наблюдается также в измененных пневматолитовыми процессами гранитах — грейзенах, реже в пустотах среди самих гранитов в парагенезисе с минералами, содержащими летучие компоненты. Месторождения берилла часто комплексные: в пегматитах совместно с бериллом промышленное значение имеют горный хрусталь, дымчатый кварц, морион, топаз, полевой шпат. С редкометальным парагенезисом связаны: берилл, амазонит, лепидолит, танталониобаты, турмалин-рубеллит. В то время как большинство разновидностей берилла приурочены, как правило, к пегматитам и ассоциируются там с полевым шпатом и кварцем, изумруды находятся в контактово-метаморфических месторождениях в специфических сланцах, называемых слюдиты. В ассоциации с бериллом кроме полевых шпатов, слюд и кварца часто наблюдаются: топаз, турмалин, флюорит, иногда фенакит, хризоберилл и александрит, вольфрамит, касситерит и некоторые сульфиды (арсенопирит, молибденит и др.). Как химически устойчивый минерал, при выветривании и размыве коренных месторождений переходит в россыпи, где иногда встречается в виде окатанных кристаллов или галек.
